glg算法

‘壹’ 定额工期计算方法

案例

某市某建筑公司同时承包3栋住宅工程，其中一栋为现浇剪力墙结构，±0.000以上22层，建筑面积28000㎡，±0.000以下一层，建筑面积1220㎡，另两栋均为现浇剪力墙结构18层，无地下室，筏板基础，每栋建筑面积均为20000㎡，其中首层建筑面积为1167㎡。

套用原则：

一个承包人同时承包2个及以上的单项（位）工程时，工期的计算：以一个最大工期的单项（位）工程为基数，另加其它单项（位）工程工期总和乘相应系数计算：加1个乘系数0.35；加2个乘系数0.2；加3个乘系数0.15；加4个及以上的单项（位）工程不另增加工期（与原2000年工期定额口径一致）。

工期计算如下：

1. 查定额编号：

1-261层地下室 3000㎡以内 105天

1-124 30层以下现浇剪力墙结构 30000㎡以内 495天

1-11 带形基础 2000㎡以内 51天

1-118 18层现浇剪力墙结构居住建筑 20000㎡以内 360天

2. 现浇剪力墙结构工程总工期：105+495=600天

3. 一栋现浇剪力墙结构居住建筑总工期：51+360=411天

4. 该工程总工期：600+（411+411）×0.2=765天

发展历史

定额工期：

是在一定的经济和社会条件下，在一定时间内由建设行政主管部门制订并发布项目建设所消耗的时间标准。定额工期具有一定的法规性。对具体建设项目的建设工期确定具有指导意义，体现了合理建设工期，反映了一定时期国家、地区或部门不同建设项目的建设和管理水平。

‘贰’ 分子对接dlg文件很小

文件很小是正常的，这个文件本来就不大，一般有50对就是正确的结果。你可以对照以下步骤，判断你的操作是否有误：

1. 蛋白的pdbqt准备：包括加氢、计算电荷、添加原子类型

打开AutoDockTools，菜单栏File->Read Molecule,选择蛋白的pdb文件，点击打开。

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式。

1.1加氢：菜单栏Edit->Hydrogens->Add，选择All Hydrogens或Polar Only，点击OK。

1.2计算电荷：菜单栏Edit->Charges->Compute Gasteiger，点击确定。

1.3给蛋白添加原子类型：菜单栏Edit->Atoms->Assign AD4 type。

1.4导出为PDBQT文件：菜单栏File->Save->Write PDBQT，点击OK，此时可在工作目录下看到多了一个pdbqt文件。

2.小分子的pdbqt准备：Edit->Delete->Delete Molecule，删除蛋白

2.1打开小分子，查看电荷：通过ADT菜单栏Ligand->Input->Open，选择小分子结构文件（pdb或mol2），点击打开，弹出的对话框，点击‘确定’

刚才这个对话框里面有个提示，就是小分子的总电荷数不是整数，所以要调整下。

菜单栏Edit->Charges->Check Totals on Resies”，弹出对话框，点击Spread Charge Deficit over all atoms in resie，使电荷均匀分配，然后点击“Dismiss”

2.2判定配体的root：ADT菜单栏：Ligand->Torsion Tree->Detect Root

2.3 选择配体可扭转的键：Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions，弹出对话框。

其中红色表示不可旋转的键，绿色表示可旋转键，紫色表示不可扭转，通常为肽键，点击“Done”。如果要设置某个键不可扭转，那么先按住shift键，然后鼠标单击即可（颜色变成紫色）。

2.4导出为PDBQT：ADT菜单栏Ligand->Output->Save as PDBQT。

3 正式对接

3.1 Grid打开蛋白：Grid->Macromocule->Open，打开保存的蛋白的pdbqt文件。弹出的对话框，点击Yes及确定确定

3.2 Grid 打开小分子：Grid->Set Map Types->Open ligand。打开保存的小分子的pdbqt文件

3.3 设置GridBox：Grid->Grid Box，出现Grid Options对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。

设置完成后点击Grid Options 菜单中：File->Close saving current （保存并关闭对话框）。

3.4保存gpf文件：ADT菜单栏：Grid->Output->Save GPF，对话框中，输入文件名。注意：不要省略后缀名。

3.5 运行autogrid：Run->Run Autogrid，Parameter Filename选择刚才保存的gpf文件，点击Launch。默认输出glg文件，运行完成后，出现多个map文件。

4. 进行对接

4.1 Docking打开蛋白：Docking->Macromocule->Set rigid Filename，选择保存的蛋白的pdbqt文件

4.2 Docking打开小分子：Docking->Ligand->Open，选择保存的小分子的pdbqt文件。对话框选择Accept

4.3 Docking设置算法：Docking->Search Parameters->Local Search Parameters，Accept采用默认设置

注：选择Local Search Parameters是为了快速计算，也可选Genetic Alogorithm，计算更精确一些。如果这里算法改变，对应导出参数文件OUTPUT时也应相应改变。

