如何在conda中安装需要编译的软件
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2. 【生信基础】conda 安装R和R包
conda 安装R环境，主要命令如下：
2.激活创建的环境,后面安装的包和软件都会在此环境中进行
3.安装所需要的包
4.关闭此环境
安装完R环境后，export 相应的path，如下
安装相关的包，例如ballgown：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ballgown")
注意，如果不export 相应的path，R安装包时很容易找不到相应的程序，如：
/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++: command not found
3. conda 中配置 jupyter notebook 环境 踩过的坑
这个过程仅需要两步：
（注：本人使用过程中，特别慢导致最后出现“Time Out”的超时错误，故在后面添加了豆瓣源，可以加快升级速度），建议使用如下命令：python -m pip install --upgrade pip -i https://pypi.douban.com/simple/
成功后可以输入 pip --version 查看pip版本。
输入命令：pip install tensorflow-cpu==2.2.0 -i https://pypi.douban.com/simple/
等待安装结束即可完成安装。
安装完成后，可以输入"python"命令进入python环境，再输入命令：import tensorflow，没有报错即说明安装成功。
查看tensorflow版本，如下方式：
输入exit()，即可退出python环境。
也可以在(base)中输入 jupyter notebook，在jupyter环境中输入命令查看。
前奏：自行安装anaconda，并创建虚拟环境
首先安装ipykernel
在terminal下执行命令行：conda install ipykernel
在虚拟环境下创建kernel文件
在terminal下执行命令行：conda install -n 环境名称 ipykernel
比如我的虚拟环境叫python27（后面举例都默认这个虚拟环境），那么我的就是：conda install -n python27 ipykernel
激活conda环境
在terminal下执行命令行：
windows版本:activate 环境名称 我的命令是：activate python27
linux版本:source activate 环境名称我的命令是：activate python27
将环境写入notebook的kernel中
python -m ipykernel install --user --name 环境名称 --display-name "在jupyter中显示的环境名称"
这里引号里面的名称自己可以随便起，用于在jupyter里面做标识，这里我仍然在jupyter里面叫python27，所以我的命令是：python -m ipykernel install --user --name python27 --display-name "python27"
打开notebook服务器
在terminal下执行命令行jupyter notebook
上面的相关步骤就可以完成jupyter的相关配置，但是如果经常需要用jupyter notebook，那么最好在创建虚拟环境的时候便安装好ipykernel
命令：conda create -n 环境名称 python=3.5 ipykernel
另外删除kernel环境：
jupyter kernelspec remove 环境名称
1、 解决anaconda中jupyter无法import已安装模块问题
4. Miniconda使用体验
生信入门的第一步就是要学会安装软件，但有些软件的安装和编译比较麻烦，这个时候就会怀念windows系统的方便。
根据生信技能树和菜鸟团里的介绍，linux系统也有这种自动式的安装软件的方式，因此，开始体验使用conda来安装软件。
安装简单，只需要在服务器上运行即可
此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹，并更新下环境变量。
注：如果安装后不想在终端前显示（base）
conda install fastqc(软件名)
which fastqc 查看软件安装位置
conda list 可以查看已安盯裂装软件列表，conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。
星号标记的表示是已经安装的版本。要 安装其他版本 ，输入：
conda install 软件名=版本号
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
如果想要安装列表中的软件，可进入该软件的conda主页，比如cutadapt[ https://anaconda.org/bioconda/cutadapt ]
里面会告诉应该使用什么命令~
安装完后的软件在miniconda2文件肆差夹里面的pkgs文件夹下面。
conda config --add channels
查看已经添加的channels
conda config --get channels
conda config --remove channels
conda update conda
conda remove 软件名
source activate 软件名 #把目录添加进环境变量
source deactivate #从环境变量里面 删去
conda info -e
例子：
安装snakemake，snakemake已经整理成Python包，可以直接使用 pip 进行安装，不过需要的Python3的环境，利用 conda 进行安装：
试试 snakemake -h 看看安装成功没有？
但是可能网络会不太好，可能需要多几次进行安凯雹闭装。
参考：
用Miniconda，Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团 [ http://www.bio-info-trainee.com/1906.html] ；
http://www.biotrainee.com/thread-838-1-1.html 。
5. python工具包如何安装
python安装工具包的方式总结一下：
1.、在spyder中安装:
打开命令窗口：选择Tools下的“open command prompt”，输入：pip install 安装包名字==版本号
例如：pip install numpy==1.13.3
2、在anaconda中安装：
打开Anaconda Prompt，输入：conda install -c conda-forge 安装包名字==版本号
例如：conda install -c conda-forge numpy=1.13.3
3、在cmd中安装：
在python的安装包下的Scripts目录下，打开命令窗口（也可以直接在文件加下按住Shift，点击鼠标右键，选择“在此处打开 命令窗
口”），输入：pip install 安装包名字==版本号 或者： easy_install 安装包名字==版本号 （pip找不到的包可以试一下）
例如：pip install numpy==1.13.3
4、卸载相应的安装包
将对应命令中的install改成uninstall即可。
推荐学习《Python教程》。