真菌数据库

发布时间: 2022-11-08 01:05:09

⑴ 真菌培养及签定+真菌药敏试验

培养，采样后在常规的酵母用培养基如PDA中培养，加适量链霉素抑制细菌生长。培养出的微生物最简单鉴定方法有两个，一个是用试剂盒鉴定，基于培养特征和数据库进行鉴定。另外就是基于PCR的特征片段后的核酸分子鉴定。药敏实验，培养出来后加各种药物，这个有标准方法。

⑵ mycologia是什么啊不是翻译的啊是一个文献性质类的数据库跟真菌相关的

根据构词翻译：
mycologia（名词阴性）→真菌学

mycologia（名词阴性该单词去性属区分后等效于英语中的mycology）→myco-logia→真菌学
myco-（前缀词源是古希腊语单词μύκης）→真菌
μύκης（古希腊语单数阳性主格）→蘑菇；真菌类；蘑菇形状的物体
-logia（拉丁语派生后缀名词性抽象性阴性）→...学
词缀转化过程：
-logia（拉丁语派生后缀名词性抽象性阴性主格）
→-logia（拉丁语族派生后缀名词性抽象性阴性有词尾元音式）（如：意大利语）
→-logie（拉丁语族派生后缀名词性抽象性阴性无词尾元音式）（如：法语）
→-logy（英语派生后缀名词性抽象性 ie转化为y）

