srs数据库

㈠ 为什么说swiss-prot是重要的蛋白质序列数据库

SWISS-PROT是含有详细注释内容的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学中心（EBI）维护，目前已合并入 UniProt数据库，旨在帮助基因组和蛋白质组以及相关的分子生物学研究人员提供有关蛋白质氨基酸序列的最新信息。
SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立
了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。SWISS-PROT数据库包含了EMBL核酸序列数据库中被经过仔细检查和准确注释了
的蛋白质序列，一般地，任何蛋白质序列数据的搜寻和比较都应从SWISS-PROT开始。

SWISS-PROT蛋白质序列数据由大量序列条目组成，每一个序列条目
有其自己的格式。为了标准化的目的，SWISS-PROT的格式与EMBL核酸序列数据库的格式尽可能类似。SWISS-PROT涉及已知蛋白质的序列、
引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关
系、序列变异体和冲突等信息。利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。SWISS-PROT只接受直接测序
获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。

㈡ 如何在swiss-prot 查找有关kinase和srs的查找

为啥指定数据库？条条大道通罗马的说。。。

看链接是我搜到的。。。当然我发现里面也有链接过去swiss prot哈哈哈

怎么搜？去那边网站，搜索框打个基因名称，回车。。。

楼主莫要告诉我一整页里找不到variants信息在哪里。。。我只能建议ctrl+f鸟。。。

㈢ 1. 简述SRS数据库检索系统主要特点,与UniProt数据库有哪些异同

1.统一的用户界面；2. 高效的查询功能;3. 灵活的指针链接;4. 方便的程序接口;5 开放的管理模式;6. 统一的开发平台

㈣ 安装SQL 2016 ,都到最后了出现R server安装失败咋解决

原因：残留文件存在导致。解决方法：删除注册表来解决此问题。

如下参考：

1、先添加/删除过程，完全删除SQLserver。

㈤ 什么是软件需求，什么是功能需求——论需求的三个层次和三个方面（2）

我们的软件产品或者项目，其需求都有三个层级和三个方面。 一、我们首先看需求的三个层次 软件需求包括3个不同的层次――业务需求、用户需求和功能需求。 业务需求（Business requirement）表示组织或客户高层次的目标。业务需求通常来自项目投资人、购买产品的客户、实际用户的管理者、市场营销部门或产品策划部门。业务需求描述了组织为什么要开发一个系统，即组织希望达到的目标。使用前景和范围（vision and scope）文档来记录业务需求，这份文档有时也被称作项目轮廓图或市场需求（project charter 或 market requirement）文档。 功能需求（functional requirement）规定开发人员必须在产品中实现的软件功能，用户利用这些功能来完成任务，满足业务需求。功能需求有时也被称作行为需求（behavīoral requirement），因为习惯上总是用“应该”对其进行描述：“系统应该发送电子邮件来通知用户已接受其预定”。功能需求描述是开发人员需要实现什么。注意：用户需求不总是被转变成功能需求。产品特性，所谓特性（feature），是指一组逻辑上相关的功能需求，它们为用户提供某项功能，使业务目标得以满足。对商业软件而言，特性则是一组能被客户识别，并帮助他决定是否购买的需求，也就是产品说明书中用着重号标明的部分。客户希望得到的产品特性和用户的任务相关的需求不完全是一回事。一项特性可以包括多个用例，每个用例又要求实现多项功能需求，以便用户能够执行某项任务。 系统需求（system requirement）用于描述包含有多个子系统的产品（即系统）的顶级需求。系统可以只包含软件系统，也可以既包含软件又包含硬件子系统。人也可以是系统的一部分，因此某些系统功能可能要由人来承担。 业务规则包括企业方针、政府条例、工业标准、会计准则和计算方法等。业务规划本身并非软件需求，因为它们不属于任何特定软件系统的范围。然而，业务规则常常会限制谁能够执行某些特定用例，或者规定系统为符合相关规则必须实现某些特定功能。有时，功能中特定的质量属性（通过功能实现）也源于业务规则。所以，对某些功能需求进行追溯时，会发现其来源正是一条特定的业务规则。 功能需求记录在软件需求规格说明（SRS）中。SRS完整地描述了软件系统的预期特性。