細胞系資料庫

㈠ 如何利用資料庫查詢細胞某基因表達情況

一個良好的開端就是分析感興趣基因的突變和其它異常，ICGC數據門戶提供了幾條研究路線。輸入一個基因名稱，NCBI登錄號，或者Ensembl基因ID，點擊基因報告（Gene Report），就能在突變摘要（Mutation Summary）中找到已發現的突變和拷貝數變化，以及迄今為止，這些突變在腫瘤中出現的頻率。COSMICsection就在體細胞突變列表下方，包括了點突變，少量缺失，以及插入突變等方面的數據。

㈡ 國際著名的三大蛋白質資料庫

國際著名的三大蛋白質資料庫有UniProt資料庫、The Human Protein Atlas資料庫、PhosphoSitePlus資料庫。

1、UniProt資料庫

蛋白組學常用資料庫UniProt（全稱UniProt Protein Resource），建立於1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白質資料庫聯合成立的，其信息量豐富、資源廣泛，是目前公認的首選免費蛋白質資料庫。

2、The Human Protein Atlas資料庫

The Human Protein Atlas內含近30000種人類蛋白質的組織和細胞分布信息，並提供免費查詢。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金會利用免疫組化技術，檢查每一種蛋白質在人類48種正常組織，20種腫瘤組織，47個細胞系和12種血液細胞內的分布和表達，其結果用至少576張免疫組化染色圖表示，並經專業人員校對和標引，保證染色結果具有充分的代表性。

3、PhosphoSitePlus資料庫

PhosphoSitePlus資料庫是一個由CST和NIH聯合開發的免費資源資料庫，總結歸納了海量通過科學研究發現的蛋白修飾位點，包括磷酸化、甲基化、乙醯化、泛素化等，並且包括一些CST公司發現但未發表的蛋白修飾位點。

該資料庫是動態的、開放的、高度互動並持續更新的。它有助於研究PTMs在正常和病理細胞/組織中的作用，同時它也是發現新的疾病標志物和葯物靶點的有力工具。

性能及歷史

蛋白質資料庫（HPDB），建於2005年5月，動態展示生物大分子立體結構，滑鼠點擊放大分子結構、原子定位、測定原子之間距離，可用於教學或科研。服務對象是能夠熟練使用中文的生命科學、醫學、葯學、農學、林學等領域的大中專學生、教師及科技工作者。

分子結構特徵描述採用漢語，同時提供英文原文以供考證。對於善於使用英文的讀者，我們提倡直接訪問RCSB PDB，一來可以減少網路擁擠，二來可以減少由於HPDB的翻譯不妥帶來的不便。

蛋白質資料庫（HPDB）對每個蛋白質分子結構說明部分做了中文翻譯（最新加入資料庫的分子除外），內容包括分子結構定性描述、樣品的來源、表達載體、宿主、化學分析方法、分子結構組成成分等。這些信息並同蛋白質分子結構數據存儲於資料庫，因此HPDB支持中文查詢。

蛋白質資料庫（HPDB）雖然翻譯了「分子結構說明」部分，但為了保證數據的可靠性和准確性，HPDB對一級結構序列及大分子結構坐標數據等未做任何改動，資料庫保持RCSB PDB核實後的原始實驗數據文件，並保持PDB文件格式和蛋白質分子編號。

㈢ 怎樣查到一個特定細胞株的相關知識和培養條件

ATCC (American Type Culture Collection) 收集了絕大多數細胞的詳細資料。資料庫中有每一種細胞的詳細描述，包括細胞的來源，培養和凍存條件，以及相關文獻等資料。

㈣ cancer cell ency clopedia網站如何使用

CCLE資料庫幾個知識點；
數據處理
通過R語言來處理數據，需要一定R語言基礎；
因為下載下來的數據包含了多種癌症，首先是處理細胞系信息，選擇自己需要的細胞系，進行後續操作。
樣品信息包含了以上26中信息，可以根據需要，選擇信息進行後續處理，比如說，我選擇樣品ID，細胞系名稱，原發灶或轉移灶，原發疾病類型，亞型等信息。
可以看到有35種不同的癌症類型，我們選擇特定的一種即可，比如我選擇肝癌。

㈤ 哪裡可以找到 13 mESC ChIP-seq datasets資料庫

一個從ChIP-Seq數據中解碼長鏈非編碼RNA和microRNA基因轉錄調控的資料庫
長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）和microRNAs（miRNAs）代表了真核生物中兩類重要的非編碼RNAs。盡管這些非編碼RNAs涉及到生物體發育和各種人類疾病，但是令人驚訝的是有關它們的轉錄調控知之甚少。染色體免疫沉澱和下一代DNA測序（ChIP-Seq）的最新進展已經以空前的敏感性提供了檢測轉錄因子結合位點（transcription factor binding sites，TFBSs）的方法。本研究中，我們描述了ChIPBase（http://deepbase.sysu.e.cn/chipbase/），我們開發的一個新資料庫以促進從ChIP-Seq數據中進行轉錄因子結合圖譜和lncRNAs與miRNAs轉錄調控關系的綜合注釋和發現。ChIPBase的當前版本包括了通過在來自六種生物體的不同組織和細胞系中的543個ChIP-Seq實驗產生的高通量測序數據。
通過分析數以百萬計的TFBSs，我們鑒定了數以萬計的TF-lncRNA和TF-miRNA調控關系。此外，開發了兩個基於網路的伺服器以從ChIP-Seq數據中注釋和發現lncRNAs和miRNAs的轉錄調控關系。另外，我們開發了兩個基因組瀏覽器deepView和genomeView，以提供多維數據的整合查看。而且，我們的網路實現支持不同的查詢類型及TFs、lncRNAs、miRNAs、基因本體論和通路的探索。