-ia/-ie（拉丁语族派生后缀名词性抽象性阴性）
-a（拉丁语族屈折结尾阴性词尾非重读元音）

⑶ 中国数字植物标本馆的数据库

1．标本信息
提供成员单位标本馆所完成的数字化标本信息，包括一般标本及模式标本。每份标本信息包括标签信息及图像信息，前者包括标本采集人、采集日期、地点、生境与海拔以及鉴定信息和标本存放地点（标本馆）等。
目前在CVH网上能查询到中科院系统13家标本馆标本，共计二百八十五万份（笔）标本信息及一百五十五万张标本图像，缺乏图像的记录已在首页予以标明。
网上模式标本6500份，仅包括中科院植物所标本馆馆藏的模式标本，包括裸子植物、毛茛科、荨麻科、山茶科、壳斗科等类群。信息均经过核实，还附有发表新种的原始文献（PDF格式）以及高分辨率标本图像。
分布式标本信息检索系统：目前CVH的标本信息是通过集中式实现共享查询的,其主要缺陷是更新周期长，存储压力大。我们正在试验的分布式标本信息查询系统已有5家标本馆（称CVH分馆）参与，共有100多万份标本信息实现实时更新，并由成员单位通过FTP自主管理其分馆，有效地发挥成员单位的积极性。
2．《中国植物志》数据库
包括全套《中国植物志》79卷（除第一卷外）125册图书的PDF文件，可通过科名和植物名称（学名、中名）查询到志书文字及图版。最近完成的检索文件复核补充工作使数据库更全面准确地反映植物志的内容，除正名(accepted name)外，讨论部分的学名也可查到。数据库记录数：45000余条。
3．彩色图库
上传到CVH网站上的植物彩色照片共计五万余张，属于269科5700种，为近年来众多志愿者自野外拍摄所得，范围涉及在全国34个省（区、市）的野生植物。下阶段将逐步建立彩图鉴定专家系统，以提高照片鉴定准确性。
至此，用户输入学名或中名可关联性查询到标本、植物志及彩色图片三大数据库，这也是CVH的主要数据库。
4．其他相关数据库
为方便用户使用标本信息,“中国数字植物标本馆”网站还提供其他大量相关的（植物学）数据库，如标本采集地名与标本馆数据、分类研究人员及其研究论文题录等。这些数据库或源自实际工作经验的总结、或直接转自权威工具书并经过专家审核。
1）《中国高等植物图鉴》数据库
为该书全套五册正编及两册补编共7本书的全文检索。可通过科名和植物名称（学名及中名）查询到书中正文文字及图画。数据库记录数：9057条。
2）地方植物志及其统一查询
提供12套地方志的数字化文挡（PDF文件），可通过统一关联查询任何1-12种植物志信息，包括西藏、秦岭、辽宁、贵州、浙江、海南等省（区/市）及地区植物志。下阶段计划实现《中国植物志》与地方植物志的关联查询。数据库记录数：47112条。
3） “三种主要志书属名数据库”
提供查询中国维管植物属名在《中国植物志》、《中国高等植物图鉴》和FLORA OF CHINA中的位子，包括卷册及页码。这三套志书（图鉴）是目前研究中国植物的主要参考书。该数据库的复核工作已于最近完成，增加了新近出版 FLORA OF CHINA卷册内容，并修改（修订）数百条记录，使数据更准确全面。数据库记录数：3504条。
4）植物名称及分布数据库
通过该库可以快速查询到中国种子植物名称及分布信息（到省级）等简单信息。资料主要来源于《中国植物志》和已出版的Flora of China，可以认为是《中国植物志》的名录修订。目前数据库记录数：34056条。
5）模式标本名录及其原始文献数据库
该数据库以收集中国原生植物（Native plant）名称模式标本及其发表原始文献资料为宗旨，无论其模式标本采集地及保藏地在国内或国外、该名称何时于何种刊物发表都尽量予以收录。每条记录包括植物名称（学名、中名）、发表刊物，模式标本采集地点和生境、年代及标本采集人和采集号，以及标本存放地点（标本馆）。大部分资料以外文形式出现。数据库资料来源于国内外多种书刊，其中标本馆代码依 Holmgren et al.1990. Index Herbariorum和傅立国等1993《中国植物标本馆索引》(中国科技出版社)。缩写代号HT: Holotype, IT: Isotype, T: Type。目前数据库记录数：30705条
6）植物名称作者（命名人）数据库
据统计，至今为止，中国植物命名作者多达五千余人，其中命名两个及两个以上名称的有近3500人。本数据库就是基于这3500人的资料建立的，每条记录包括作者全名及标准缩写、工作/出生/生卒年代、专长类群等。中国作者(共919条目)还附有中文名及工作单位。本数据库依据国内外多种书刊资料编辑而成，其中人名拼写标准主要依据Brummitt & Powell 1992, Authors of Plant Names。类群代码为：A：藻类；B：苔藓；C：孢子植物；F：化石植物；M：真菌和地衣；P：蕨类；S：种子植物。目前数据库记录数：3481条。
7）中国植物分类学文献要览（1949-1990）
一般地，查询20世纪50年代以前中国植物学文献时可查询E.D.Merrill & E.H.Walker 《东亚植物学文献目录》（1938）及其补编（1960），90年代以后资料的查询则多利用各种网络资源。本数据库填补了50年代至90年代之间的空白，它主要涵盖中国大陆学者1949-1990年间发表的植物系统学文献，内容包括作者姓名、论着题目及发表书刊等。本库资料主要来源于《中国植物系统学文献要览》(陈心启等1993，广东科技出版社)。目前数据库记录数：6879条
8）标本采集地新旧地名对照数据库
在我国，二十世纪初以前标本采集地的名称，现今常有改变而不再使用。在这种情形下，很有必要通过对旧时和现在地图的核对及参考相关采集资料，来制作新旧地名对照表，建立新旧地名数据库，包括旧地名的经纬度数据，以供标本查询及分类学研究之用。我们根据中国植物分类学家研究经验，总结出包括11个省（市）2000多条采集地新旧地名对照记录。每个旧地名尽可能包括其旧外文名、位置（经纬度），并标明该地名在现今县级行政区的名称、国家标准代码和经纬度。目前数据库记录数：2048条
9）中国植物标本馆数据库
本数据库信息基本于《中国植物标本馆索引》(傅立国等，1993)一书，共收录全国300余家标本馆，并于最近对其中几十家主要标本馆信息进行了更新。每家标本馆信息包括标本馆名称和地址、联系人及联系方法，馆藏特色及收藏目标，以及主要研究人员信息等。
5．植物鉴定指南性资料
本部分数据库包括交互式检索表（又称电子检索表）和植物形态术语图说等，目的是为用户提供从植物特征识别和标本鉴定，到上述的标本及图像比对，一直到物种形态特征描述和国内分布等一站式服务。
1）电子检索表
这是一种互动的计算机程序，使用者不断地向这个程序里输入标本或活植物的性状，那些不具有这些性状的分类群将被排除掉，直到只剩下一个分类单元。它是系统植物学、生物编目与保护的一种非常好的鉴定工具。本检索表提供检索中国种子植物270余个科的电子路径。
2）科属词典数据库
该库转接自成员单位网站，其信息来自侯宽昭主编、吴德邻等人修订的《中国种子植物科属词典》（第二版），共收集我国种子植物276科，3109属，重点描述我国种子植物的科、属形态、地理分布、属种统计、主要经济用途等。该书是我国植物学专业书籍销量最大的图书。其电子词典制作的目的是为了方便用户对植物多样性学信息的获取。
3）“植物鉴定和描述形态术语图解”数据库
包括种子植物形态术语1133条，涵盖了植物鉴定和描述所使用的绝大部分术语，涉及根、茎、叶、花、花序、果实等植物器官。每个条目包括中、英文术语及其中英文释义四部分内容。选词标准规范，释义准确、简明扼要，大部分术语还配有一至多幅精美的线描图（共1297幅），图画特征明显，对于读者理解术语的含义大有裨益。本库资料主要来源于Harris & Harris 1994, Plant Identification Terminology ：An Illustrated Glossary (王宇飞等人译，2001. 科学出版社)一书。
4）“国家重点保护野生植物名录(第一、二批）”数据库
第一批名录已于一九九九年发布执行，第二批名录经数年讨论仍未正式发布，但已基本拟定，故一并列出，供用户参考。两个名录共计约1900种（其中兰科植物约占2/3）。该库可查询到植物名称（中名、学名）、科名、批次及保护等级、国内分布（到省级）、海拔高度等信息。
6．科普及孢子植物栏目（分馆）
1）苔藓植物分馆和蕨类植物分馆
两者均分列中国植物名录、植物志、名词解释、植物照片、专家介绍及学科通讯等相关资料，利于专门用户查访。
2）科普分馆
主要是基于植物物种多样性开发的科学普及常识。其中 “标本馆常规技术”和“常用药用植物”两个栏目是我们特地为“中国数字植物标本馆”所编写的。前者包括“标本采集和压制”、“标本装订”、“用检索表鉴定植物”和“植物名称知识介绍”等标本馆常用的专业技术；后者则选录了全国范围内常药用植物百余种加于介绍。每种内容包括名称、来源、原植物形态特征及功能主治等。每种植物还配有一幅精美的彩色图画。
此外“中国数字植物标本馆”还辟有“网站建设介绍”、“信息反馈”和“相关网站”等栏目，其宗旨是为用户提供全面而便捷的信息服务。

