GenBank資料庫
⑴ Genbank序列包含什麼
用戶可以通過NCBI（National Center for Biotechnology Information美國國家生物技術信息中心信息中心，隸屬於NLM－美國國家醫學圖書館）的主頁使用GenBank。GenBank的宗旨是鼓勵科研團體對DNA序列的獲取，從而促進資料庫中DNA序列的豐富和更新，所以NCBI對GenBank的數據使用與發送沒有任何限制。用戶可從GenBank主頁上下載Banklt（NCBI提供的WWW格式，用於便捷的提交DNA序列的數據）、sequin（NCBI的獨立於操作系統的提交軟體，可用於MAC、PC和UNIX平台，也可以通過FTP遠程獲取）以及VecScreen（帶菌污染物的篩選工具）等便於提交和更新研究成果的應用軟體。
其頁面上的簡單檢索界面提供19種相關檢索選項，分別是：PubMed、Protein（蛋白質）、Nucleotide（核苷）、Structure（結構）、Genome（基因組）、PMC、LocusLink、PopSet、OMIM、Taxonomy（分類學）、Books（圖書）、ProbeSet、3D Domains（三維區域）、UniSTS、Domains、SNP、Journals（期刊）、UniGene、NCBI Web Site（NCBI站點）。GenBank可以與DNA Star軟體結合使用，進行基因序列分析和比對。GenBank是一個開放獲取的序列資料庫，對所有公開可利用的核苷酸序列與其翻譯的蛋白質進行收集並注釋。 此資料庫是國際協作核酸序列資料庫（INSDC）的一部分，由美國國家生物技術信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）主管，NCBI為美國國立衛生研究院的下屬機構。GenBank和它的合作者從全球各個實驗室接收了超過百萬種生物的數據。Genbank庫包含了所有已知的核酸序列和蛋白質序列，以及與它們相關的文獻著作和生物學注釋。它的數據直接來源於測序工作者提交的序列、由測序中心提交的大量EST序列和其它測序數據、以及與其它數據機構協作交換數據而來。
Genbank每天都會與歐洲分子生物學實驗室（EMBL）的資料庫，和日本的DNA資料庫（DDBJ）交換數據，使這三個資料庫的數據同步。到1999年8月，Genbank中收集的序列數量達到460萬條，34億個鹼基，而且數據增長的速度還在不斷加快。Genbank的數據可以從NCBI的FTP伺服器上免費下載完整的庫，或下載積累的新數據。NCBI還提供廣泛的數據查詢、序列相似性搜索以及其它分析服務，用戶可以從NCBI的主頁上找到這些服務。
⑵ ncbi是什麼資料庫
NCBI是美國國家生物技術信息中心，建立於1988年。NCBI的初衷是為了給分子生物學家提供一個信息儲存和處理的系統，除了建有GenBank核酸序列資料庫之外，NCBI還可以提供眾多功能強大的數據檢索與分析工具。
NCBI是National Center for Biotechnology Information的縮寫，指美國國家生物技術信息中心，建立於1988年。NCBI的初衷是為了給分子生物學家提供一個信息儲存和處理的系統，除了建有GenBank核酸序列資料庫（該資料庫的數據資源來自全球幾大DNA資料庫，其中包括日本DNA資料庫DDBJ、歐洲分子生物學實驗室資料庫EMBL以及其它幾個知名科研機構）之外，NCBI還可以提供眾多功能強大的數據檢索與分析工具。
⑶ 向genbank提交數據的軟體有幾種,各有什麼的特點
兩種。