SRS我们一般把它当作文档，其实，SRS还可以是包含需求信息的数据库或电子表格；或者是存储在商业需求管理工具中的信息；而对于小型项目，甚至可能是一叠索引卡片。开发、测试、质量保证、项目管理和其他相关的项目功能都要用到 SRS。 除此之外，对于需求层次，我们还有其它的分法： 组织级需求->业务需求->用户需求->功能需求（有时也叫行为需求）。 组织级需求：一般代表着组织的愿景和目标。对于大的公司，一般是通过资深的咨询顾问和咨询公司得出的，呈现的方式是咨询报告。比如在ITSM或者企业信息化这方面。典型的组织级的需求是：降低成本、减少库存成本、提升IT服务部门在企业中的价值、通过ISO20000、提高IT服务的效率、提高员工的满意度等。 业务需求：是要完组织的使命，达成组织的愿景的各个业务流程和业务单元具有的需求。业务需求服从于组织需求。 用户需求：用户级的需求，是在业务级的需求下，各个岗位协作完成业务而具有的需求。我们在软件需求规格说明书中表述的需求其实主要是这一部分需求。 功能需求：同样，它代表着产品或者软件需求具备的能力。 一般是管理人员或者产品的市场部门人员负责定义软件的业务需求，以提高公司的运营效率（对信息系统而言）或产品的市场竞争力（对商业软件而言）。所有的用户需求都必须符合业务需求。需求分析员从用户需求中推导出产品应具备哪些对用户有帮助的功能。开发人员则根据功能需求和非功能需求设计解决方案，在约束条件的限制范围内实现必需的功能，并达到规定的质量和性能指标。当一项新的特性、用例或功能需求被提出时，需求分析员必须思考一个问题：“它在范围内吗？”。如果答案是肯定的，则该需求属于需求规格说明，反之则不属于。但答案也许是“不在，但应该在”，这时必须由业务需求的负责人或投资管理人来决定：是否扩大项目范围以容纳新的需求。这是一个可能影响项目进度和预算的商业决策。 二、需求的三个方面 除了功能需求外，SRS中还包含非功能需求，包括性能指标和对质量属性的描述。 质量属性（quality attribute）对产品的功能描述作了补充，它从不同方面描述了产品的各种特性。这些特性包括可用性、可移植性、完整性、效率和健壮性，它们对用户或开发人员都很重要。其他的非功能需求包括系统与外部世界的外部界面，以及对设计与实现的约束。还有一项称为可用性（usability）的质量属性，它规定了业务需求中“有效”（efficiently）一词的含义。 约束（constraint）限制了开发人员设计和构建系统时的选择范围。约束，在产品的架构设计中，是需要被首先考虑的问题。 如果说产品的功能代表了产品的能力，那么产品的质量属性代表了产品的品质，产品的约束代表了产品必须去满足的或者适应的条件！用人说“用户体验”是产品的灵魂，对于个人级的软件这么说或许很恰当，当对于企业级甚至是行业级的产品，其灵魂有两个：一个是产品带个用户的价值，另一个是产品的品质，简单的说，就是价值和品质。但其成为一个产品的前提应该是满足约束，否则就不应该设计、开发、进入市场而成为一个垃圾。

㈥ 是哪位科学家首次在世界上建立了蛋白质数据库是哪位科学家首次在世界上建立了DNA序列数据库

EMBL是欧洲生物信息学研究所
(European
Bioinformatics
Institute,
EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分，一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交，另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等,
1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系，他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息，每天都将新发现或更新过的数据相互交换。
DNA数据库的规模正在以指数方式增长，平均不到9个月就增加一倍。1998年1月，EMBL中收录的序列数已超过一百万，包括15,500个物种，其中模式生物的序列占50%以上，它们包括人类(Homo
sapiens),
线虫(Caenorhabditis
elegans)，啤酒酵母(Saccharomyces
cerevisiae)，小鼠(Mus
musculus)和拟南芥(Arabidopsis
thalania)。
可以利用序列查询系统
SRS(Sequence
Retrieval
System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等，1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序，可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。

