linux安装r包

⑴ linux安装R包TwoSampleMR遇见的报错

          最近一位老友在倒腾GWAS的研究，发现R包TwoSampleMR用于pQTL的分析，让我在Linux系统上帮忙安装下，根据网页的安装提示进行操作（https://github.com/MRCIEU/epigraphdb-pqtl/），在操作过程中遇见了一些报错和实践的解决方案，在此文特此记录：

运行后出现报错信息如下：

解决步骤1：

        重新安装gmp，最初开始用BiocManager::install("gmp")，出现报错信息“configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org”，查阅资料过后解决方案用conda安装gmp，操作命令如下

解决步骤2：

      接下来重新安装iterpc，用BiocManager::install("iterpc")成功安装

解决步骤3：

     接下来重新安装Cairo，用BiocManager::install("Cairo")，出现报错信息“configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.”，查阅资料后改用conda安装，操作命令如下

解决步骤4：

      最后重新运行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安装TwoSampleMR，成功安装，library导入后，出现如下信息。

⑵ 安装R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 问题解决

安装R包（ade4）时遇到以下问题（缺少库文件）：

从报错信息可以看出报错根本原因是找不到lapack和blas库（-l 是lib的意思，xxx是库名）

1，直接在Linux系统下搜索（Linux下运行，而非R环境下运行）

注，搜索的是-lxxx中的xxx（-l 是lib的意思，xxx是库名）
blas搜索结果：

lapack搜索结果：

此时是装在默认路径下的anaconda/lib目录下

3，将anaconda/lib下的文件链接到ld所在bin目录同级的lib目录下

4，重新安装R包

⑶ R包安装及设置镜像

lib : character vector giving the library directories where to install the packages. Recycled as needed. If missing, defaults to the first element of .libPaths().
repos : character vector, the base URL(s) of the repositories to use, e.g., the URL of a CRAN mirror such as " https://cloud.r-project.org ". For more details on supported URL schemes see url.

quiet : logical: if true, rece the amount of output.

源码编译安装的时候，要将源码压缩成tar.gz格式再安装，zip格式会出奇怪的错误。

Bioconctor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。

在文末添加如下语句:

⑷ 如何在linux环境下安装R包

第一步：用Xshell登陆服务器，cd命令进入你要存放R.tar.gz压缩包的路径，如第一张图，我是cd ~/software,进入~/software路径才开始下载R压缩包。然后wget +url（R文件网址）获取R-3.0.0.tar.gz。第二张图是下载完成后截取的。

第二步，先解压R-3.0.0.tar.gz，然后cd R-3.0.0打开R-3.0.0文件夹。接下来两条命令按第一张图所示输入。./configure命令后截取了一张图。

第三步，先make，然后 make install。make命令后出现Error 1和Error 2，我没有弄明白错误原因。往下装

第四步，vim ~/.bash_profile，vim打开此文件后在PATH中修改环境变量PATH=/home/luokai/software/R/bin:$PATH(也就是你mkdir后面的路径）。vim打开文件后有三种模式：一般模式（打开后就是此模式），编辑模式以及命令行模式。在编辑模式下修改PATH后输入:wq（保持后退出）退出vim。关于这三种模式的切换及具体操作可以网络具体了解。
第五步，source ~/.bash_profile,然后R，打开R可以看见一些描述信息。R装好了。

END
R包安装

R运行环境装好后，下载需要的R包，可以用较方便的install.packages命令。这里的dependencies设置为TRUE，可以自动下载你所装包“mpMap”所需要的其他依赖包。

加载R包，用包前需要先加载。有两种加载方法，实现加载的两个函数是：library和require。两者之间存在细微差别，后者会返回一个布尔值（TRUE或FALSE）来表示是否加载成功。

⑸ 请教如何在linux/centos的服务器下安装R

我要是没有记错，centos的r包古老的有些年头了。复制以下代码（需要root密码/sudo密码）

sudoyuminstallreadline-develgcc-gfortranlibXp-devel
sudoyumgroupinstall'XWindowSystem'
mkdir~/tmpR
cd~/tmpR
wget<ahref="http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.15.1.tar.gz"rel="nofollow">http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.15.1.tar.gz</a>
tarvxf<ahref="http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.15.1.tar.gz"rel="nofollow">http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.15.1.tar.gz</a>
cdR-2.15.1
mkdirbuild
cdbuild
../configure--enable-R-shlib
make-j4
sudomakeinstall

yum install 出问题了就去找找相应的devel包吧，我估计就是X11会有些问题.

⑹ 如何在linux环境下安装R包

RPM 安装操作 命令： rpm -i 需要安装的包文件名 举例如下： rpm -i example.rpm 安装 example.rpm 包； rpm -iv example.rpm 安装 example.rpm 包并在安装过程中显示正在安装的文件信息； rpm -ivh example.rpm 安装 example.rpm 包并在安装过...

