数据库gc

① 生物信息学数据库常用的三种序列格式

一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：
打开google 首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，View report。
二、结果：
输出序列长度918bp，
载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。
进入google首页，搜索RepeatMasker，进入RepeatMasker主页，进入RepeatMasking，复制序列，DNA source选择human，运行！点击超链接，在结果中选择
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：
进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！
二、结果：

CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：Sum C+G=297，百分数=77.14
Obs/Exp：1.01
4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Neural Network Promoter Prediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！
二、结果：

位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Splice Site Prediction，进入主页，复制序列。Organism选择Human or other。其他默认，运行！
二、结果：
供体：

受体：
6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择all resources（A~Z），选择O，选择ORF finder。复制序列，默认，运行！
二、结果：ORF图
三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize， ，其他默认，运行！
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。
一、步骤：进入google首页，google in English，搜索REBASE，进入主页， 分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！
在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃； 。

② select选项中的option选项从数据库输入，结果只显示最后一个数据

while(rs.next()){
gc[i].setId(rs.getString("id"));
gc[i].setName(rs.getString("name"));}

你的循环有问题撒，你的数据库记录的循环在i=0的时候就循环完了，这样的话，你的gc.length应该是1，那么肯定就只有最后一个数据了。
把gc[i].setName(rs.getString("name"));}后面的}改到rs.close();前面就可以了

