细胞系数据库

㈠ 如何利用数据库查询细胞某基因表达情况

一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称，NCBI登录号，或者Ensembl基因ID，点击基因报告（Gene Report），就能在突变摘要（Mutation Summary）中找到已发现的突变和拷贝数变化，以及迄今为止，这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方，包括了点突变，少量缺失，以及插入突变等方面的数据。

㈡ 国际着名的三大蛋白质数据库

国际着名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

1、UniProt数据库

蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

2、The Human Protein Atlas数据库

The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并提供免费查询。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术，检查每一种蛋白质在人类48种正常组织，20种肿瘤组织，47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达，其结果用至少576张免疫组化染色图表示，并经专业人员校对和标引，保证染色结果具有充分的代表性。

3、PhosphoSitePlus数据库

PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。

该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

性能及历史

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月，动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。

分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。

蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库，因此HPDB支持中文查询。

蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件，并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。

㈢ 怎样查到一个特定细胞株的相关知识和培养条件

ATCC (American Type Culture Collection) 收集了绝大多数细胞的详细资料。数据库中有每一种细胞的详细描述，包括细胞的来源，培养和冻存条件，以及相关文献等资料。

㈣ cancer cell ency clopedia网站如何使用

CCLE数据库几个知识点；
数据处理
通过R语言来处理数据，需要一定R语言基础；
因为下载下来的数据包含了多种癌症，首先是处理细胞系信息，选择自己需要的细胞系，进行后续操作。
样品信息包含了以上26中信息，可以根据需要，选择信息进行后续处理，比如说，我选择样品ID，细胞系名称，原发灶或转移灶，原发疾病类型，亚型等信息。
可以看到有35种不同的癌症类型，我们选择特定的一种即可，比如我选择肝癌。

㈤ 哪里可以找到 13 mESC ChIP-seq datasets数据库

一个从ChIP-Seq数据中解码长链非编码RNA和microRNA基因转录调控的数据库
长链非编码RNAs（lncRNAs）和microRNAs（miRNAs）代表了真核生物中两类重要的非编码RNAs。尽管这些非编码RNAs涉及到生物体发育和各种人类疾病，但是令人惊讶的是有关它们的转录调控知之甚少。染色体免疫沉淀和下一代DNA测序（ChIP-Seq）的最新进展已经以空前的敏感性提供了检测转录因子结合位点（transcription factor binding sites，TFBSs）的方法。本研究中，我们描述了ChIPBase（http://deepbase.sysu.e.cn/chipbase/），我们开发的一个新数据库以促进从ChIP-Seq数据中进行转录因子结合图谱和lncRNAs与miRNAs转录调控关系的综合注释和发现。ChIPBase的当前版本包括了通过在来自六种生物体的不同组织和细胞系中的543个ChIP-Seq实验产生的高通量测序数据。
通过分析数以百万计的TFBSs，我们鉴定了数以万计的TF-lncRNA和TF-miRNA调控关系。此外，开发了两个基于网络的服务器以从ChIP-Seq数据中注释和发现lncRNAs和miRNAs的转录调控关系。另外，我们开发了两个基因组浏览器deepView和genomeView，以提供多维数据的整合查看。而且，我们的网络实现支持不同的查询类型及TFs、lncRNAs、miRNAs、基因本体论和通路的探索。

㈥ depmap数据库使用方法

一、查询基因并下载相关数据

Step 1 直接在网站检索框输入检索内容，如“TP53”，输入完之后，就可以得到 TP53 这个基因在所有数据当中的情况。其中就包括这个基因在全基因组 CRISPR 当中的情况，基本的分析结构，基因突变和拷贝数变化情况等等。
Step 2 可以在扰动效应( Perturbation Effects ) 查看 TP53 在基因组 CRISPR 当中的重要性。gene effect 越越提示该基因可能与细胞的生长相关，得分0位不相关，而-1的得分对应于所有常见必需基因的中值。
Step 3 而在特征(Characterization)则可以观察 TP53 在不同的细胞系当中的各个组学的情况。如表达数据，拷贝数变异，甲基化等，点击某一个特征可以下载该基因在本特征中表达的数据情况。
Step 4 predictability可以预测两个特征之间的相关性。

