数据库的标准化

⑴ geo数据库数据如何标准化

标准化的方法就是Counts值：

对给定的基因组参考区域，计算比对上的read数，又称为raw count（RC）。

aw count作为原始的read计数矩阵是一个绝对值，而绝对值的特点是基因长度、测序深度不同不可以比较。所以我们要进行标准化把count矩阵转变为相对值，去除基因长度、测序深度的影响，我们采用分析的。

标准化的三种方法得出的三种值：

RPM (Reads per million mapped reads)：RPM方法：10^6标准化了测序深度的影响，但没有考虑转录本的长度的影响。

RPKM/FPKM方法：

103标准化了基因长度的影响，106标准化了测序深度的影响。TCGA的数据分析多采用这种结果。

TPM (Transcript per million)：TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似，TPM可以看作是RPKM/FPKM值的百分比。

具体判断方法：

表达量是否需要重新标准化。

可以通过boxplot函数观察一下样本表达丰度值的分布是否整齐进行判断。

是否需要log2:根据数据值的大小。

如果表达丰度的数值在50以内，通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千，则是未经转化的。