minicondapython
Ⅰ miniconda包含python吗
楼上给携厅仿的链接没问题,但是 miniconda 安装包 本身辩纤伏袭是包含 Python 的。官方原话:These Miniconda installers contain the conda package manager and Python.
Ⅱ 苹果系统安装了miniconda但打不开Python该怎么办吗
你好肢前如果苹果系统安装了miniconda但打不开Python,那是软件和系统有冲突,目前版本还没修复这个bug,你可以等到下次版本更运激新以后旁饥袜再下载使用
Ⅲ 如何在anaconda3安装python2
前言
Anaconda是一个Python的科学计算发行版,包含了超过300个流行的用于科学、数学、工程和数据分析的Python Packages。由于Python有2和3两个版本,因此Anaconda也在Python2和Python3的基础上推出了两个发行版,即Anaconda2和Anaconda3。
有时候我们会在电脑上同时使用Anaconda2和Anaconda3两个版本,因此有必要考虑它们的共存问题。一般的使用场景是以其中一个版本为主,另外一个版本为辅,因此只需要达到能方便的切换到备用版本,且备用版本的pip等命令能正常使用即可。
由于Anaconda2和Anaconda3包含较多的模块,很多人是不需要这些的,因此若只想要较为纯净的Python2和Python3共存的,可以看本文最后一部分。
操作步骤
首先安装主版本,在这里我们选择Anaconda2,按照正常步骤安装即可,这里假定安装目录为D:Anaconda2。
纯净Python共存
说是纯净,其实也不完全“纯净”,这里需要用到另外一个发行版miniconda,它仅包含Python本身和Conda包管理器,因此体积不大。使用miniconda时的共存安装方法与上述步骤完全一致,就不赘述了。
miniconda下载主页
总结
本文的共存实现方法其实是基于conda的创建虚拟环境的功能,详情可见此链接。
因此在首先安装主要版本之后,也可使用conda create -n py3 python=3命令来安装Python3,但由于网络问题,这种方法容易失败,所以自己先下载好完整安装包,然后安装到主版本主目录下的envs文件夹更方便。
有人也许会说直接同时安装Anaconda2和Anaconda3,然后将Anaconda3目录下的python.exe改为python3.exe也可实现类似的共存。但这种方法存在一个较大的缺陷,即Anaconda3内包含的某些IDE会工作不消败正常,如Jupyter Notebook和Spyder等,因为他们依赖于安装目录下的python.exe,拿枯颤且备用版本的pip等命令也没办法直接使用,总体来说很不方便。
Ⅳ anaconda与python什么关系
anaconda当中包括了python。
1、Anaconda:
Anaconda指的是一个开源的Python发行版本,其包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量的科学包,Anaconda 的下载文件比较大,如果只需要某些包,或者需要节省带宽或存储空间,也可以使用握宏Miniconda这个较小的发行版。
2、Python:
Python是一种跨平台的计算机程序设计语言。 是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。最初被设计用于编写自动化脚本,随着版本的不断更新和语言新功能的添加,越多被用于独立的、大型项目的开发。
(4)minicondapython扩展阅读:
Python的设计哲学是“优雅”、“明确”、“简单”。因此,Perl语言中“总是有饥慧多种方法来做同一件事”的理念在Python开发者中通常是难以忍受的。
Python开发者的哲学是“用一种方法,最好是只有一种方法来做一件事”。在设计Python语言时,如果面临多种选择,Python开发者一般会拒绝花俏的语法,而选择明确的没有或者很少有歧义的语法。
由于这种设计观念的差异烂皮答,Python源代码通常被认为比Perl具备更好的可读性,并且能够支撑大规模的软件开发。这些准则被称为Python格言。在Python解释器内运行import this可以获得完整的列表。
Ⅳ Miniconda使用体验
生信入门的第一步就是要学会安装软件,但有些软件的安装和编译比较麻烦,这个时候就会怀念windows系统的方便。
根据生信技能树和菜鸟团里的介绍,linux系统也有这种自动式的安装软件的方式,因此,开始体验使用conda来安装软件。
安装简单,只需要在服务器上运行即可
此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹,并更新下环境变量。
注:如果安装后不想在终端前显示(base)
conda install fastqc(软件名)
which fastqc 查看软件安装位置
conda list 可以查看已安盯裂装软件列表,conda默认安装软件的最新版本,如果想安装指定版本的某个软件,可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。
星号标记的表示是已经安装的版本。要 安装其他版本 ,输入:
conda install 软件名=版本号
这时conda会先卸载已安装版本,然后重新安装指定版本。
如果想要安装列表中的软件,可进入该软件的conda主页,比如cutadapt[ https://anaconda.org/bioconda/cutadapt ]
里面会告诉应该使用什么命令~
安装完后的软件在miniconda2文件肆差夹里面的pkgs文件夹下面。
conda config --add channels
查看已经添加的channels
conda config --get channels
conda config --remove channels
conda update conda
conda remove 软件名
source activate 软件名 #把目录添加进环境变量
source deactivate #从环境变量里面 删去
conda info -e
例子:
安装snakemake,snakemake已经整理成Python包,可以直接使用 pip 进行安装,不过需要的Python3的环境,利用 conda 进行安装:
试试 snakemake -h 看看安装成功没有?