㈥ depmap資料庫使用方法

一、查詢基因並下載相關數據

Step 1 直接在網站檢索框輸入檢索內容，如「TP53」，輸入完之後，就可以得到 TP53 這個基因在所有數據當中的情況。其中就包括這個基因在全基因組 CRISPR 當中的情況，基本的分析結構，基因突變和拷貝數變化情況等等。
Step 2 可以在擾動效應( Perturbation Effects ) 查看 TP53 在基因組 CRISPR 當中的重要性。gene effect 越越提示該基因可能與細胞的生長相關，得分0位不相關，而-1的得分對應於所有常見必需基因的中值。
Step 3 而在特徵(Characterization)則可以觀察 TP53 在不同的細胞系當中的各個組學的情況。如表達數據，拷貝數變異，甲基化等，點擊某一個特徵可以下載該基因在本特徵中表達的數據情況。
Step 4 predictability可以預測兩個特徵之間的相關性。

二、查看和篩選細胞系
Step 1 Cell Line Selector 來選擇目標細胞系。
Step 2 在這里定義好之後，後續的分析都可以對目標細胞系進行特殊的可視化，如果沒有，則點擊 Creat custom list 來進行細胞系定義，並可以根據表頭的信息進行篩選。默認的界麵包括了細胞系名稱以及細胞系所屬組織。我們可以在右側添加其他信息來進行篩選。例如我們想要篩選具有 MSI 的細胞。就可以添加一個細胞系的 MSI 特徵的列。然後通過篩選功能，就可以得到 MSI 的細胞系是哪些了。

三、數據探索 兩個特徵相關性

Step 1 點擊「 data explorer 」
Step 2 選擇X Y軸的項目，右邊可以展示兩者相關性。
Step 3 選擇項目-名稱-資料庫即可開始plot圖，可以下載表達數據。

㈦ 南昌有幹細胞庫嗎

南昌大學第二附屬醫院院士工作站、江西省幹細胞庫、江西省幹細胞研發與技術轉化基地在南昌正式落成。該系統工程的建立填補了我省幹細胞領域的空白，同時吸引了中科院吳祖澤院士、陸士新院士，中國工程院阮長耿院士等一批國內一流專家，對提高我省再生醫學產業技術創新能力，推動我省醫療機構幹細胞臨床應用水平發展，將起到重要作用。副省長謝茹、省政協副主席李華棟出席啟動儀式並揭牌。

據了解，幹細胞科學技術連續多年被列入「人類十大科技進展」，作為《國家中長期科學和技術發展計劃綱要》的重要內容，已被列入國家 「十一五」計劃和科技部制定的國家重大科技專項。目前，在治療血液病、肝硬化、神經系統、免疫系統等傳統醫學無法解決的疾病方面，幹細胞技術均取得了良好效果，臨床使用范圍及對象不斷擴大。

江西省幹細胞庫專門從事我省幹細胞資源的採集、保存和臨床治療用細胞供應，力爭5年內成為中部地區極具影響力的幹細胞庫，在幹細胞的研究和再生醫學臨床應用方面走在全國前列。該項目不僅填補了江西省幹細胞領域的空白，保障了江西省臨床所需幹細胞的供應，同時，通過幹細胞科技與臨床醫療的結合，滿足不斷壯大的幹細胞治療美容保健等社會需求，打造我省的名片學科，順應生物醫葯產業的發展趨勢，提供最先進的幹細胞診療技術。

據悉，江西省幹細胞庫建成使用後，擁有凈化實驗室1800平米，專門從事我省幹細胞資源的採集、保存、臨床治療用細胞供應，將成為省內乃至整個中部地區最大的集幹細胞技術轉化、幹細胞存儲和應用於一體的綜合性幹細胞產業化基地。充分發揮院士專家的技術引領作用，推動產學研緊密合作，搭建科研創新和技術創新融一體的高層次平台，從而加快幹細胞科技成果轉化應用效率，進一步提升我省科研創新能力和重大疾病的臨床救治水平。

據了解，自上世紀九十年代起，江西省南昌大學第二附屬醫院就十分重視幹細胞的基礎與臨床研究，聚集了一批高層次研究人才，形成了老中青相結合、基礎研究和臨床應用相結合的優秀科技團隊，並先後獲國家專利1項，獲國家自然科學基金5項、省自然科學基金4項。1993年江西省重點實驗室分子醫學重點實驗室成立，2003年國家幹細胞工程技術研究中心江西分中心成立，都成為了我省生物醫學發展史上的里程碑。

㈧ 哪裡可以找到果蠅的lncRNA資料庫

關系的綜合注釋和發現。ChIPBase的當前版本包括了通過在來自六種生物體的不同組織和細胞系中的543個ChIP-Seq實驗產生的高通量測序數據。
通過分析數以百萬計的TFBSs，我們鑒定了數以萬計的TF-lncRNA和TF-miRNA調控關系。此外，開發了兩個基於網路的伺服器以從ChIP-Seq數據中注釋和發現lncRNAs和miRNAs的轉錄調控關系。另外，我們開發了兩個基因組瀏覽器deepView和ge