增强子数据库

① 如何用生物信息学方法预测增强子

增强子及其生物信息学预测

真核生物基因表达调控是当代分子生物学研究的重要课题之一。增强子是主要的真核生物基因表达调控的顺式作用元件,能有效促进基因表达。因此,增强子的相关研究是当今分子生物学研究的重点之一。运用生物信息学方法具有方便、快捷以及成本低等优势,这使得生物信息学成为当代分子生物学研究的重要工具。本文简单综述了增强子相关研究进展和采用生物信息学策略对序列保守性增强子进行预测和定位的几个常用数据库和具体方法。

② 如何用电脑软件绘制质粒图谱

一个合格质粒的组成要素 复制起始位点Ori，即控制复制起始的位点。原核生物DNA 分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA 分子有多个复制起始位点。 抗生素抗性基因：可以便于加以检测，如Amp+ ，Kan+ 多l 克隆位点：MCS 克隆携带外源基因片段 P/E：启动子/增强子 Terms：终止信号 加poly（A）信号：可以起到稳定mRNA 作用 。

二、如何阅读质粒图谱

第一步：首先看Ori 的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒） Ori 的箭头指复制方向，其他元件标注的箭头多指转录方向（正向）。

第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记：

（1）Ampr：水解β -内酰胺环，解除氨苄的毒性。

（2）tetr ：可以阻止四环素进入细胞。

（3）camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。

（4）neor（kanr）：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418（卡那霉素衍生物）失活。

（5）hygr：使潮霉素β 失活。

第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点，便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。

第四步：再看外源 DNA 插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb 的外源DNA 片段。

③ 怎么知道一个基因是否在某一肿瘤细胞中表达

人类结构基因4个区域：①编码区，包括外显子与内含子；②前导区，位于编码区上游，相当于RNA5’末端非编码区（非翻译区）；③尾部区，位于RNA3’编码区下游，相当于末端非编码区（非翻译区）；④调控区，包括启动子和增强子等。基因编码区的两侧也称为侧翼顺序