代谢数据库

⑴ 代谢组学常用数据库介绍

代谢组学数据库是代谢组学检测的关键，用于物质鉴定，以下是一些常用的代谢组学数据库介绍。

一、人体代谢组数据库(HMDB)

免费电子数据库，包含人体小分子代谢产物信息，应用领域广泛，如代谢组学、临床化学、生物标志物发现，包含114,026个代谢物记录。

二、METLIN

创建于2003年的METLIN数据库，包含超过100万个分子，包括脂类、类固醇等，数据在多种仪器上生成，包括SCIEX、安捷伦等。

三、MssBank

网络开放数据库，公开分享从化学标准品得到的质谱图，方便用户鉴定代谢物，数据主要来自日本，包含代谢物质谱信息。

四、KEGG

收录生物代谢物的代谢途径，支持对代谢网络的搜寻及代谢途径的映射，包含KEGG PATHWAY、KEGG DISEASA、KEGG COMPOUND等模块。

五、LIPID MAPS

收录生物相关脂质结构和注释，包含超过40000个脂质结构，是世界上最大的公共脂质数据库，脂质分为八个类别，下一级分类。

六、Golm Metabolome Database

收录GC-MS平台代谢物分析信息，条目依据质谱图和保留时间指数分类。

七、SYS-TOMONAS

提供系统生物学方法研究假单胞菌的生物信息学平台，包含转录组、蛋白组、代谢组和代谢重构信息。

八、BiGG

基因组及代谢网络重建的知识库，集成70多个基因组级代谢网络，包含7339个代谢物，基因映射到NCBI注释，代谢产物链接到多个外部数据库。

九、MONA

自动管理存储库，高效存储和查询质谱记录，包含实验质谱和计算质谱，内含20多万图谱。

十、LipidSearch

Thermo Scientific LipidSearch软件，用于从LC-MS数据识别和相对定量细胞脂质，功能包括与系统兼容、脂质数据库、识别算法等。

十一、BioSilico

整合各类代谢数据库的网络平台，包括LIGAND、ENZYME、EcoCyyc和MetaCyc。

十二、Lipid Library

AOCS脂质库，为学生、技术人员、科学家提供脂质科学和技术在线信息来源。

十三、NuGO

营养代谢组学数据库，收录人类营养代谢组学研究中使用的小分子物质。

十四、MetaCyc

实验数据库，阐明生命各领域的代谢途径，包含3009种生物体的2722个途径，目标是分类代谢领域。