資料庫go
⑴ 關於sql 「GO」用法
go就是用於一個sql語句的結束 比如說一個批處理語句是這樣的 select *from b select *from a 在後一個select後面加上一個go這樣可以一次執行兩條sql 語句
⑵ 這個資料庫定義視圖時,其中的GO是什麼意思啊
可以當做一段批處理的結束
一般創建對象的語句要求必須是批處理句首,所以要用go結束之前的批處理操作
像你圖中的一段代碼,就被解釋為兩段批處理(因為有兩個go)
⑶ 創建資料庫的問題和go命令什麼時候使用
use database
go
SELECT [name] FROM table
這樣執行就不會有錯誤了。
Go是鏈接語句 表示 第一條語句如果執行不成功 那麼第二條語句繼續執行。
如果不加上Go的話 如果第一條執行不成功的話 第二條也不會執行的。
GO必須單獨在一行才可以 ,不然會執行不成功的。
⑷ 資料庫 T-SQL 里的 GO 是什麼意思
GO代表一個批處理的結束
你可以把每個GO之間的語句當成是一句SQL
GO不是標準的語法,只是查詢分析器為了區分多個批處理而設的分隔符而已
⑸ 一文極速讀懂 Gene Ontology (GO)資料庫
官方:基因本體(GO)知識庫是有關基因功能的全球最大信息來源。 這些知識既是人類可讀的,也是機器可讀的,並且是生物醫學研究中大規模分子生物學和遺傳學實驗的計算分析的基礎。
在讀懂基因本體論(Gene Ontology)前,我們先看看什麼是本體論:
本體論(Ontology )是探究世界的本原或基質的哲學理論 。
本體論通常處理的問題:存在哪些本質,如何將這些本質分組,在層次結構內關聯以及如何根據相似性和差異進行細分 。
基因本體論(Gene Ontology)包含生物學領域知識體系本質的表示形式,本體通常由一組類(或術語或概念)組成,它們之間具有關系。 基因本體論(GO)從三個方面(GO domains)描述了我們對生物學領域的了解:
理解了上述的概念,現在舉個例子,如果站在基因本體論GO的角度來解釋一個基因的話:
基因產物:細胞色素C(cytochrome c)
分子功能:氧化還原酶活性
細胞組分:線粒體基質
生物過程:氧化磷酸化
自定義同義詞類型也用於本體中。 例如,許多同義詞被指定為系統同義詞。 此類型的同義詞是術語名稱的確切同義詞。
GO以圖的形式構建,術語作為同種的節點,術語間的關系(對象屬性)作為連接。
GO圖中的節點與其他節點可以具有任意數量和類型的關系, 就像層次結構,例如,家譜或一個物種的分類法
一個節點可能與多個子節點(更特定的節點)具有連接,也可以具有多個父節點(較寬的節點)
利用關系與關系間的連接可以推斷相應的分組注釋,節點間關系的推斷,這個會在後面詳細研究:
上圖表示:A is a B,B is part of C,所以可以推斷 A is part of C
節點間總體與部分關系:
一個節點可能與一個節點有一部分關系。 下圖說明了這一點:
上圖: mitochondrion 是兩個節點的父節點:it is an organelle and it is part of the cytoplasm ; organelle 有兩個子節點: mitochondrion is an organelle, and organelle membrane is part of organelle
我們將上面的關系圖簡化表示為 箭頭導向性圖 ,這是圖中常見的關系表示:
接下我們詳細看看GO是怎樣來描述這幾種關系的:
如果我們說 A is a B ,則意味著節點A是節點B的子類型。例如,有絲分裂細胞周期是細胞周期,或者裂解酶活性是催化活性。
應該注意的是,a並不代表是實例。 從本體論上來說,一個實例是某個事物的具體示例。 例如 貓是哺乳動物,但加菲貓是貓的實例,而不是貓的亞型。 GO中的術語表示實體或現象的類別,而不是特定的表現形式(或實例)。 但是,如果我們知道貓是哺乳動物,則可以說貓的每個實例都是哺乳動物。
使用 is a 對批註進行分組是 安全的 。例如,如果將基因產物X注釋為具有酪氨酸激酶活性,並且本體論證明酪氨酸激酶活性是激酶活性的一種(類型),那麼我們可以安全地得出結論,基因產物X具有激酶活性。
利用上面得到結論,我們可以將 is a 關系和其他關系類型結合來推斷,下圖表示了可以推斷的關系:
關系的一部分用於表示整個部分的關系。 part of 只有當B一定是A的一部分時,才會在A和B之間部分關系:無論B存在於何處,它都是A的一部分,B的存在意味著A的存在。但是,考慮到A的出現,我們不能肯定地說B的存在。
使用的 part of 進行分組注釋是 安全的 。 例如,如果將基因產物X標注為位於線粒體內膜上,而本體論記錄了線粒體內膜與線粒體之間的關系的一部分,則可以安全地得出結論X位於線粒體內。
利用上面得到結論,我們可以將 part of 關系和其他關系類型結合來推斷,下圖表示了可以推斷的關系:
has part 是對關系部分的邏輯補充,它從父級的角度代表了「部分-整體」關系。
與 part of 一樣,GO關系 has part 僅在A始終將B作為一部分的情況下使用,即A必定具有B的部分。 但是,如果B存在,我們不能肯定地說A存在。 即所有A都有B部分,但是A只是B的一部分。
使用 has part 注釋進行分組是 不正確的 。 例如,我們可以在本體論中斷言受體酪氨酸激酶活性具有部分激酶活性。 然而,將所有注釋歸類到受體酪氨酸激酶活性下的激酶活性將是不正確的。
利用上面得到結論,我們可以將 has part 關系和其他關系類型結合來推斷,下圖表示了可以推斷的關系:
一種過程直接影響另一種過程或質量的表現,即前者調節後者。 調節的目標可以是另一種過程,例如調節途徑或酶促反應,或者可以是質量,例如細胞大小或pH。 與 part of 關系類似,該關系專門用於表示必定的調節:如果同時存在A和B,則B總是調節A,但是A可能不總是受B調節,即所有B都調節A; 一些A受B調節。
如果將基因產物X注釋為參與調節糖酵解的過程,則不能得出結論X參與糖酵解是 不正確的 。 但是,某些工具使用調節關系來對批註進行分組, 這可用於基因集富集, 所得的基因集包括與分組術語有因果關系的過程中涉及的基因。
利用上面得到結論,我們可以將 regulates 關系和其他關系類型結合來推斷,下圖表示了可以推斷的關系:
GO的結構可以用下圖來表示,這個圖也叫有向無環圖(Directed Acyclic Graph ,DAG)。
如上圖所示,三個GO域(細胞成分,生物學過程和分子功能)分別由一個單獨的根本體術語表示。
一個域中的所有術語都可以將其父源追溯到一個根術語,通過到本體根的中間術語可能存在許多不同的路徑。
這三個根節點是不相關的,並且沒有公共的父節點,這意味著來自不同本體的術語之間沒有任何關系。但是,GO本體之間也存在其他關系,例如,分子功能術語「細胞周期蛋白依賴性蛋白激酶活性」是生物過程「細胞周期」的一部分。GO本體間相關 http://geneontology.org/docs/ontology-relations/ 。
