全面数据库
⑴ 超级全能的生信分析数据库——GSCA
GSCA(Gene Set Cancer Analysis)是一个强大的癌症分析数据库,囊括了单基因分析、多基因分析、免疫浸润分析、突变分析以及药物敏感性分析,提供全面的癌症研究工具。数据库基于TCGA和GDSC的33种癌症类型数据,结合基因数据与临床信息及750多种小分子药物信息,为生物标志物挖掘和药物开发提供重要支持,有助于实验设计和临床试验指导。
GSCA数据库主要分为四个模块:基因表达模块、免疫模块、突变模块和药物模块。
在基因表达模块中,用户可进行单基因分析和多基因/基因家族分析。通过选择基因集、癌症类型和分析类型,提交请求后即可获取基因表达差异结果。气泡图直观展示肿瘤与正常组织间基因集表达差异,FC和FDR过滤条件确保结果的准确性和可靠性。用户可点击癌症名称或基因名称,查看差异表达情况,或查看基因集合的富集分数。
免疫模块探索免疫细胞浸润与基因组特征之间的关系,包括mRNA表达、SNV、CNV和甲基化。用户可分析基因表达与免疫细胞的相关性,通过气泡图直观了解相关性和显着性。单击任意基因按钮,可获得与免疫细胞相关性的散点图。
突变模块聚焦基因集在不同癌症中的突变情况,分析基因突变与预后和基因表达量的关系。热图展示不同癌症中SNV频率,点击基因按钮可查看突变具体信息。单基因SNV与生存分析提供预后情况,气泡图直观显示风险和统计显着性。
药物模块研究mRNA表达与药物敏感性之间的相关性,基于GDSC和CTRP数据库。气泡图展示基因表达与药物IC50的关联,直观显示相关性和FDR显着性。
GSCA为科研人员提供了一站式的癌症分析工具,简化了数据处理和分析流程,降低了时间和人力成本。无论是基因集/基因家族分析、表达分析、预后分析、免疫分析、突变分析还是药物敏感性分析,GSCA都是理想选择。它简化了复杂的数据分析过程,显着提高了研究效率。
使用GSCA数据库,科研人员能够轻松生成高质量的图表,无需深入编程知识。它不仅是一个强大的数据挖掘工具,更是基因研究、癌症分析和药物开发的必备神器。通过GSCA,科研人员可以加速科研进程,探索更多生物标志物和潜在药物,为癌症治疗和预防提供科学依据。