但是可能网络会不太好,可能需要多几次进行安凯雹闭装。
参考:
用Miniconda,Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团 [ http://www.bio-info-trainee.com/1906.html] ;
http://www.biotrainee.com/thread-838-1-1.html 。
Ⅵ miniconda2可以装python3
可以。miniconda2是一唯纯款目前最流行的环境管理工具,python3是一个高层次的结合了解释性、编译性、裤判互动性和面向对象的脚本语言。miniconda2可以装python3,功指纯咐能性强大,可以进行程序编写,性价比高。
Ⅶ 电脑上新下载了python3.8,如何将jupyter的内核切换为这个新安装的3.8版本
切换jupyter的内核是不行的,因为jupyter虽然是个集成环境,但是它同时是python的一个包中的组成部分,所以只能在python3.8中另外下载安装notebook了;
因为,对应本题,jupyter所在的包notebook是安装在python旧版本的,不一定与python3.8新版本相兼容。
在python3.8中安装notebook的操作方法,如下:
打开你的python3.8环境(比如miniconda环境,或者自己手工配置环境变量),检查一下,运行以下两个命令之一然后exit()
python
python3
看一下版本是3.x
确认是3.8版本之后,
pip install notebook
或者
pip3 install notebook
然后就可以在新环境中使用jupyter notebook了
Ⅷ anaconda怎么运行python代码
输入相应Python代码。
首先在电脑中、搜索、anaconda、饥燃navigator,进入程序主界面,找到、spyder、,点击底部的、launch、,按功能键F5即可运行Python程序。或宴肢余者可以在开始菜单中搜索、anaconda、prompt、,输入相应Python代码,即可运行。
Anaconda、实际上是一个软件发行版,它附带了、conda、Python、和、150、多个科学包及其依赖项。应晌滚用程序、conda、是包和环境管理器。Anaconda、的下载文件比较大(约、500、MB),因为它附带了、Python、中最常用的数据科学包。如果只需要某些包,或者需要节省带宽或存储空间,也可以使用、Miniconda、这个较小的发行版(仅包含、conda、和、Python)。、
Ⅸ 如何用anaconda python
序
Python易用,但用好却不易,其中比较头疼的就是包管理和Python不同版本的问题,特别是当你使用Windows的时候。为了解决这些问题,有不少发行版的Python,比如WinPython、Anaconda等,这些发行版将python和许多常用的package打包,方便pythoners直接使用,此外,还有virtualenv、pyenv等工具管理虚拟环境。
个人尝试了很多类似的发行版,最终选择了Anaconda,因为其强大而方便的包管理与环境管理的功能。该文主要介绍下Anaconda,对Anaconda的理解,并简要总结下相关的操作。
Anaconda概述
Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版,支持 Linux, Mac, Windows系统,提供了包管理与环境管理的功能,可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理,并且已经包含了Python和相关的配套工具。
这里先解释下conda、anaconda这些概念的差别。conda可以理解为一个工具,也是一个可执行命令,其核心功能是包管理与环境管理。包管理与pip的使用类似,环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换。Anaconda则是一个打包的集合,里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等,所以也称为Python的一种发行版。其实还有Miniconda,顾名思义,它只包含最基本的内容——python与conda,以及相关的必须依赖项,对于空间要求严格的用户,Miniconda是一种选择。
进入下文之前,说明一下conda的设计理念——conda将几乎所有的工具、第三方包都当做package对待,甚至包括python和conda自身!因此,conda打破了包管理与环境管理的约束,能非常方便地安装各种版本python、各种package并方便地切换。
Anaconda的安装
Anaconda的下载页参见官网下载,Linux、Mac、Windows均支持。
安装时,会发现有两个不同版本的Anaconda,分别对应Python 2.7和Python 3.5,两个版本其实除了这点区别外其他都一样。后面我们会看到,安装哪个版本并不本质,因为通过环境管理,我们可以很方便地切换运行时的Python版本。(由于我常用的Python是2.7和3.4,因此倾向于直接安装Python 2.7对应的Anaconda)
下载后直接按照说明安装即可。这里想提醒一点:尽量按照Anaconda默认的行为安装——不使用root权限,仅为个人安装,安装目录设置在个人主目录下(Windows就无所谓了)。这样的好处是,同一台机器上的不同用户完全可以安装、配置自己的Anaconda,不会互相影响。
对于Mac、Linux系统,Anaconda安装好后,实际上就是在主目录下多了个文件夹(~/anaconda)而已,Windows会写入注册表。安装时,安装程序会把bin目录加入PATH(Linux/Mac写入~/.bashrc,Windows添加到系统变量PATH),这些操作也完全可以自己完成。以Linux/Mac为例,安装完成后设置PATH的操作是
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# 将anaconda的bin目录加入PATH,根据版本不同,也可能是~/anaconda3/bin
echo 'export PATH="~/anaconda2/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
# 更新bashrc以立即生效
source ~/.bashrc
配置好PATH后,可以通过which conda或conda --version命令检查是否正确。假如安装的是Python 2.7对应的版本,运行python --version或python -V可以得到Python 2.7.12 :: Anaconda 4.1.1 (64-bit),也说明该发行版默认的环境是Python 2.7。
Conda的环境管理