某些基於圖的軟體可能需要一個根節點。在這種情況下,可以將「假」術語添加為三個現有根節點的代。
GO只代表生物學的當前認知,因此隨著生物學知識的積累,它會不斷地被修訂和擴展。也就是說目前的GO術語不一定代表某個基因產物所有的功能,組分或參加的過程,只是現階段對它的認知。
每周更新一次,由GOC本體團隊與請求更新的科學家共同完成的。
⑹ GO語言(三十):訪問關系型資料庫(上)
本教程介紹了使用 Godatabase/sql及其標准庫中的包訪問關系資料庫的基礎知識。
您將使用的database/sql包包括用於連接資料庫、執行事務、取消正在進行的操作等的類型和函數。
在本教程中,您將創建一個資料庫,然後編寫代碼來訪問該資料庫。您的示例項目將是有關老式爵士樂唱片的數據存儲庫。
首先,為您要編寫的代碼創建一個文件夾。
1、打開命令提示符並切換到您的主目錄。
在 Linux 或 Mac 上:
在 Windows 上:
2、在命令提示符下,為您的代碼創建一個名為 data-access 的目錄。
3、創建一個模塊,您可以在其中管理將在本教程中添加的依賴項。
運行go mod init命令,為其提供新代碼的模塊路徑。
此命令創建一個 go.mod 文件,您添加的依賴項將在其中列出以供跟蹤。
注意: 在實際開發中,您會指定一個更符合您自己需求的模塊路徑。有關更多信息,請參閱一下文章。
GO語言(二十五):管理依賴項(上)
GO語言(二十六):管理依賴項(中)
GO語言(二十七):管理依賴項(下)
接下來,您將創建一個資料庫。
在此步驟中,您將創建要使用的資料庫。您將使用 DBMS 本身的 CLI 創建資料庫和表,以及添加數據。
您將創建一個資料庫,其中包含有關黑膠唱片上的老式爵士樂錄音的數據。
這里的代碼使用MySQL CLI,但大多數 DBMS 都有自己的 CLI,具有類似的功能。
1、打開一個新的命令提示符。
在命令行,登錄到您的 DBMS,如下面的 MySQL 示例所示。
2、在mysql命令提示符下,創建一個資料庫。
3、切到您剛剛創建的資料庫,以便您可以添加表。
4、在文本編輯器的 data-access 文件夾中,創建一個名為 create-tables.sql 的文件來保存用於添加表的 SQL 腳本。
將以下 SQL 代碼粘貼到文件中,然後保存文件。
在此 SQL 代碼中:
(1)刪除名為album表。 首先執行此命令可以讓您更輕松地稍後重新運行腳本。
(2)創建一個album包含四列的表:title、artist和price。每行的id值由 DBMS 自動創建。
(3)添加帶有值的四行。
5、在mysql命令提示符下,運行您剛剛創建的腳本。
您將使用以下形式的source命令:
6、在 DBMS 命令提示符處,使用SELECT語句來驗證您是否已成功創建包含數據的表。
接下來,您將編寫一些 Go 代碼進行連接,以便進行查詢。
現在你已經有了一個包含一些數據的資料庫,開始你的 Go 代碼。
找到並導入一個資料庫驅動程序,該驅動程序會將您通過database/sql包中的函數發出的請求轉換為資料庫可以理解的請求。
1、在您的瀏覽器中,訪問SQLDrivers wiki 頁面以識別您可以使用的驅動程序。
2、使用頁面上的列表來識別您將使用的驅動程序。為了在本教程中訪問 MySQL,您將使用 Go-MySQL-Driver。
3、請注意驅動程序的包名稱 - 此處為github.com/go-sql-driver/mysql.