⑷ 微生物数码分类鉴定数据库中，每个条目代表

正确答案:A
解析：微生物数码分类鉴定技术采用标准化、商品化和配套的生化反应试剂条（板），可将细菌鉴定到属、群、种和亚种或生物型
。微生物数码分类鉴定数据库由许多细菌条目组成，每个条目代表一个细菌种或一个细菌生物型
。

⑸ 有没有介绍查找物种的网站数据库，能把界门纲目科属种都列出来的

柱也被称为姬一般
植物王国被子植物门，双子叶植物，康乃馨仙人掌，施诸子类圆柱形仙人掌多肉植物

⑹ 你好，请问怎么在NCBI下载全基因组序列或者有别的地方可以下载我主要是想下载真菌基因组序列

GenBank同二楼说的，还有DDBJ、EMLB，是世界三大核酸数据库，三者各有优缺点，如果要完整菌种的序列，你可以将三者结合使用，希望帮到你。

⑺ “地球生物全系列——从单细胞到人类”真菌界概述（四）

真菌界概述（四）

许多真菌的结构都是微观的，而主要宏观的结构如子实体又非常柔软且容易分解，因此与动植物相比，真菌的化石记录相当稀少，且真菌化石很难与其他微生物的化石分别，除非有现生真菌与化石物种外型相似才较容易分辨。真菌的化石常与动植物的一起出现，通常经过薄切面后，使用光学显微镜或透射电子显微镜检视观察，研究压纹化石（英语：Compression fossil）时则会使用酸性溶液将化石周围的基质溶解，再使用光学显微镜或扫描电子显微镜观察表面的详细构造。