Conda的环境管理功能允许我们同时安装若干不同版本的Python,并能自由切换。对于上述安装过程,假设我们采用的是Python 2.7对应的安装包,那么Python 2.7就是默认的环境(默认名字是root,注意这个root不是超级管理员的意思)。
假设我们需要安装Python 3.4,此时,我们需要做的操作如下:
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# 创建一个名为python34的环境,指定Python版本是3.4(不用管是3.4.x,conda会为我们自动寻找3.4.x中的最新版本)
conda create --name python34 python=3.4
# 安装好后,使用activate激活某个环境
activate python34 # for Windows
source activate python34 # for Linux & Mac
# 激活后,会发现terminal输入的地方多了python34的字样,实际上,此时系统做的事情就是把默认2.7环境从PATH中去除,再把3.4对应的命令加入PATH
# 此时,再次输入
python --version
# 可以得到`Python 3.4.5 :: Anaconda 4.1.1 (64-bit)`,即系统已经切换到了3.4的环境
# 如果想返回默认的python 2.7环境,运行
deactivate python34 # for Windows
source deactivate python34 # for Linux & Mac
# 删除一个已有的环境
conda remove --name python34 --all
用户安装的不同python环境都会被放在目录~/anaconda/envs下,可以在命令中运行conda info -e查看已安装的环境,当前被激活的环境会显示有一个星号或者括号。
说明:有些用户可能经常使用python 3.4环境,因此直接把~/anaconda/envs/python34下面的bin或者Scripts加入PATH,去除anaconda对应的那个bin目录。这个办法,怎么说呢,也是可以的,但总觉得不是那么elegant……
如果直接按上面说的这么改PATH,你会发现conda命令又找不到了(当然找不到啦,因为conda在~/anaconda/bin里呢),这时候怎么办呢?方法有二:1. 显式地给出conda的绝对地址 2. 在python34环境中也安装conda工具(推荐)。
Conda的包管理
Conda的包管理就比较好理解了,这部分功能与pip类似。
例如,如果需要安装scipy:
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# 安装scipy
conda install scipy
# conda会从从远程搜索scipy的相关信息和依赖项目,对于python 3.4,conda会同时安装numpy和mkl(运算加速的库)
# 查看已经安装的packages
conda list
# 最新版的conda是从site-packages文件夹中搜索已经安装的包,不依赖于pip,因此可以显示出通过各种方式安装的包
conda的一些常用操作如下:
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# 查看当前环境下已安装的包
conda list
# 查看某个指定环境的已安装包
conda list -n python34
# 查找package信息
conda search numpy
# 安装package
conda install -n python34 numpy
# 如果不用-n指定环境名称,则被安装在当前活跃环境
# 也可以通过-c指定通过某个channel安装
# 更新package
conda update -n python34 numpy
# 删除package
conda remove -n python34 numpy
前面已经提到,conda将conda、python等都视为package,因此,完全可以使用conda来管理conda和python的版本,例如
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# 更新conda,保持conda最新
conda update conda
# 更新anaconda
conda update anaconda
# 更新python
conda update python
# 假设当前环境是python 3.4, conda会将python升级为3.4.x系列的当前最新版本
补充:如果创建新的python环境,比如3.4,运行conda create -n python34 python=3.4之后,conda仅安装python 3.4相关的必须项,如python, pip等,如果希望该环境像默认环境那样,安装anaconda集合包,只需要:
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# 在当前环境下安装anaconda包集合
conda install anaconda
# 结合创建环境的命令,以上操作可以合并为
conda create -n python34 python=3.4 anaconda
# 也可以不用全部安装,根据需求安装自己需要的package即可
设置国内镜像
如果需要安装很多packages,你会发现conda下载的速度经常很慢,因为Anaconda.org的服务器在国外。所幸的是,清华TUNA镜像源有Anaconda仓库的镜像,我们将其加入conda的配置即可:
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# 添加Anaconda的TUNA镜像
conda config --add channels u.cn/anaconda/pkgs/free/
# TUNA的help中镜像地址加有引号,需要去掉
# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
执行完上述命令后,会生成~/.condarc(Linux/Mac)或C:UsersUSER_NAME.condarc文件,记录着我们对conda的配置,直接手动创建、编辑该文件是相同的效果。
跋
Anaconda具有跨平台、包管理、环境管理的特点,因此很适合快速在新的机器上部署Python环境。总结而言,整套安装、配置流程如下:
下载Anaconda、安装
配置PATH(bashrc或环境变量),更改TUNA镜像源
创建所需的不用版本的python环境
Just Try!
Ⅹ miniconda和python
你可以在你的python脚本里面直接import这个脚本,这样的话就不需要安装了。