转录组数据库

‘壹’ 转录组测序所得的数据,怎样传到NCBI的SRA数据库

Unigene其实没有一个标准的定义。大体的概念是经过去冗余之后得到的基因序列，这条序列和其他的余哪行序列是非冗余的，也就是理论上其他序列都和此序列代表竖哗的不是同一个基因。或者是经过聚类后得到的不同的类，类和类之间是非冗余的，每个类可以认为唯一的代表一个基因。不同的去冗余和聚类的方法得到的结果都可以称为unigene。

另外NCBI上也有Unigene的概念缓型，是NCBI用自己的方法对序列进行聚类，它认为每一个类都唯一的代表一个基因，并赋予一个编号：物种名字.数字，比如小麦的一个例子：Ta.191，这也是较常用的Unigene.

‘贰’ 盐胁迫下不同甘薯品种的转录组测序分析属于哪个领域

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2.3.5 引物设计 目的基因的挑选和引物设计基于 NCBI数据库中已发表的甘薯核苷序列和已发表的甘薯转录组数据库。待测目的基因包括离子平衡调控有关的基因和氮代谢调控过程有关的基因。与离子平衡调控相关的目的基因包括液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白（NHX1）、质膜 H+-ATPase (pHA1)、质膜 Na+/H+逆向转运蛋白（SOS1）、液泡H+焦磷酸酶（VP1）、液泡H+-ATPase c3 亚基（VHA-c3）、类 CLC-c液泡膜Cl-转运体 （CLC-c）的基因；与氮代谢尘明调控衡带过程相关的基因的基因包括线粒体F1-ATPase α亚基（ATP1）、硝酸根转运体1.1 （咐兄芦NRT1.1）、硝酸还原酶（NR2）、
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‘叁’ 转录组数据在论文里要放什么序列

转录组数或敏谨拿搏据在论文里要放的序列有：原始序列、清洗后的序列、拼接后的序列。
1、衫基原始序列：包括测序平台产生的原始序列数据，可以存放在公共数据库中，如NCBISRA，ENA等。需要提供测序的ID号、库名、测序平台、测序长度等信息。
2、清洗后的序列：清洗后的序列文件，包括去除接头序列、低质量序列、低复杂度序列等处理的结果。需要提供序列清洗的方法、参数、清洗后的序列长度、数量等信息。
3、拼接后的序列：使用拼接工具对原始序列进行拼接，需要提供拼接后的序列文件，包括拼接率、平均长度、N50等统计信息。

‘肆’ 转录组原始数据包括什么

转录组原始数据包括递交原始序列。

转录组有两部分数据要递交，首先是拼接的转录组序列，一春郑般递交到tsa上，另一个是fastq的原始测序数据，一般递交到sra上。前两年还有论文只提交tsa不递交原始数据，目前发表的论文基本都要提交。这也是便于其他人可以完全重复你的实验和数基雹据分析的必要要求。

简介

GSA(Genome Sequence Archive)是一个存储基因组、转录组以及其他Omics原始序列数据的数扒锋颂据库。GSA允许用户创建、上传并存储序列数据。GSA提供对项目信息（BioProject）、样本信息（BioSample）、实验信息（Experiment）以及测序数据的有效组织与管理。

‘伍’ 数据集能挑选一部分生信吗

是的，数扒芦磨据集可以挑选一部分生信数据进行分析。在生物信息学中，数据集通常包括大量的生物学数据，如基因组序列、转录组数据、蛋白质组数据等。春斗这些数据集可能包含大量的冗余信息，或者可能与我们的研究问题无关。因此，为了更好地分析生信数据，需要对数据集进行筛选和挑选。
一种常见的数据挑选方法是基于实验设计或研究问题的需求，选择与问题相关的数据进行分析。例如，在研究某种疾病的基因表达调控机制时，可以选择与该疾病相关的转录组数据进行分析，而过滤掉与该疾病无关的数据。此外，还可以使用统计学方法，如主成分分析、聚类分析等方法，对数据哗肢集进行筛选和挑选，以提取最具代表性的数据集。
总之，数据集可以根据研究问题的需求进行筛选和挑选，以提高生信数据的分析效率和精度。

‘陆’ 转录组测序所得的数据，怎样传到NCBI的SRA数据库

xshell连接NCBI服务器 输入命令 ftp

连接成功后输入账号 密码
mkdir命令创建一个文件夹，以你的BioProject accession命名

FTP 连接成功后连接成功后
进入刚才建立的BioProject文件夹
把原始数据拖进去即可

传输过程中，如果一定时间（五分钟？）没有激活传输界面，可能会导致连接断开
进度可能会一直停在99%，重新连接成功后，也一直卡在99%，不过似乎数据还是上传成功了的
传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失 传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失
全部文件夹都传输成功了会变成queued
然后就等NCBI处理了

‘柒’ 经转录组数据库blast的score和e值是什么意思

我都是根据 Query coverage ，其实排在前面的几个要么就是你Blast的那个核苷酸序列，要么是这个序列的全长或染色体上的DNA序列。你看看前或卖几个位置的野衫Description，就可以确定你的菌属于哪一个衫脊逗了。

‘捌’ 癌细胞全部转录本有那些库可以查，TERRA转录本可以查到么

癌细胞全部转录氏袜滚本的数据库有很多，如TCGA (The Cancer Genome Atlas)、CCLE (Cancer Cell Line Encyclopedia)、HGMD (Human Gene Mutation Database) 等。这些数据库都整合了大歼余量的癌症组织和细胞系的转录组测序数据，提供了基因表达水平、突变情况、染色体重排、分子亚型等信息，可以为癌症研究和治疗提供参考。
至于TERRA转录本是否能被查询到，则取决于所使用的数据库。
举例来说，TCGA数据库中包含了 TERRA 转录本的表达信息，可以通过 TCGA 数据门户网站进行检索与下载。而其它一好迟些数据库可能没有包含 TERRA 的信息，需要具体查询。

‘玖’ 转录组数据库哪里可以找到

在NCBI找到。
1、首先确认原始数据的登录号，然后用登录号在晌没NCBI进行全文搜索衡薯。
2、点击进入之后，点击“PRJDB11982”宴拦纳或“DRP007499”，可查看转录组数据库的文献。

‘拾’ 转录组原始数据提交SRA数据库

在第郑吵侍4步BIOSAMPLE TYPE 选择Model organism or animal

在喊吵第5步BIOSAMPLE ATTRIBUTES需要注意，每个样本的所有属性不能与其他任何一个样本的属性完全一致，否则会出现报错。

使用ascp上传数据
ascp安装碰宴及添加到环境变量见： Windows安装Aspera和sratoolkit - (jianshu.com)
当然，不添加到环境变量也可以，需要每次使用前，使用cd命令切换到ascp的安装目录。