最早具有典型真菌特征的化石可追溯至24亿年前的古元古代，是栖息于海底的生物，具有可能可以互相接合的菌丝状构造。另有研究比较相关生物类群的演化速率，以分子时钟（英语：Molecular clock）推测真菌应该在7-10亿年前出现。古生代时许多真菌都是水生的，且像现生的壶菌一样具有鞭毛，但也有部分真菌在寒武纪时就开始往陆地生长，较陆生植物的出现早上许多。随后真菌演化出许多陆地生活所需的特征，包括寄生、腐生、菌根与地衣等与其他生物的交互作用。2009年的一篇研究显示子囊菌门的共祖便是腐生的，随后多次在不同类群中，独立演化出地衣的生长型态。有奥陶纪的真菌化石出现菌丝、孢子等特征，和现生的球囊菌门真菌相当类似，当时陆生植物仍只有许多类似现生苔藓的种类，尚不具有维管束。原杉藻是一种重要的真菌化石，出现于志留纪晚期，并可能是当时陆地上高度最高的生物。泥盆纪早期真菌化石的种类开始变多，且特征较更早化石典型许多，对其是否属于真菌争议渐渐减少，许多壶菌门与接合菌门的化石在莱尼燧石层（英语：Rhynie chert）中被发现。担子菌门与子囊菌门也差不多在此时出现，到石炭纪的宾夕法尼亚世，多数现生真菌的纲都已经出现了。

形态类似地衣的化石最早在5-6亿年前的陡山沱（英语：Doushantuo Formation）地层中就出现了，地衣是早期陆域生态系的重要成员，最早确定为地衣的化石出现于4亿年前，约与最早的子实体化石同期。具有与现生担子菌扣子体相似结构的化石也出现于石炭纪宾夕法尼亚世的地层，与一株蕨类的化石一起出现。同担子菌亚纲的真菌化石则相对较少，两枚保存于琥珀中的标本显示白垩纪晚期（9000万年前）已有外型类似菇类的真菌出现。

二叠纪－三叠纪灭绝事件之后不久，真菌化石大量出现（P-T fungal spike），孢子也大量出现在岩层中，显示真菌当时是相当占优势的生物，这个时期的化石几乎全部都是真菌化石，但也有研究反对这项理论，认为此一爆发并没有发生在世界所有地区，某些地区发现的真菌化石爆发和灭绝事件时间不完全吻合，且不易区分这些孢子是来自真菌或藻类。

6550万年前，许多动植物在白垩纪－第三纪灭绝事件中灭绝，紧接着真菌再度大量出现，可能是世界各地森林大面积毁灭后，为真菌提供腐生生长的环境造成。而真菌的拓殖甚至可能助长了哺乳类在新生代的繁盛，因为哺乳类相对于其他脊椎动物，对真菌感染的抗性特别大。

真菌学在传统上常被划归在植物学的范畴中，但真菌其实与动物的亲缘更为接近。分类学家根据分子系统发生学的分析，将广义的真菌与动物（菌物总界与动物总界）共同组为称为后鞭毛生物的单系群，而真菌界本身也是一个单系群。真菌的分类经常有所变动，特别是DNA定序技术普及后，越来越多研究比较不同真菌间的DNA序列，不断提出新的分类观点。许多传统上以形态或交配实验所做出的分类系统受到相当大的挑战。

目前真菌较高层级的分类系统仍有很大争议，新理论不断被提出，各个分类阶层的名称均常有变动。且同一种真菌还可能在生活史的不同阶段，例如无性与有性世代拥有数种不同的学名，使真菌分类更加复杂。目前有Index Fungorum与ITIS等数据库记录了所有现生真菌的名称（包含旧分类系统下的同物异名在内），许多分类学家也正努力建立更一致的命名系统。

2007年，在数十位真菌学家与分类学家通力研究之下，诞生了一套新的真菌分类系统，其中子囊菌门与担子菌门共同组成双核亚界，是真菌中多样性最高的类群，包含绝大多数蕈类、植物病原菌以及用于食品工业的真菌，而传统分类系统中的壶菌门与接合菌门都被认为是并系群而有所调整，芽枝霉门与新美鞭菌门从壶菌门中分出，成为两个独立的门，接合菌门则被分拆成球囊菌门与毛霉亚门、虫霉亚门（英语：entomophthoromycotina）、梳霉亚门和捕虫霉亚门（英语：Zoopagomycotina）等四个亚门。2018年，Tedersoo等人又发表了新的真菌分类系统，将真菌细分至十八个门。