⑺ 【生信基础】conda 安装R和R包

conda 安装R环境，主要命令如下：

2.激活创建的环境,后面安装的包和软件都会在此环境中进行

3.安装所需要的包

4.关闭此环境

安装完R环境后，export 相应的path，如下

安装相关的包，例如ballgown：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ballgown")

注意，如果不export 相应的path，R安装包时很容易找不到相应的程序，如：
/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++: command not found

⑻ 请教如何在linux/centos的服务器下安装R

Linux软件的二进制分发是指事先已经编译好二进制形式的软件包的发布形式，其优点是安装使用容易，缺点则是缺乏灵活性，如果该软件包是为特定的硬件平台编译的，那它就不能在另外的平台或环境下正确执行。1、*.rpm形式的二进制软件包安装：rpm -ivh *.rpm
卸载：rpm -e packgename
说明：RPM(RedHat Packge
Manager)是RedHat公司出的软件包管理器，使用它可以很容易地对rpm形式的软件包进行安装、升级、卸载、验证、查询等操作，安装简单，而卸
载时也可以将软件安装在多处目录中的文件删除干净，因此推荐初学者尽可能使用rpm形式的软件包。rpm的参数中-i是安装，-v是校验，-h是用散列符
显示安装进度，*.rpm是软件包的文件名(这里的*.rpm特指*.src.rpm以外的以rpm为后缀的文件);参数-e是删除软件
包，packgename是软件包名，与软件包的文件名有所区别，它往往是文件名中位于版本号前面的字符串，例如apache-3.1.12-
i386.rpm和apache-devel-3.1.12-i386.rpm是软件包文件名，它们的软件包名称分别是apache和apache-
devel.更多的rpm参数请自行参看手册页：man rpm.
如果你不喜欢在字符界面下安装或卸载这些软件包，完全可以在X-Window下使用图形界面的软件包管理程序。现在这些做的非常好了。
2、*.tar.gz/*.tgz、*.bz2形式的二进制软件包
安装：tar zxvf *.tar.gz 或 tar yxvf *.bz2
卸载：手动删除
说明：*.tar.gz/*.bz2形式的二进制软件包是用tar工具来打包、用gzip/bzip2压缩的，安装时直接解包即可。对于解压后
只有单一目录的软件，卸载时用命令"rm -rf
软件目录名";如果解压后文件分散在多处目录中，则必须一一手动删除(稍麻烦)，想知道解压时向系统中安装了哪些文件，可以用命令"tar ztvf
*.tar.gz"/"tar ytvf
*.bz2"获取清单。tar的参数z是调用gzip解压，x是解包，v是校验，f是显示结果，y是调用bzip2解压，t是列出包的文件清单。更多的参
数请参看手册页：man tar.
如果你更喜欢图形界面的操作，可以到Ubuntu上看看他的包管理，超级方便。
3、提供安装程序的软件包
这类软件包已经提供了安装脚本或二进制的安装向导程序(setup、install、install.sh等)，只需运行它就可以完成软件的安
装;而卸载时也相应地提供了反安装的脚本或程序。例如SUN公司的StarOffice办公软件套件就使用名为setup的安装程序，而且在软件安装后提
供反安装的功能，目前这种类型的软件包还比较少，因其安装与卸载的方式与Windows软件一样，所以就无需多讲了。

⑼ 安装R包 fatal error: zlib.h: No such file or directory 问题解决

安装R包（seqinr）时遇到以下问题（缺少config文件）：

从报错信息可以看出报错根本原因是找不到zlib.h

1，确认是否安装zlib

注：上述命令Linux下运行，而非R环境下运行
输出结果：

可见zlib已安装。若未安装可用以下命令安装：

3，将zlib.h从安装的默认路径（anaconda/include）链接到报错中提示需要的位置

4，重新安装R包，如果还缺其他config按照上述过程解决，确实lib的话按照上一篇文章的方法（ 安装R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 问题解决 - (jianshu.com)
）解决

⑽ R在linux中的library path的问题：

问题：

非root权限下安装的R包都是默认安装在

/home/[yourname]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/[version]

这就导致一个问题，别的用户无法使用到你安装的包，需要自己再安装一遍，这样就很麻烦

解决办法：将别人的R library path 加载到自己的R环境变量中就可以了：

先查看一下包的安装路径：

.libPath()

[1] "/home/user2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"

[2] "/usr/local/lib/R/site-library"

[3] "/usr/lib/R/site-library"

[4] "/usr/lib/R/library"

安装时会按照顺序安装，

[1] "/home/balter/conda/envs/dada2/lib/R/library" "/usr/local/lib/R/site-library"

[3] "/usr/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/library"

export R_LIBS="/home/user2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"

即可凑合用。

更专业点就是修改R启动时候加载的Rprofile文件，参考：

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html