4.4 Docking设置对接参数：Docking->Docking Parameters，选择Accept采用默认设置

4.5 Docking导出为dpf对接参数文件：Docking->Output->Local Search（4.2），输入文件名。注意：加上后缀名.dpf

4.6 进行对接：Run->Run AutoDock，Parameter Filename选择刚才保存的dpf文件，点击Launch。

运行完成后，多出一个dlg文件，这就是对接的最终结果，一般有50种对接方式。

‘叁’ 图说天下，可以在手机上看嘛如果可以的话是哪个app

图说天下当然可以在手机看啦，一些朋友碰到想的图片，也喜欢使用手机处理图片的朋友，针对这个问题可以上网络搜索下，现在有丰富业余生活、多交朋友、瑜伽、打篮球、跑步，深呼吸等，让生活充实，同时也可以放松身心。

‘肆’ Autodock分子对接完结&总结

（1） 打开蛋白，“Grid->Macromocule->Open”，打开“r.pdbqt”。弹出的对话框，点击Yes及确定

（2） 打开小分子，“Grid->Set Map Types->Open ligand”

（3） 设置GridBox，“Grid->Grid Box…”，打开Grid Options对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。PDB中的蛋白大多能查到结合信息，如果查不到，在不知道结合位点的情况下，就把盒子大小设置为罩住整个蛋白：

设置完成后点击Grid Options 菜单中：File→Close saving current （保存并关闭对话框）。

（4）保存gpf文件。ADT菜单栏：“Grid->Output->Save GPF”，对话框中，就写g.gpf做为文件名。注意：不要省略后缀名。

（5） 运行autogrid
Run->Run Autogrid，如图所示，点击Launch。

有个小弹窗出来，等待它消失，此时工作目录会多出一堆文件。

（1）打开蛋白：Docking->Macromocule->Set rigid macromocule，选择r.pdbqt

（2）打开小分子：Docking->Ligand->Open，选择nap.pdbqt。对话框选择Accept

（3）设置算法：Docking->Search Parameters->Local Search Parameters，Accept采用默认设置
注：选择local是为了快速计算，也可选Genetic Alogorithm，计算更精确一些。如果这里算法改变，对应导出参数文件OUTPUT时也应相应改变。
（4）设置对接参数：Docking->Docking Parameters，Accept采用默认设置

（5）导出为dpf对接参数文件：Docking->Output->Local Search（4.2），文件名d.dpf。注意：加上后缀名

（6）Run->Run AutoDock，如图所示，点击Launch。

又弹出一个小框框，等他消失。发现多了一个dlg文件，这就是对接的最终结果，一般有50种对接方式。

Analyze->Docking->Opend.dlg,确定
加上受体大分子，Analyze->Macromolecule->Open
一个个的查看刚才对接的结果，按能量排序
Analyze->Conformations->Play，ranked by energy
查看所有对接结果

查看对接能量的合理性：
Analyze-clusterings -show
可以看到各个能量分组下对接结果的个数。<0的是合理的，也就是说这50个对接结果只有一半合理，因此我们刚才按照能量排序，只有前25个可用。

编号调回1，点击右边第二个按钮，然后Write Complex，生成结果的pdbqt文件，我们就命名为”result1.pdbqt”。注意不要忘了后缀名。

打开Open Babel软件，找到刚才的result1.pdbqt，写好输出的pdb文件名，然后点击CONVERT按钮即可完成转换。
（教程涉及的软件可在生信星球公众号回复“autodock”获得）

用Pymol打开则可看到可视化的对接结果（再次惊现神奇gif）：

完结完结！开心！

总结：

设置工作目录，用pymol去除水分子，分离蛋白和小分子，得到各自的pdb文件。

（如果是预测得到的蛋白pdb，那就直接拿来用咯，只需要分离或者查找到小分子的3d结构。推荐的网址： https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top ）

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式，包括：
1）极性氢原子；
2）局部电荷；
3）原子类型
4）柔性分子的节点信息
因此，将蛋白和小分子各自导出为pdbqt文件：
蛋白 ：加氢、计算电荷、添加原子类型
小分子 ：加氢、计算电荷、确定root（扭矩中心），选择可旋转的键。
注意：小分子作为配体，它的读取和导出都在Ligand菜单进行。

利用 AutoDockTools 创建 grid 格点参数文件(GPF)，主要是设置gridbox的中心坐标和大小。
运行autogrid，工作目录会多出一个glg文件和一些mapping文件。

在 AutoDockTools 中生成对接参数文件(DPF)，包括算法和对接参数。
运行autodock，工作目录会多出一个dlg文件。

使用 AutoDockTools 分析对接结果dlg文件，选择最好的导出为pdbqt，再转换为pdb格式。

参考： http://blog.sciencenet.cn/blog-3196388-1090023.html

微信公众号生信星球同步更新我的文章，欢迎大家扫码关注！

‘伍’ Delphi中的数据以.txt形势保存到局域网指定路径

1. 先将要保存的内容保存到本机的ZMZ.txt下.
2. 在192.168.2.13 的D:\ZPLX 文件夹共享. 可以建立一个帐号, 设置为可写的权限.
3. 先在本机测试一下是否可以连接 .13 电脑的共享文件夹,并且确认是否可以写文件.
4. 这样就可以在网络连接状况是Ok下, 就像操作本机目录一样使用那个共享文件夹.当然也可以检查 ZMZ.txt 这个文件是否存在等等操作.