③ 数据库什么是字段应该设置索引

索引是提高数据查询最有效的方法，也是最难全面掌握的技术，因为正确的索引可能使效率提高10000倍，而无效的索引可能是浪费了数据库空间，甚至大大降低查询性能。
索引的管理成本
1、 存储索引的磁盘空间
2、 执行数据修改操作（INSERT、UPDATE、DELETE）产生的索引维护
3、 在数据处理时回需额外的回退空间。
实际数据修改测试：
一个表有字段A、B、C，同时进行插入10000行记录测试
在没有建索引时平均完成时间是2.9秒
在对A字段建索引后平均完成时间是6.7秒
在对A字段和B字段建索引后平均完成时间是10.3秒
在对A字段、B字段和C字段都建索引后平均完成时间是11.7秒
从以上测试结果可以明显看出索引对数据修改产生的影响
索引按存储方法分类
B*树索引
B*树索引是最常用的索引，其存储结构类似书的索引结构，有分支和叶两种类型的存储数据块，分支块相当于书的大目录，叶块相当于索引到的具体的书页。一般索引及唯一约束索引都使用B*树索引。
位图索引
位图索引储存主要用来节省空间，减少ORACLE对数据块的访问，它采用位图偏移方式来与表的行ID号对应，采用位图索引一般是重复值太多的表字段。位图索引在实际密集型OLTP（数据事务处理）中用得比较少，因为OLTP会对表进行大量的删除、修改、新建操作，ORACLE每次进行操作都会对要操作的数据块加锁，所以多人操作很容易产生数据块锁等待甚至死锁现象。在OLAP（数据分析处理）中应用位图有优势，因为OLAP中大部分是对数据库的查询操作，而且一般采用数据仓库技术，所以大量数据采用位图索引节省空间比较明显。
索引按功能分类
唯一索引
唯一索引有两个作用，一个是数据约束，一个是数据索引，其中数据约束主要用来保证数据的完整性，唯一索引产生的索引记录中每一条记录都对应一个唯一的ROWID。
主关键字索引
主关键字索引产生的索引同唯一索引，只不过它是在数据库建立主关键字时系统自动建立的。
一般索引
一般索引不产生数据约束作用，其功能主要是对字段建立索引表，以提高数据查询速度。
索引按索引对象分类
单列索引（表单个字段的索引）
多列索引（表多个字段的索引）
函数索引（对字段进行函数运算的索引）
建立函数索引的方法：
create index 收费日期索引 on GC_DFSS(trunc(sk_rq))
create index 完全客户编号索引 on yhzl(qc_bh||kh_bh)
在对函数进行了索引后，如果当前会话要引用应设置当前会话的query_rewrite_enabled为TRUE。
alter session set query_rewrite_enabled=true
注：如果对用户函数进行索引的话，那用户函数应加上 deterministic参数，意思是函数在输入值固定的情况下返回值也固定。例：
create or replace function trunc_add（input_date date）return date deterministic
as
begin
return trunc(input_date+1);
end trunc_add;
应用索引的扫描分类
INDEX UNIQUE SCAN（按索引唯一值扫描）
select * from zl_yhjbqk where hbs_bh='5420016000'
INDEX RANGE SCAN（按索引值范围扫描）
select * from zl_yhjbqk where hbs_bh>'5420016000'
select * from zl_yhjbqk where qc_bh>'7001'
INDEX FAST FULL SCAN（按索引值快速全部扫描）
select hbs_bh from zl_yhjbqk order by hbs_bh
select count(*) from zl_yhjbqk
select qc_bh from zl_yhjbqk group by qc_bh
什么情况下应该建立索引
表的主关键字
自动建立唯一索引
如zl_yhjbqk（用户基本情况）中的hbs_bh（户标识编号）
表的字段唯一约束
ORACLE利用索引来保证数据的完整性
如lc_hj（流程环节）中的lc_bh+hj_sx（流程编号+环节顺序）
直接条件查询的字段
在sql中用于条件约束的字段
如zl_yhjbqk（用户基本情况）中的qc_bh（区册编号）
select * from zl_yhjbqk where qc_bh=’7001’
查询中与其它表关联的字段
字段常常建立了外键关系
如zl_ydcf（用电成份）中的jldb_bh（计量点表编号）
select * from zl_ydcf a,zl_yhdb b where a.jldb_bh=b.jldb_bh and b.jldb_bh=’540100214511’
查询中排序的字段
排序的字段如果通过索引去访问那将大大提高排序速度
select * from zl_yhjbqk order by qc_bh（建立qc_bh索引）
select * from zl_yhjbqk where qc_bh='7001' order by cb_sx（建立qc_bh+cb_sx索引，注：只是一个索引，其中包括qc_bh和cb_sx字段）
查询中统计或分组统计的字段
select max(hbs_bh) from zl_yhjbqk
select qc_bh,count(*) from zl_yhjbqk group by qc_bh
什么情况下应不建或少建索引
表记录太少
如果一个表只有5条记录，采用索引去访问记录的话，那首先需访问索引表，再通过索引表访问数据表，一般索引表与数据表不在同一个数据块，这种情况下ORACLE至少要往返读取数据块两次。而不用索引的情况下ORACLE会将所有的数据一次读出，处理速度显然会比用索引快。
如表zl_sybm（使用部门）一般只有几条记录，除了主关键字外对任何一个字段建索引都不会产生性能优化，实际上如果对这个表进行了统计分析后ORACLE也不会用你建的索引，而是自动执行全表访问。如：
select * from zl_sybm where sydw_bh='5401'（对sydw_bh建立索引不会产生性能优化）
经常插入、删除、修改的表
对一些经常处理的业务表应在查询允许的情况下尽量减少索引，如zl_yhbm，gc_dfss，gc_dfys，gc_fpdy等业务表。
数据重复且分布平均的表字段
假如一个表有10万行记录，有一个字段A只有T和F两种值，且每个值的分布概率大约为50%，那么对这种表A字段建索引一般不会提高数据库的查询速度。
经常和主字段一块查询但主字段索引值比较多的表字段
如gc_dfss（电费实收）表经常按收费序号、户标识编号、抄表日期、电费发生年月、操作标志来具体查询某一笔收款的情况，如果将所有的字段都建在一个索引里那将会增加数据的修改、插入、删除时间，从实际上分析一笔收款如果按收费序号索引就已经将记录减少到只有几条，如果再按后面的几个字段索引查询将对性能不产生太大的影响。
如何只通过索引返回结果
一个索引一般包括单个或多个字段，如果能不访问表直接应用索引就返回结果那将大大提高数据库查询的性能。对比以下三个SQL，其中对表zl_yhjbqk的hbs_bh和qc_bh字段建立了索引：
1 select hbs_bh,qc_bh,xh_bz from zl_yhjbqk where qc_bh=’7001’
执行路径:
SELECT STATEMENT, GOAL = CHOOSE 11 265 5565
TABLE ACCESS BY INDEX ROWID DLYX ZL_YHJBQK 11 265 5565
INDEX RANGE SCAN DLYX 区册索引 1 265
平均执行时间（0.078秒）
2 select hbs_bh,qc_bh from zl_yhjbqk where qc_bh=’7001’
执行路径:
SELECT STATEMENT, GOAL = CHOOSE 11 265 3710
TABLE ACCESS BY INDEX ROWID DLYX ZL_YHJBQK 11 265 3710
INDEX RANGE SCAN DLYX 区册索引 1 265
平均执行时间（0.078秒）
3 select qc_bh from zl_yhjbqk where qc_bh=’7001’
执行路径:
SELECT STATEMENT, GOAL = CHOOSE 1 265 1060
INDEX RANGE SCAN DLYX 区册索引 1 265 1060
平均执行时间（0.062秒）
从执行结果可以看出第三条SQL的效率最高。执行路径可以看出第1、2条SQL都多执行了TABLE ACCESS BY INDEX ROWID（通过ROWID访问表） 这个步骤，因为返回的结果列中包括当前使用索引(qc_bh)中未索引的列（hbs_bh,xh_bz），而第3条SQL直接通过QC_BH返回了结果，这就是通过索引直接返回结果的方法。
如何重建索引
alter index 表电量结果表主键 rebuild
如何快速新建大数据量表的索引
如果一个表的记录达到100万以上的话，要对其中一个字段建索引可能要花很长的时间，甚至导致服务器数据库死机，因为在建索引的时候ORACLE要将索引字段所有的内容取出并进行全面排序，数据量大的话可能导致服务器排序内存不足而引用磁盘交换空间进行，这将严重影响服务器数据库的工作。解决方法是增大数据库启动初始化中的排序内存参数，如果要进行大量的索引修改可以设置10M以上的排序内存（ORACLE缺省大小为64K），在索引建立完成后应将参数修改回来，因为在实际OLTP数据库应用中一般不会用到这么大的排序内存。