随着分子系统发生学的问世，以DNA序列为基础的分类方式渐渐取代传统分类系统，微孢子虫等许多在五界说被归属于原生生物的微生物被发现与真菌的亲缘关系较近，而被归入真菌界中。隐真菌门的物种是土壤与水中的微生物，它们缺乏细胞壁，可以像动物般以吞噬作用取得养分，DNA序列分析显示它们与微孢子虫关系非常密切，后者可能是隐真菌门中一个特别深的演化支，两者共同构成其他真菌的姊妹群，也被划入真菌界中。另外核形虫与泉生虫（英语：Fonticula）也与真菌的亲缘关系接近，两者构成包含隐真菌门在内所有真菌的姊妹群，也有研究者将它们划入真菌界，但因两者缺乏许多真菌共有的特征，生活型态也与真菌差异较大，Terdersoo等人2018年发表的分类系统选择将它们独立成一个界：核形虫界（Nucleariae）。核形虫界虽不属于真菌界，但因与真菌亲缘关系密切，是广义的真菌：真菌总界的成员。

2007年的分类系统将真菌分为微孢子虫门、壶菌门、芽枝霉门、新美鞭菌门、子囊菌门、担子菌门以及原属接合菌门的球囊菌门与毛霉亚门、虫霉亚门（英语：Entomophthorales）、梳霉亚门和捕虫霉亚门（英语：Zoopagomycotina）等四个亚门。2018年Tedersoo等人发表的分类系统则总共将真菌分为九大类群，共计十八个门。包括隐真菌门、Aphelidiomycota（英语：Aphelidiomycota）、芽枝霉门、壶菌门、单毛壶菌门（英语：Monoblepharomycota）、新美鞭菌门、油壶菌门（英语：Olpidiomycota）、蛙粪霉门（英语：Basidiobolomycota）、捕虫霉门（英语：Zoopagomycota）、梳霉门（英语：Kickxellomycota）、虫霉门、Calcarisporiellomycota（英语：Calcarisporiellomycota）、毛霉门、被孢霉门（英语：Mortierellomycota）、球囊菌门、根肿黑粉菌门（英语：Entorrhizomycota）、子囊菌门与担子菌门。此次分类所作出较大的改动包括认定微孢子虫属于隐真菌门、将壶菌门进一步分拆、将蛙粪霉从虫霉菌中独立成一门、将毛霉门进一步分拆等。

微孢子虫是一种单细胞生物，在动物细胞内行绝对寄生，因为基因组与胞器都高度退化，一度被认为是原始的真核生物。不过DNA序列分析显示微孢子虫属于真菌，而且是所有其他真菌的姊妹群，是真菌演化上最早分支的演化支。近期还有研究认为微孢子虫与隐真菌门关系密切。

壶菌与现在已独立出去的新美鞭菌门、单毛壶菌门（英语：Monoblepharomycota）、芽枝霉门，以及新加入真菌界的隐真菌门与Aphelidiomycota等类群具有动孢子（英语：zoospore），动孢子具有鞭毛而可以在水中移动，因此壶菌早期曾被归为原生动物，后来rDNA序列分析显示壶菌属于真菌，而且也是真菌演化上较早分支的类群。

芽枝霉门以前认为是壶菌的一支，不过新研究显示芽枝霉门不属于壶菌，且可能是双核亚界与原属接合菌门的所有真菌的姊妹群，在演化上比壶菌晚分支出去。芽枝霉门多为腐生，以分解有机质为生，其成员可寄生于许多真核生物。与壶菌不同的是芽枝霉门的生活史存在世代交替。

新美鞭菌门也曾被认为是壶菌的一支，其成员是厌氧生物，栖息于大型草食动物的消化系统中，它们缺乏线粒体，但有线粒体衍生而成的氢酶体（英语：hydrogenosome）。新美鞭菌门的动孢子也具有鞭毛，还有些种类具有多根鞭毛。