4、使用您的文本編輯器,創建一個用於編寫 Go 代碼的文件,並將該文件作為 main.go 保存在您之前創建的數據訪問目錄中。
5、進入main.go,粘貼以下代碼導入驅動包。
在此代碼中:
(1)將您的代碼添加到main包中,以便您可以獨立執行它。
(2)導入 MySQL 驅動程序github.com/go-sql-driver/mysql。
導入驅動程序後,您將開始編寫代碼以訪問資料庫。
現在編寫一些 Go 代碼,讓您使用資料庫句柄訪問資料庫。
您將使用指向結構的指針sql.DB,它表示對特定資料庫的訪問。
編寫代碼
1、進入 main.go,在import您剛剛添加的代碼下方,粘貼以下 Go 代碼以創建資料庫句柄。
在此代碼中:
(3)使用 MySQL 驅動程序Config和FormatDSN類型以收集連接屬性並將它們格式化為連接字元串的 DSN。
該Config結構使代碼比連接字元串更容易閱讀。
(4)調用sql.Open 初始化db變數,傳遞 FormatDSN。
(5)檢查來自 的錯誤sql.Open。例如,如果您的資料庫連接細節格式不正確,它可能會失敗。
為了簡化代碼,您調用log.Fatal結束執行並將錯誤列印到控制台。在生產代碼中,您會希望以更優雅的方式處理錯誤。
(6)調用DB.Ping以確認連接到資料庫有效。在運行時, sql.Open可能不會立即連接,具體取決於驅動程序。您在Ping此處使用以確認 database/sql包可以在需要時連接。
(7)檢查來自Ping的錯誤,以防連接失敗。
(8)Ping如果連接成功,則列印一條消息。
文件的頂部現在應該如下所示:
3、保存 main.go。
1、開始跟蹤 MySQL 驅動程序模塊作為依賴項。
使用go get 添加 github.com/go-sql-driver/mysql 模塊作為您自己模塊的依賴項。使用點參數表示「獲取當前目錄中代碼的依賴項」。
2、在命令提示符下,設置Go 程序使用的DBUSER和DBPASS環境變數。
在 Linux 或 Mac 上:
在 Windows 上:
3、在包含 main.go 的目錄中的命令行中,通過鍵入go run來運行代碼。
連接成功了!
接下來,您將查詢一些數據。
⑺ 資料庫中 go的用法
GO在SQL Server分析器里用
相當於批處理
GO
xxxx
xxxxx
xxx
GO
一次執行GO里邊的所有
⑻ go資料庫有哪些官網
go資料庫有sql2go官網。
用於將 sql 語句轉換為 golang 的 struct. 使用 ddl 語句即可。例如對於創建表的語句: show create table xxx. 將輸出的語句,直接粘貼進去就行。toml2go網。用於將編碼後的 toml 文本轉換問 golang 的 struct。
非關系型資料庫(NoSQL):
指的是分布式的、非關系型的、不保證遵循ACID原則的數據存儲系統。NoSQL資料庫技術與CAP理論、一致性哈希演算法有密切關系。所謂CAP理論,簡單來說就是一個分布式系統不可能滿足可用性、一致性與分區容錯性這三個要求。
一次性滿足兩種要求是該系統的上限。而一致性哈希演算法則指的是NoSQL資料庫在應用過程中,為滿足工作需求而在通常情況下產生的一種數據演算法,該演算法能有效解決工作方面的諸多問題但也存在弊端,即工作完成質量會隨著節點的變化而產生波動。
⑼ GO資料庫介紹(轉載)
類似於語義網路。是為了生物界有一個統一的數據交流語言。 因為在生物學界,存在在種種同名異義、異議同名的現象。為此產生了GO項目。
GO是用一套統一的詞彙表來描述生物學中的分子功能、生物過程和細胞成分。其思想大概過程:對於一個基因產品(蛋白質或RNA),用某些詞彙來描述它是干什麼的或位於細胞哪裡、或者參與了哪個生物過程,而這些詞彙就是來自GO的Term。
(1)提供生物學功能(術語)的邏輯結構及其相互之間的關系,表現為有向無環圖
(2)給特定的基因產物(蛋白質,非編碼RNA或大分子復合體,簡稱為'基因')起一個特定的名字(唯一標識該基因)
Gene Ontology(GO)中最基本的概念是term。GO裡面的每一個entry都有一個唯一的數字標記,形如GO:nnnnnnn,還有一個term名,比如"cell", "fibroblast growth factor receptor binding",或者"signal transction"。每個term都屬於一個ontology,總共有三個ontology,它們分別是