④ 数据库表与表之间的关系

表与表之间一般存在三种关系，即一对一，一对多，多对多关系。

例如:一个人可以拥有多辆汽车，要求查询某个人拥有的所有车辆。
分析：这种情况其实也可以采用 一张表，但因为一个人可以拥有多辆汽车，如果采用一张表，会造成冗余信息过多。好的设计方式是，人和车辆分别单独建表，那么如何将两个表关联呢？有个巧妙的方法，在车辆的表中加个外键字段(人的编号)即可。

例如：学生选课，一个学生可以选修多门课程，每门课程可供多个学生选择。
分析：这种方式可以按照类似一对多方式建表，但冗余信息太多，好的方式是实体和关系分离并单独建表，实体表为学生表和课程表，关系表为选修表，其中关系表采用联合主键的方式(由学生表主键和课程表主键组成)建表。

什么是视图？

在 SQL 中，视图是基于 SQL 语句的结果集的可视化的表。

第一点：
使用视图，可以定制用户数据，聚焦特定的数据。

解释：
在实际过程中，公司有不同角色的工作人员，我们以销售公司为例的话，
采购人员，可以需要一些与其有关的数据，而与他无关的数据，对他没
有任何意义，我们可以根据这一实际情况，专门为采购人员创建一个视
图，以后他在查询数据时，只需select * from view_caigou 就可以啦。

