ncbiftp

Ⅰ NCBI 的ftp速度太慢，可能是服务端限制了速度，如何加速

这个软件有可能会帮助你 http://download.csdn.net/down/1103876/gtyi999 一般情况 只要管理员 才会 有 开放端口的权限。一个服务器如果系统防御与防火墙都很好，用那些FTP的 加速软件是根本不起效果的 不防向管理员申请端口带宽。

Ⅱ 怎么把 ftp 文件中的全部内容下载下来，我用的是ncbi。求帮助a

试试爱米云共享网盘，快捷方式和隐藏文件这样的都能下载。比ftp简单好用的多，空间自己可以设定的。不用像ftp还得专门搭建服务器，一键安装就能用了，操作特别简单。可以批量管理成员和权限、数据自动备份、数据去重、给单个或多个用户共享，版本控制挺多功能的。

Ⅲ 如何在NCBI上下载资料

这个问题涉及到NCBI的核心价值——数据共享。从NCBI创建之初她就是为用户”下载“数据而存在。历经近30年的发展，其提供的数据共享的方式也经历了诸多的改变。下面以提供数据共享的技术方式来逐一陈述：
1 FTP
FTP是File Transfer Protocol(文件传输协议)的英文简称。在互联网形成之初，非常重要的大文件传输格式。目前NCBI的大文件传输，甚至是整个NCBI网站的数据都可以用这种方式获得。网址为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/.不过要用好这些数据，你需要同时兼备生物学和计算机科学（基本）知识。
2 网页
当然绝大多数生物学家并不需要进行批量数据分析，知识要找到与自己课题相关的数据。NCBI提供了基于网页的查询检索系统。之所以称之为系统是因为其中包含了NCBI所有提供服务的数据库，该系统有一个统一的查询界面，成为Entrez。其语法和规则在查询不同数据库是基本相似，知识需要简单了解相应数据库的特殊字符即可。例如，查询GEO数据库时，只查询dataset数据可以使用[DataSet Type]关键字，但是该关键字在PUBMED并不适用。
3.web服务
web服务在生物信息学和计算机科学中的定义有很大差别，这里特制计算机科学中的web服务。NCBI基于entrez提供了web service服务，用户在自己的程序中调用代码获取数据。主要是eUtils（http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/）。另外，NCBI也提供cgi的查询服务。
4. 序列查询服务
NCBI基于序列的检索服务是其最具特色的数据检索方式，最着名的就是BLAST。尽管后台算法基于字符串的匹配，但是其引入了生物学知识（突变概率等）使其具有和其他搜索引擎如lucene不可比拟的效果。也是NCBI提供的主要服务之一。BLAST接受用户一条或多条序列（PSI-BLAST），返回数据库中与该序列相似的序列。该服务的用途广泛。
5.其他
有些数据可以通过一些特殊的通道获得。例如GEO数据库，可以通过R包GEOquery获得其数据。

（如有遗漏，敬请指教！）

Ⅳ 怎么从从ncbi的ftp上下了windows的本地blast

This document describes the "BLAST" databases available on the NCBI
FTP site under the /blast/db directory. The direct URL is:
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db 本地BLAST数据库下载地址
1. General Introction
NCBI BLAST home pages (http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/) use a standard
set of BLAST databases for Nucleotide, Protein, and Translated BLAST
searches. These databases are made available in the /blast/db directory as
compressed archives (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/) in pre-formatted
format.这些数据库是已经预先进行过makeblastdb命令的，下载后可以直接使用
The FASTA databases reside under the /blast/db/FASTA directory.
The pre-formatted databases offer the following advantages:
* The pre-formatted databases are smaller in size and therefore are
faster to download;
* Sequences in FASTA format can be generated from the pre-formatted
databases by the fastacmd utility; 可以从这些数据库文件中导出FASTA文件
* A convenient script (update_blastdb.pl) is available to download
the pre-formatted databases from the NCBI ftp site; 可用该脚本升级数据库
* Pre-formatting removes the need to run formatdb; 无需再运行建库命令行
* Taxonomy ids are available for each database entry.
Pre-formatted databases must be downloaded using the update_blastdb.pl
script or via FTP in binary mode. Documentation for the update_blastdb.pl
script can be obtained by running the script without any arguments (perl is
required). 下载数据库时，需要用到perl脚本update_blastdb.pl，或使用FTP下载工具
The compressed files downloaded must be inflated with gzip or other decompress
tools. The BLAST database files can then be extracted out of the resulting
tar file using tar program on Unix/Linux or WinZip and StuffIt Expander
on Windows and Macintosh platforms, respectively.下载的数据库为压缩包，要解压缩
Large databases are formatted in multiple 1 Gigabytes volumes, which
are named using the database.##.tar.gz convention. All relevant volumes
are required. An alias file is provided so that the database can be called
using the alias name without the extension (.nal or .pal). For example,
to call est database, simply use "-d est" option in the commandline
(without the quotes). 大的数据库通常分为多个压缩包，例如nr库有11个压缩包。所有的相关压缩包
都要下载，解压。解压缩会生成对应的库文件，同时生成一个nr.pal文件。检索nr库时输入-d nr 即可。
Certain databases are subsets of a larger parental database. For those
databases, alias and mask files, rather than actual databases, are provided.
The mask file needs the parent database to function properly. The parent
databases should be generated on the same day as the mask file. For
example, to use swissprot pre-formatted database, swissprot.tar.gz, one
will need to get the nr.tar.gz with the same date stamp. 有些数据库是大数据库
的子集，使用这些子集数据库时，必须同时下载其（相同日期的）大数据库
Additional BLAST databases that are not provided in pre-formatted
formats are available in the FASTA subdirectory. 有些BLAST数据库没有提供预先建库
的文件，这些数据库可以从FASTA文件夹里下载 For genomic BLAST
databases, please check the genomes ftp directory at:
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/ 在这里下载基因组BLAST数据库