細胞成分:細胞的部分或其細胞外環境;
分子功能:基因產物在分子水平上的元素活性,例如結合或催化;
生物過程:具有確定開始和結束的分子事件的操作或集合,與綜合生活單元的功能有關
理由一:
在基因表達譜分析中,GO常用於提供基因功能分類標簽和基因功能研究的背景知識。利用GO的知識體系和結構特點,旨在發掘與基因差異表達現象關聯的單個特徵基因功能類或多個特徵功能類的組合。
根據GO的知識體系,使用「功能類」(或者叫做「功能模塊」)這一概念具有以下優點:我們認為,單個基因的表達情況的改變不足以反映特定功能/通路的整體變化情況。因為類似人類社會的組織結構,生物體的功能的實現決不僅僅是依靠一兩個基因功能的改變來實現的。因此過分著重單個基因表達變化,將會在後期結果處理中嚴重干擾對於結果的合理分析,導致偏倚性加大,而且是無法避免的。因此利用GO的結構體系,把參與同樣功能/通路的基因進行「功能類」層面的抽象和整合,提供比基因更高一層次的抽象結論,對理解疾病的發病機制或葯物的作用機理等更有幫助。
但是該方法也存在一定的不足,由於生物體內部的調控網路可能具有「scale-free network」的特點,個別功能重要的基因(主效基因)具有「Hub節點」的重要特性,它的功能改變可能對於整個網路來說是至關重要的,在這點上,這些重要的基因又具有一定的「自私獨裁」特點。而「功能類」之觀點模糊了這種差別特性,過於強調「共性」,而忽視了「個性」,這也是「功能類」的一個不足之處,這就需要結合相關的生物學知識才能夠實現
理由二:
GO(gene ontology)對大家而言也許會是一個相對陌生的名詞,但是它已經成為生物信息領域中一個極為重要的方法和工具,並正在逐步改變著我們對 biological data的組織和理解方式,它的存在已經大大加快了我們對所擁有的生物數據的整合和利用,我們應該逐步學會理解和掌握這種思想和工具。
眾所周知,sequence based biology中的核心內容即是對序列的Annotation(注釋),其中主要包含structural annotation和functional annotation,前者涉及分析sequence在genome中的locus以及exon,intron,promoter等的location,而後者則是推斷序列編碼產物的功能
隨著多種生物genome的相繼解碼,同時大量ESTs以及gene expression profile date的積累,使得annotation的工作量和復雜度大大增加。然而另一方面,大多數基因在不同真核生物中擁有共同的主要生物功能,通過在某些物種中獲得的基因或者蛋白質(shared protein)的生物學信息,可以用以解釋其他物種中對應的基因或蛋白(especially in comparative genomics)。由於這些繁復的功能信息主要是包含在積累的文獻之中,如何有效的提取和綜合這些信息就是我們面臨的核心困難,這也是GO所要著力解決的問題。通過建立一套具有動態形式的控制字集(controlled vocabulary),來解釋真核基因及蛋白在細胞內所扮演的角色,並隨著生命科學研究的進步,不斷積累和更新。一個ontology會被一個控制字集來描述並給予一定的名稱,通過制定「本體」ontologies並運用統計學方法及自然語言處理技術,可以實現知識管理的專家系統控制
總結:
Gene Ontology(GO)包含了基因參與的生物過程,所處的細胞位置,發揮的分子功能三方面功能信息,並將概念粗細不同的功能概念組織成DAG(有向無環圖)的結構。
Gene Ontology是一個使用有控制的詞彙表和嚴格定義的概念關系,以有向無環圖的形式統一表示各物種的基因功能分類體系,從而較全面地概括了基因的功能信息,糾正了傳統功能分類體系中常見的維度混淆問題。
在基因表達譜分析中,GO常用於提供基因功能分類標簽和基因功能研究的背景知識。利用GO的知識體系和結構特點,旨在發掘與基因差異表達現象關聯的單個特徵基因功能類或多個特徵功能類的組合。
原文: https://mp.weixin.qq.com/s/e4BkqkMt7L9ZS_KBuv2rvQ