GenBank是由美國國立生物信息中心（NCBI）創建維護的核酸序列資料庫，在世界三大生物信息學資料庫中數據存儲量最大，應用最為廣泛.本研究採用文檔處理語言Perl，設計開發針對GenBank序列記錄檢索及處理軟體GenScalpel，這一應用對生物學實驗室是迫切的.利用正則表達式設計及E-utilities等技術，GenScalpel應用程序對GenBank序列格式（GBF）進行解析，實現的主要功能包括有序列數據在線檢索及本地獲取，特徵序列（集）類歸及提取，序列文件批處理等.GenScalpel應用程序具備友好的圖形用戶界面，並符合Entrez數據檢索系統最新介面標准，經測試，能夠穩定，高效地為生物學家提供工具應用。
⑷ genbank號是什麼
登錄號。GenBank是一個開放獲取的串列資料庫，對所有公開可利用的核苷酸串列與其翻譯的蛋白質襪旁進行收集並注釋，genbank號是登錄號，是序列申請時，系統分配的一個序列收錄號。GenBank是美國國家生物技告滲橡術信息中心建立的DNA序列資料庫，從公共資源中獲取序列數據，主要是科研人員直接提供或來源於大規模基因組測序計劃喊判。
⑸ 1.請談談如何在GenBank資料庫中下載文獻資料
1.打開GenBank資料庫，界面如下：
2.點擊Entrez，進入Entrez界面，界面如下：
3.在search across databases框中輸入要下載的資料名稱，如rbp4，得到下面的結果：
4.點擊第二個標簽，出現下面的結果：
5.點擊Full Text 就得到想要的文獻，如下：（這里只截取了一部分）
⑹ GenBank資料庫的介紹
GenBank 是一個有來自於70,000多種生物的核苷酸序列的資料庫。每條紀錄都有編碼區（CDS）特徵的注釋，還包括氨基酸的翻譯。GenBank屬於一個序列資料庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。
⑺ Genbank資料庫與EMBL資料庫格式的差異
一種特殊的文件格式！表示資料庫文件，foxbase,dbase,visual
foxpro,等資料庫處理系啟知汪統所產生的資料庫文件!
打開悄仔方式
dbf
viewer
pro
是一個用於
windows
下的
dbf
資料庫文件管理器。
可猛拆用foxpro打開
還可用excel進行打開
⑻ genbank多久公開
七天。根據查詢genbank使用方顯示，genbank七天公開，GenBank屬於一個序列資料庫悔裂巧的國際合作組織， 包括EMBL和DDBJ。 是 NIH遺傳序列碧鍵資料庫，一個源吵所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集。genebank登陸號一星期可以獲得，也就是七天。
⑼ DNA資料庫的GenBank
大型資料庫分成若乾子庫，有許多好處。首先，可以把資料庫查詢限定在某一特定部分，以便加快查詢速度。其次，基因組計劃快速測序得到的大量序列尚未加以注釋，將它們單獨分類，有利於資料庫查詢和搜索時「有的放矢」。GenBank將這些數據按高通量基因組序列(High Throughput Genomic Sequences，HTG)、表達序列標記(Expressed Sequence Tags，EST)、序列標記位點(Sequence Tagged Sites，STS)和基因組概覽序列(Genome Survey Sequences，GSS)單獨分類。盡管這些數據尚未加以注釋，它們依然是GenBank的重要組成部分。
可通過Entrez資料庫查詢系統對GenBank進行查詢。這個系統將核酸、蛋白質序列和基因圖譜、蛋白質結構資料庫整合在一起。此外，通過該系統的文獻摘要資料庫MEDLINE，可獲取有關序列的進一步信息。在萬維網上，進入NCBI的主頁，可以用BLAST程序對GenBank資料庫進行未知序列的同源性搜索(詳見第六章)。
完整的GenBank資料庫包括序列文件，索引文件以及其它有關文件。索引文件是根據資料庫中作者、參考文獻等子段建立的，用於資料庫查詢。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻譯而得到的蛋白質序列資料庫，其數據格式為FastA。GenBank曾以CD-ROM光碟的形式分發，價格比較便宜。隨著資料庫容量的增長，一套最新版的GenBank需要12張光碟存放，不僅生產成本很高，也不便於使用。現在，光碟分發的方式已經停止，可以通過網路下載GenBank資料庫。
GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本單位是序列條目，包括核甘酸鹼基排列順序和注釋兩部分。目前，許多生物信息資源中心通過計算機網路提供該資料庫文件。下面，我們介紹序列文件的結構。
序列文件由單個的序列條目組成。序列條目由欄位組成，每個欄位由關鍵字起始，後面為該欄位的具體說明。有些欄位又分若干次子欄位，以次關鍵字或特性表說明符開始。每個序列條目以雙斜杠「//」作結束標記。序列條目的格式非常重要，關鍵字從第一列開始，次關鍵字從第三列開始，特性表說明符從第五列開始。每個欄位可以佔一行，也可以占若干行。若一行中寫不下時，繼續行以空格開始。
序列條目的關鍵字包括代碼(LOCUS)，說明(DEFINITION)， 編號(ACCESSION)，核酸標識符(NID)，關鍵詞(KEYWORDS)，數據來源(SOURCE)，文獻(REFERENCE)，特性表(FEATURES)，鹼基組成(BASE COUNT)及鹼基排列順序(ORIGIN)。
代碼LOCUS是該序列條目的標記，或者說標識符，蘊涵這個序列的功能。例如，圖4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的環氧化酶cyclooxygenase。該欄位還包括其它相關內容，如序列長度、類型、種屬來源以及錄入日期等。說明欄位是有關這一序列的簡單描述，如本例為人環氧化酶-2的mRNA全序列。
序列代碼具有唯一性和永久性，如本例中代碼M90100用來表示上述人環氧化酶-2的mRNA序列，在文獻中引用這個序列時，應該以此代碼為准。核酸標識符NID對序列信息的當前版本提供？
關鍵詞欄位由該序列的提交者提供，包括該序列的基因產物以及其它相關信息，如本例中還氧化酶-2 (cyclooxygenase-2)，前列腺素合成酶(prostaglandin synthase)。 數據來源欄位說明該序列是從什麼生物體、什麼組織得到的，如本例中人臍帶血管(umbilical vein)。次關鍵字種屬(ORGANISM)指出該生物體的分類學地位，如本例人、真核生物等等。文獻欄位說明該序列中的相關文獻，包括作者(AUTHORS)，題目(TITLE)及雜志名(JOURNAL)等，以次關鍵詞列出。該欄位中還列出醫學文獻摘要資料庫MEDLINE的代碼。該代碼實際上是個網路鏈接指針，點擊它可以直接調用上述文獻摘要。一個序列可以有多篇文獻，以不同序號表示，並給出該序列中的哪一部分與文獻有關。
FEATURES是具有自己的一套結構，用來詳細描述序列特性的一個表格。在這個表格內，帶有『/db-xref/』標志的字元可以連接到其它資料庫內(本例，您看到的是一個分類資料庫(taxon 9606)，以及一個蛋白質資料庫(PID：g181254))；序列中各部分的位置都加以標明，5』非編碼區(1-97)，編碼區(98-1912)，3非編碼區(1913-3387)，多聚腺苷酸序列(3367-3374)，等等；蛋白質翻譯的信號肽及最終的多肽也都有所說明。這個例子不能說很全面，但已經足以說明特性表給出信息的詳細程度。
接下來是BASE COUNT記錄，計算出不同鹼基在整個序列中出現的次數(1010A，712個C，633個G，1032個T)。ORIGIN那一行，指出了序列第一個鹼基在基因組中可能的位置。最後，核酸的序列全部列出，並以//作為結尾。
⑽ genbank是二級資料庫嗎
genbank不是二級資料庫。根據查詢相關資料信息，飢模根據需要從一級資料庫中搜拿雀集對象的相關數據集合而成的就是二級資料庫.像genebank，EMBL這種都是不加選擇的一級資料庫，消肢早只要是實驗獲得的。