pir数据库

1. PIR与SPIR区别

一个是绝热脉冲一个是非绝热脉冲。
两者的主要区别包括SPIR是非绝热脉冲，SPAIR是绝热脉冲。一般情况下，SPIR所需要的时间较短，SPAIR所需要的时间较短。SPIR对射频场B1更敏感，而SPAIR则不太敏感。
pir中文名为聚异三聚氰酸脂，亦称为聚异氰脲酸脂，又称为聚异三聚氰酸酯泡沫PIR或者三聚酯PIR，PIR是由异氰酸盐经触媒作用后与聚醚发生反应制成发泡材料，其物理与防火性比一般聚氨酯更为优异。是一种理想的有机低温隔热材料，具有导热系数小轻质防震适应性强。广泛应用于炼油厂化工厂乙烯化肥冷库及建筑业保温隔热。也作蛋白质数据库的意思。

2. 不是蛋白数据库的有

之前，世界上最广泛使用的蛋白数据库为瑞士的SWISS-PROT计划建立的数据库,
NHGRI的项目主任Peter Good介绍说。但由于编辑详细蛋白结构数据库时间紧迫，再加上
资金短缺，SWISS-PROT无法跟上基因组学飞速前进的步伐，Good说。这种形势导致了
TrEMBL的产生，这是计算机注释的SWISS-PROT分支数据库，目的是暂时储存日益增多
的蛋白质结构信息。另外，美国的蛋白信息资源（Protein Information Resource ，PIR)也
独立编辑其自己的数据库。后来，这三个计划的领导人将展开合作，将三大数据库合并为
一个。联合起来的力量将“减少重复工作，由此也可以节省不必要的费用。”SWISS-
PROT的领导人、英国剑桥欧洲生物信息研究院的Rolf Apweiler说道。，UniProt将是
SWISS-PROT、TrEMBL和PIR三大数据库的最佳整合
一个集中化的数据库十分重要，密歇根大学的肿瘤学家Samir Hanash对此表示同意。他同
时也是人类蛋白组组织（Human Proteome Organisation）的主席。然而，Hanash提醒说，
UniProt只是一个开始，还需要建立其它的数据库来储存有关蛋白质何时何处在机体中活动
的信息，他说。（2002年）
这句话不仅代表了Uniport数据库，也是代表了整个生物信息学，科研本就是站在巨人的肩
膀上发展的，那么这个肩膀也得与时俱进了！
UniProt（全称Universal Protein），它整合了三个老字号数据库（Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD）
的数据。是目前信息最丰富、资源最广的免费蛋白质数据库（注意没有之一哦！）。
UniProt知识库（UniProtKB）是收集蛋白质功能信息的中心枢纽，具有准确，一致和丰富的注释。除了捕
获每个UniProtKB条目强制的核心数据（主要是氨基酸序列，蛋白名称或描述，分类数据和引用信息）外,
还会添加尽可能多的注释信息。这包括广泛接受的生物本体论，分类和交叉引用，以及以实验数据和计算
数据的证据归属形式的注释质量的明确指示。

3. 如何分析某个蛋白质序列属于哪个通路

蛋白质序列测定技术先于DNA序列测定技术问世，蛋白质序列的搜集也早于DNA序列。蛋白质序列数据库的雏形可以追溯到60年代。60年代中期到80年代初，美国国家生物医学研究基金会(National Biomedical Research Foundation，简称NBRF)Dayhoff领导的研究组将搜集到的蛋白质序列和结构信息以“蛋白质序列和结构地图集”(Atlas of Protein Sequence and Structure)的形式发表，主要用来研究蛋白质的进化关系。1984年，“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。与核酸序列数据库的国际合作相呼应，1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库(Japanese International Protein Information Database，简称JIPID)和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心(Munich Information Center for Protein Sequences，简称MIPS)合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR，[Barker等, 2000]。