第二点：使用视图，可以简化数据操作。

解释：我们在使用查询时，在很多时候我们要使用聚合函数，同时还要
显示其它字段的信息，可能还会需要关联到其它表，这时写的语句可能
会很长，如果这个动作频繁发生的话，我们可以创建视图，这以后，我
们只需要select * from view1就可以啦～，是不是很方便呀～

第三点：使用视图，基表中的数据就有了一定的安全性

因为视图是虚拟的，物理上是不存在的，只是存储了数据的集合，我们可以
将基表中重要的字段信息，可以不通过视图给用户，视图是动态的数据的集
合，数据是随着基表的更新而更新。同时，用户对视图，不可以随意的更改
和删除，可以保证数据的安全性。

第四点：可以合并分离的数据，创建分区视图

随着社会的发展，公司的业务量的不断的扩大，一个大公司，下属都设有很
多的分公司，为了管理方便，我们需要统一表的结构，定期查看各公司业务
情况，而分别看各个公司的数据很不方便，没有很好的可比性，如果将这些
数据合并为一个表格里，就方便多啦，这时我们就可以使用union关键字，
将各分公司的数据合并为一个视图。

以上，就是我认为视图的作用，实际上很多公司都使用视图来查询数据的。

内连接: 只连接匹配的行
SELECT * from gradeclass gc inner join grade g on gc.grade_id=g.Id，
左外连接: 包含左边表的全部行（不管右边的表中是否存在与它们匹配的行），以及右边表中全部匹配的行
select * from grade g rigth OUTER JOIN gradeclass g on g.grade_id=gc.Id（这里的outer可以省略）
右外连接: 包含右边表的全部行（不管左边的表中是否存在与它们匹配的行），以及左边表中全部匹配的行
select * from grade g rigth OUTER JOIN gradeclass g on g.grade_id=gc.Id（这里的outer可以省略）
全外连接: 包含左、右两个表的全部行，不管另外一边的表中是否存在与它们匹配的行。
交叉连接: 生成笛卡尔积－它不使用任何匹配或者选取条件，而是直接将一个数据源中的每个行与另一个数据源的每个行都一一匹配

⑤ 判断数据库里的某个字段的值是否为空

连接数据库你应该会了吧我只些连接数据库中的表<% set rs=server.creatobject("adodb.recordset")sql="select * from news"rs.open sql,conn，1，2%><input type="button" name="text1" value="<% if rs("attachment")<>"" then%> <%response.write("2")%><%else%><%response.write("1")%> <%end if%>">

⑥ 三调数据库图斑字母代表什么

就是汉字的首字母大写。
CCWJQ拆除未尽区，CJDCQ村界调查区，CJDCQJX村界调查区界线，CLKZD测量控制点，CSKFBJ城市开发边界，CZCDYD城镇村等用地，DGX等高线，DLTB地类图斑，DZGY地质公园，FJMSQ风景名胜区，GCZJD高程注记点，GDDB耕地等别，GFBQ光伏板区，GJGY国家公园，JZKZD数字正射影像图纠正控制点，KFYQ开发园区，LMFW路面范围，LSYD临时用地，PZWJSTD批准为建设用地，QTJZKFQ其他禁止开发区，SCZZBHQ水产种植资源保护区，SDGY湿地公园，SLGY森林公园，STBHHX生态保护红线，TTQ推土区，WJMHD无居民海岛，XZQ行政区，XZQJX行政区界线，YJJBNTTB永久基本农田，YYSSYD饮用水水源地，ZRBHQ自然保护区，ZRYCBHQ自然遗产保护区，ZYXMYD重要项目用地。
地类图斑DLTB中的字段有序号，字段名称，字段代码，字段类型，字段长度，约束条件。

⑦ 创建一个xxgc的数据库请写出sql语句

create database xxgc;
use xxgc