二、查看和筛选细胞系
Step 1 Cell Line Selector 来选择目标细胞系。
Step 2 在这里定义好之后，后续的分析都可以对目标细胞系进行特殊的可视化，如果没有，则点击 Creat custom list 来进行细胞系定义，并可以根据表头的信息进行筛选。默认的界面包括了细胞系名称以及细胞系所属组织。我们可以在右侧添加其他信息来进行筛选。例如我们想要筛选具有 MSI 的细胞。就可以添加一个细胞系的 MSI 特征的列。然后通过筛选功能，就可以得到 MSI 的细胞系是哪些了。

三、数据探索 两个特征相关性

Step 1 点击“ data explorer ”
Step 2 选择X Y轴的项目，右边可以展示两者相关性。
Step 3 选择项目-名称-数据库即可开始plot图，可以下载表达数据。

㈦ 南昌有干细胞库吗

南昌大学第二附属医院院士工作站、江西省干细胞库、江西省干细胞研发与技术转化基地在南昌正式落成。该系统工程的建立填补了我省干细胞领域的空白，同时吸引了中科院吴祖泽院士、陆士新院士，中国工程院阮长耿院士等一批国内一流专家，对提高我省再生医学产业技术创新能力，推动我省医疗机构干细胞临床应用水平发展，将起到重要作用。副省长谢茹、省政协副主席李华栋出席启动仪式并揭牌。

据了解，干细胞科学技术连续多年被列入“人类十大科技进展”，作为《国家中长期科学和技术发展计划纲要》的重要内容，已被列入国家 “十一五”计划和科技部制定的国家重大科技专项。目前，在治疗血液病、肝硬化、神经系统、免疫系统等传统医学无法解决的疾病方面，干细胞技术均取得了良好效果，临床使用范围及对象不断扩大。

江西省干细胞库专门从事我省干细胞资源的采集、保存和临床治疗用细胞供应，力争5年内成为中部地区极具影响力的干细胞库，在干细胞的研究和再生医学临床应用方面走在全国前列。该项目不仅填补了江西省干细胞领域的空白，保障了江西省临床所需干细胞的供应，同时，通过干细胞科技与临床医疗的结合，满足不断壮大的干细胞治疗美容保健等社会需求，打造我省的名片学科，顺应生物医药产业的发展趋势，提供最先进的干细胞诊疗技术。

据悉，江西省干细胞库建成使用后，拥有净化实验室1800平米，专门从事我省干细胞资源的采集、保存、临床治疗用细胞供应，将成为省内乃至整个中部地区最大的集干细胞技术转化、干细胞存储和应用于一体的综合性干细胞产业化基地。充分发挥院士专家的技术引领作用，推动产学研紧密合作，搭建科研创新和技术创新融一体的高层次平台，从而加快干细胞科技成果转化应用效率，进一步提升我省科研创新能力和重大疾病的临床救治水平。

据了解，自上世纪九十年代起，江西省南昌大学第二附属医院就十分重视干细胞的基础与临床研究，聚集了一批高层次研究人才，形成了老中青相结合、基础研究和临床应用相结合的优秀科技团队，并先后获国家专利1项，获国家自然科学基金5项、省自然科学基金4项。1993年江西省重点实验室分子医学重点实验室成立，2003年国家干细胞工程技术研究中心江西分中心成立，都成为了我省生物医学发展史上的里程碑。

㈧ 哪里可以找到果蝇的lncRNA数据库

关系的综合注释和发现。ChIPBase的当前版本包括了通过在来自六种生物体的不同组织和细胞系中的543个ChIP-Seq实验产生的高通量测序数据。
通过分析数以百万计的TFBSs，我们鉴定了数以万计的TF-lncRNA和TF-miRNA调控关系。此外，开发了两个基于网络的服务器以从ChIP-Seq数据中注释和发现lncRNAs和miRNAs的转录调控关系。另外，我们开发了两个基因组浏览器deepView和ge