4. 蛋白质序列数据库的数据库分类

PIR数据库按照数据的性质和注释层次分四个不同部分，分别为PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。PIR1中的序列已经验证，注释最为详尽；PIR2中包含尚未确定的冗余序列；PIR3中的序列尚未加以检验，也未加注释; 而PIR4中则包括了其它各种渠道获得的序列，既未验证，也无注释。除了PIR外，另一个重要的蛋白质序列数据库则是SwissProt。该数据库由瑞士日内瓦大学于1986年创建，目前由瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics，简称SIB)和欧洲生物信息学研究所 EBI共同维护和管理。瑞士生物信息研究所下属的蛋白质分析专家系统(Expert Protein Analysis System,，简称ExPASy)的Web服务器除了开发和维护SwissProt数据库外，也是国际上蛋白质组和蛋白质分子模型研究的中心，为用户提供大量蛋白质信息资源。北京大学生物信息中心设有ExPASy的镜象。PIR和SwissProt是创建最早、使用最为广泛的两个蛋白质数据库。随着各种模式生物基因组计划的进展，DNA序列特别是EST序列大量进入核酸序列数据库。蛋白质序列数据库TrEMBL是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的。TrEMBL数据库创建是于1996年[Bairoch, 2000]，意为“Translation of EMBL”。该数据库采用SwissProt数据库格式，包含EMBL数据库中所有编码序列的翻译。TrEMBL数据库分两部分，SP-TrEMBL和 REM-TrEMBL。SP-TrEMBL中的条目最终将归并到SwissProt数据库中。而Rem-TrEMBL则包括其它剩余序列，包括免疫球蛋白、T细胞受体、少于8个氨基酸残基的小肽、合成序列、专利序列等。与TrEMBL类似，GenPept是由GenBank翻译得到的蛋白质序列。由于TrEMBL和GenPept均是由核酸序列通过计算机程序翻译生成，这两个数据库中的序列错误率较大，均有较大的冗余度。另一个常用的蛋白质序列数据库是已知三维结构蛋白质的一级结构序列数据库NRL-3D[Namboodiri, 1990]。该数据库的序列是从三维结构数据库PDB中提取出来。

5. 名词解释 gen bank ,swiss-prot,cos,ftp,pir

Gen Bank:美国洛斯阿拉莫斯国家实验室1979年开始建立的基因库,现在由国家生物信息中心(NCBI, 1988年成立)管理维护。
swiss-prot:最齐全的注释精炼的蛋白序列数据库，建立于1986年，1987年起由日内瓦大学(University of Geneva)医学生物化学系和 EMBL 数据馆(即现在的欧洲生物信息研究所EBI)共同维护。
cos:欧洲药典适用性证书（COS，即Certificate of Suitability又称CEP），是由成立于1964年的欧洲药典委员会即欧洲药物质量理事会（EDQM）颁发的用以证明原料药品的质量是按照欧洲药典有关专论描述的方法严格控制的，其产品质量符合欧洲药典标准的一种证书。
ftp:文件传输协议（File Transfer Protocol, FTP）是一个用于在两台装有不同操作系统的 机器中传输计算机文件的软件标准。
pir:全称The Protein Information Resource，是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组/蛋白质组研究。

6. 一级数据库和二级数据库的区别

一级缓存：session级别的，默认开启，不可卸除，一般都会用到
二级缓存：sessionfactory（创建session，hibernate的初始化）级别的，适合1、很少别修改的数据，
2、不是很重要的数据，允许出现偶尔并发的数据
3、参考数据
注意：不允许出现并发问题的数据不可以放在二级缓存中（财务问题）

7. 蛋白质序列数据库包含哪些内容

蛋白质数据库

1. PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，包含超过142,000条蛋白质序列(至99年9月)，其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引，以及数据库内部条目之间的索引，这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶－底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库，每周可以得到更新部分。

PSD数据库有几个辅助数据库，如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务：基于文本的交互式检索；标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的网址是：http://pir.georgetown.e/。

数据库下载地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。

2. SWISS-PROT

SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。

利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。

SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。

SWISS-PROT的网址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。

3. PROSITE

PROSITE数据库收集了生物学有显着意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了序列模式之外，PROSITE还包括由多序列比对构建的profile，能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。

PROSITE的网址是：http://www.expasy.ch/prosite/。

4. PDB

蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB收集的数据来源于X光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据，经过整理和确认后存档而成。目前PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据库的检索和下载服务，以及关于PDB数据文件格式和其它文档的说明，PDB数据还可以从发行的光盘获得。使用Rasmol等软件可以在计算机上按PDB文件显示生物大分子的三维结构。

RCSB的PDB数据库网址是：http://www.rcsb.org/pdb/。

5. SCOP

蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次：家族，描述相近的进化关系；超家族，描述远源的进化关系；折叠子(fold)，描述空间几何结构的关系；折叠类，所有折叠子被归于全α、全β、α/β、α＋β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外，SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库，通过与这个库中序列的两两比对，可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。

SCOP的网址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

6. COG

蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对，并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询，基于Web的COGNITOR服务，系统进化模式的查询服务等。

COG库的网址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。

下载COG库和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。