㈦ DNA数据库的EMBL

欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分，一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交，另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等, 1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系，他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息，每天都将新发现或更新过的数据相互交换。
DNA数据库的规模正在以指数方式增长，平均不到9个月就增加一倍。1998年1月，EMBL中收录的序列数已超过一百万，包括15,500个物种，其中模式生物的序列占50%以上，它们包括人类(Homo sapiens), 线虫(Caenorhabditis elegans)，啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)，小鼠(Mus musculus)和拟南芥(Arabidopsis thalania)。
可以利用序列查询系统 SRS(Sequence Retrieval System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等，1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序，可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。

㈧ 蛋白质序列数据库包含哪些内容

蛋白质数据库

1. PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，包含超过142,000条蛋白质序列(至99年9月)，其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引，以及数据库内部条目之间的索引，这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶－底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库，每周可以得到更新部分。

PSD数据库有几个辅助数据库，如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务：基于文本的交互式检索；标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的网址是：http://pir.georgetown.e/。

数据库下载地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。

2. SWISS-PROT

SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。

利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。

SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。

SWISS-PROT的网址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。

3. PROSITE

PROSITE数据库收集了生物学有显着意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了序列模式之外，PROSITE还包括由多序列比对构建的profile，能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。

PROSITE的网址是：http://www.expasy.ch/prosite/。

4. PDB

蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB收集的数据来源于X光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据，经过整理和确认后存档而成。目前PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据库的检索和下载服务，以及关于PDB数据文件格式和其它文档的说明，PDB数据还可以从发行的光盘获得。使用Rasmol等软件可以在计算机上按PDB文件显示生物大分子的三维结构。

RCSB的PDB数据库网址是：http://www.rcsb.org/pdb/。

5. SCOP

蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次：家族，描述相近的进化关系；超家族，描述远源的进化关系；折叠子(fold)，描述空间几何结构的关系；折叠类，所有折叠子被归于全α、全β、α/β、α＋β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外，SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库，通过与这个库中序列的两两比对，可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。

SCOP的网址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

6. COG

蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对，并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询，基于Web的COGNITOR服务，系统进化模式的查询服务等。

COG库的网址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。

下载COG库和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。

㈨ SRS在生物学中什么意思

SRS（Sequence Retrieval System，）是EMBL研制的一个基于WEB的查询系统，也是目前国际上最有影响的生物分子数据库查询系统之一。SRS采用全菜单驱动方式，用户可以同SRS 迅速地访问生物分子数据库和文献数据库，包括EMBL、EMBL_NEW、SWISS-PROT、PIR等一级数据库，还包括许多二级数据库，如蛋白质家族和结构域数据库PROSITE、限制酶数据库ReBase、PDB序列子集数据库NRL_3D、真核基因启动子数据库EPD、E.coli 数据库ECD、酶名称和反应数据库ENZYME、生物计算文献数据库SEQANALREF等，还有与功能、疾病相关的数据库，总共有80个数据库。SRS在欧洲、亚洲、太平洋地区、南美洲等地方都有镜像站点，在中国的镜像站点建立在北京大学生物信息中心。除了查询和获取数据功能之外，SRS还带有许多嵌入式工具，如分子疏水性显示、相似序列搜索、多重序列比对等工具。

㈩ DNA数据库的EMBL

欧洲生物信息学研究所(European
Bioinformatics
Institute,
EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分，一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交，另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等,
1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系，他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息，每天都将新发现或更新过的数据相互交换。
DNA数据库的规模正在以指数方式增长，平均不到9个月就增加一倍。1998年1月，EMBL中收录的序列数已超过一百万，包括15,500个物种，其中模式生物的序列占50%以上，它们包括人类(Homo
sapiens),
线虫(Caenorhabditis
elegans)，啤酒酵母(Saccharomyces
cerevisiae)，小鼠(Mus
musculus)和拟南芥(Arabidopsis
thalania)。
可以利用序列查询系统
SRS(Sequence
Retrieval
System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等，1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序，可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。