过去属于接合菌门的生物现在被分拆成数个不同的门，这些真菌包括会造成面包发霉的黑根霉、可用来制作豆腐乳的毛霉与根毛霉（英语：Rhizomucor）。球囊菌门的真菌会侵入植物的根部，与植物形成丛枝菌根（英语：arbuscular mycorrhizae），可帮助植物吸收土壤中的水分与无机盐，丛枝菌根在演化上出现的时间相当早，最早可追溯至四亿年前，这种互利共生可能对陆生植物早期在陆地的适应非常重要。球囊菌门过去属于接合菌门，2001年首次被提升到门的地位。

子囊菌门是真菌中种类最多的类群，它们可经由减数分裂，在子囊中产生子囊孢子。子囊菌门的真菌包含羊肚菌、松露、多数酵母菌（念珠菌、酿酒酵母、克鲁维酵母（英语：Kluyveromyces）与毕赤酵母（英语：毕赤酵母））以及某些蕈类，生活型态包括腐生、寄生或与藻类或蓝绿菌形成互利共生的地衣。子囊菌门的重要成员还有曲霉属、青霉菌、麦角菌与镰孢菌属等。有一些子囊菌只有观察到无性生殖，没有观察到有性世代的纪录，但分子序列分析足以显示其分类属于子囊菌门。也因为其减数分裂的产物子囊孢子会留在子囊中，而不会马上散播出去，子囊菌门的真菌（粉色面包霉菌）曾是遗传学研究的重要工具。

担子菌门真菌的菌丝特化出称为担子的杆状构造，以进行减数分裂产生担孢子。多数蕈类都属于担子菌门，另外担子菌门还包括锈菌与黑粉菌等重要的植物病原菌、存在于人类皮肤上的马拉色菌属以及可造成机会性感染的新型隐球菌。

因为形态与生活史的相似，黏菌、卵菌与丝壶菌（英语：Hyphochytriomycetes）都曾被认为是真菌界的生物，卵菌、丝壶菌与部分属于“Phytomyxea”的黏菌，曾与壶菌共同组成真菌界下的鞭毛菌亚门（英语：Mastigomycotina），更早以前还有藻菌（英语：Phycomycetes）、裸菌（英语：Gymnomycota）等分类单元。这些生物现在都已经证实不属于真菌，真菌的细胞壁是由几丁质组成，不含有纤维素，卵菌的细胞壁则是纤维素组成的，丝壶菌的细胞壁兼有几丁质与细胞壁，多数黏菌生活史中的多数阶段则是没有细胞壁的，而是以吞噬作用取得养分，不像真菌、卵菌与丝壶菌是以渗透营养（英语：osmotrophy）的方式，以扩散作用从胞外吸收养分，唯一的例外是网状黏菌（英语：Labyrinthulomycetes），这种黏菌具有细胞壁，且也是使用渗透营养的方式获得养份。现在的分类系统中，卵菌、丝壶菌与网状黏菌同属SAR超类群，黏菌则包含属于变形虫界、有孔虫界、古虫界的物种，与真菌的亲缘关系都相当远，它们相似的外型与生活史只是趋同演化的结果。另外有一种黏菌称为泉生虫（英语：Fonticula），与真菌、动物同属后鞭毛生物，且与核形虫共同组成现生真菌的姊妹群，与现生真菌关系非常密切。不过关于这些生物的研究有时仍被视为真菌学的范畴，出现在真菌学的课本与论文中。

外毛菌目（英语：Eccrinales）、变形毛菌目（英语：Amoebidiales）、鱼孢菌（英语：Ichthyophonus）与珊瑚壶菌（英语：Corallochytrium）原本归属接合菌门，后来发现它们属于动物总界，与现生动物的关系更为密切，与真菌相似的外型也是趋同演化的结果。芽囊原虫（英语：Blastocystis）与曾被认为是一种酵母菌，Ellobiopsis曾被认为是一种壶菌，两者现在都归属于SAR超类群。

历史上放线菌也曾因可以形成菌丝状的构造而被归为真菌，但很早就被发现属于细菌，不是真核生物。

子囊菌门（Ascomycota）

担子菌门 (Basidiomycota)

芽枝霉门(Blastocladiomycota)

壶菌门(Chytridiomycota)

球囊菌门 (Glomeromycota)

微孢子虫门（Microsporidia）

新丽鞭毛菌门（Neocallimastigomycota）

接合菌门 (Zygomycota)

虫霉门（Entomophthoromycota）

毛霉门（Mucoromycota）

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