2. Contents of the /blast/db/ directory
The pre-formatted BLAST databases are archived in this directory. The
name of these databases and their contents are listed below.
数据库名称 数据库内容
+----------------------+-----------------------------------------------+
|File Name | Content Description |
+----------------------+-----------------------------------------------+
/FASTA | subdirectory for FASTA formatted sequences
存放FASTA格式序列的子文件夹

README | README for this subdirectory (this file)
env_nr.*tar.gz | Environmental protein sequences 环境蛋白序列
env_nt.*tar.gz | Environmental nucleotide sequences 环境核苷酸序列
est.*tar.gz | volumes of the formatted est database
| from the EST division of GenBank, EMBL,
| and DDBJ. EST数据库

Ⅳ NCBI ftp服务器中怎么找到某物种的蛋白信息（比如protein_protein interaction,sublocation,geneID)的汇总

难道不能直接从蛋白库里找么

Ⅵ ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/M_musculus/这个怎么只能看不能下载啊

只要是文件夹的图标一直往里面点，遇到.gz
后缀的再点一下就弹出下载框了

Ⅶ wget如何下载一个NCBI网站目录下的全部文件,

wget -r -c -nH ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/series/GSE10145/

在-nH后加--cut-dirs=3 (ftp地址后的目录层数)就ok了!

Ⅷ 如何在ncbi的genebank下载人来基因组序列

这三种版本的序列释放的时间不一样，另外，是由不同的组织公布的。
GRCh37.p2这个版本的是由Genome Reference Consortium与2010年7月公布的，
HuRef这个版本是由 J Craig Venter Institute 于2007年5月公布的，
Celera这个版本的是由Celera公司与2001年11月公布的，
这三个版本序列有差异，但是都是人类一号染色体的基因序列，都是可以参考的，GRCh37.p2这个版本的最新，也许最详细。

Each file is named according to the abbreviation for the species,
whether the assembly is the reference assembly (_ref_) or an alternate
assembly (_alt_), the assembly name, and either the chromosome label
or the scaffold group (unlocalized, unplaced, or alts). 每个文件的命名参考以下：物种的简写；_ref_代表参考组装序列或_alt_代表备选组装序列；组装序列名称；以及染色体序号或框架群(unlocalized, unplaced, or alts).

Ⅸ 使用filezilla连接NCBI FTP服务器失败，求助

你好，ftp出现不能下载上传或者连接不上或者读取列表失败的情况，多半跟本地网络或者使用不同的ftp软件差异有关系，你可以尝试以下几种方法解决。1，更换ftp软件的连接模式，一般有被动模式和主动模式，更换一下试试。2，更换一下软件，建议用Fl...

Ⅹ NCBI和EBI的FTP允许多线程下载吗

看一下NCBI的FTP帮助
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/README.ftp

有的话应该有提到

In ncftp command line utility the buffer size can be changed via "set
so-bufsize" command.

Example, download from st-va colo to be-md:

ncftp / > set so-bufsize 0

ncftp / > get -z large /dev/null
/dev/null: 1.00 GB 21.27 MB/s

ncftp / > set so-bufsize 33554432

ncftp / > get -z large /dev/null
/dev/null: 1.00 GB 52.70 MB/s

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