qsub無權調用編譯好的程序

『壹』 QSUB提交腳本的後綴

QSUB提交腳本的後綴是游覽器提交任務的命令編程。
qsub教程qsub教程PBS是公開源代碼的作業管理系統，在此環境下運行。
用戶不需要指定程序在哪些節點上運行，程序所需的硬體資源由PBS管理和分配。

『貳』 centos qsub命令怎麼安裝

這個命令是瀏覽網頁用的啊，定時執行程序linux不是沒有，就像windows的計劃任務一樣，linux更靈活。創建一個123.shell文件即shell腳本，內容如下 #shell 隔一小時執行php腳本 ->注釋 #用你php安裝文件下的bin里的php編譯工具 執行.php文件 /lamp

『叄』 一個比較龐大的程序，qsub提交，fortran中的dellocate不報錯，qstat看到還在運行，可輸出已經停了。

只是這兩句很難看出什麼，最好用F10跟蹤調試一下。

『肆』 在linux系統下意義程序 顯示qsub: file must be an ascii script 是什麼意思啊

應該是要求文件必須是美國信息互換標准代碼格式的腳本

『伍』 Lunix運行腳本、任務（sh、nohup、qsub）

產生日誌：

sh **.sh &> xx.log

不產生日誌：

sh **.sh > /dev/null 2>&1 &

nohup:no hang up 的縮寫，就是不掛斷的意思 。 

nohup命令：如果你正在運行一個進程，而且你覺得在退出帳戶時該進程還不會結束，那麼可以使用nohup命令。 該命令可以在你退出帳戶/關閉終端之後繼續運行相應的進程。 在預設情況下該作業的所有輸出都被重定向到一個名為nohup.out的文件中。

使用許可權：所有使用者

語法格式

nohup Command [ Arg … ] [& ]

參數說明：

Command ：要執行的命令。

Arg ：一些參數，可以指定輸出文件。

& ：讓命令在後台執行，終端退出後命令仍舊執行。

實例

以下命令在後台執行 root 目錄下的 runoob.sh 腳本：

nohup /root/runoob.sh &

在終端如果看到以下輸出說明運行成功：

appending output to nohup.out

這時我們打開 root 目錄 可以看到生成了 nohup.out 文件。

如果要停止運行，你需要使用以下命令查找到 nohup 運行腳本到 PID，然後使用 kill 命令來刪除：

ps -aux | grep "runoob.sh"

參數說明：

a  : 顯示所有程序

u  : 以用戶為主的格式來顯示

x  : 顯示所有程序，不區分終端機

另外也可以使用 ps -def | grep "runoob.sh" 命令來查找。

找到 PID 後，就可以使用 kill PID 來刪除。

kill -9  進程號PID

以下命令在後台執行 root 目錄下的 runoob.sh 腳本，並重定向輸入到 runoob.log 文件：

nohup /root/runoob.sh > runoob.log 2>&1 &

2>&1  解釋：將標准錯誤 2 重定向到標准輸出 &1 ，標准輸出 &1 再被重定向輸入到 runoob.log 文件中。

0 – stdin (standard input，標准輸入)

1 – stdout (standard output，標准輸出)

2 – stderr (standard error，標准錯誤輸出)

實時監測日誌輸出內容命令：tail

tail 命令是nohup命令的好搭檔。配合-f參數，可以實時監視向日誌文件增加的信息。

tail -f myout.log

tail -f 等同於–follow=descriptor，根據文件描述符進行追蹤，當文件改名或被刪除，追蹤停止

tail -F 等同於–follow=name --retry，根據文件名進行追蹤，並保持重試，即該文件被刪除或改名後，如果再次創建相同的文件名，會繼續追蹤

tailf 等同於tail -f -n 10，與tail -f不同的是，如果文件不增長，它不會去訪問磁碟文件，所以tailf特別適合那些便攜機上跟蹤日誌文件，因為它減少了磁碟訪問，可以省電。

監測程序是否在正常運行中：ps

ps命令也可以和nohup命令配合使用，用於顯示當前進程 (process) 的狀態。可以監視後台程序是否在正常運行中或者已經掛掉。

ps -ef|grep yourcommand           # -ef 參數顯示所有命令，連帶啟動時的命令行參數

qsub命令用來從登陸節點上向計算節點進行任務投遞。前提是在伺服器上有集群管理工具分配計算節點等。SGE(SGE, Sun Grid Engine）集群管理工具可以用來提交批處理作業，SGE支持單或多節點作業，它將用戶投遞的任務進行排隊，然後將任務交給能夠運行的結算節點執行，工作流程可以分為四步:接受用戶投放的任務；在任務運行以前，將任務放到一個存儲區域；發送任務到一個執行設備，並監控任務的運行；運行結束寫回結果並記錄運行日誌。

qsub [ options ] [ command | -- [ command_args ]]

1. -@ optionfile (contains all valid options)  就是把qsub命令的可選項組合成一定功能的語句，保存在一個文件中。  qsub -a optionfilename jobfilename  

2. -a date_time   設置作業什麼時候可以執行。   格式：CC YY MMDDHHMM.SS 如 201109272213.21   qsub -a 201109272213.21 ../simplejob

3. -A account_string  Identifies the account to which the resource consumption of the job should be charged   設置一個作業的賬戶名,便於統計該賬戶使用的資源等信息    qsub -A testaccountname jobname  

4. -ac 添加名/值對到作業上下文   -dc 刪除。。   -sc 設置（修改）。。   Contexts provide a way to dynamically attach and remove meta-     information to and from a job. The context variables are not     passed to the job's execution context in its environment     The outcome of the evaluation of all -ac, -dc, and -sc options     or corresponding values in qmon is passed to defined JSV     instances as parameter with the name -ac.  

5. -ar ar_id 分配已提交作業，作為它的一部分，給已存在預約。ar=advance reservation   qsub -ar 60 jobname   #ai_di = unsigned integer   

6.  -b y[es]|n[o]      Gives the user the possibility to indicate explicitly whether       command should be treated as binary or script.     

7. -binding 等待理解

8.  -c occasion_specifier（際符）  定義或者重定義作業是否要被檢查，if是，在什麼環境下。        n           no checkpoint is performed.               s           checkpoint when batch server is shut down.               m           checkpoint at minimum CPU interval.               x           checkpoint when job gets suspended.               <interval>  checkpoint in the specified time interval.   qsub -c n jobname

9. -C prefix_string 前綴字元串定義一個在作業命令中的指令     qsub -C "#$" ../simplejob   

10.  -ckpt ckpt_name 選擇檢查點環境來檢查一個作業，同時聲明這個作業是檢查點作業。      qsub -ckpt allanckpt ../simplejob    

11.  -clear 重置作業的所有元素為初始默認狀態    qsub -clear ../simplejob   

12.  -cwd =current working directory  從當前的目錄開始執行作業。如果有相應的配置文件的話，    這個命令將啟動網格引擎的路徑別名設備。    

13.  -dl date_time 設置作業在deadline之前執行完，格式為CC YYU MMDDHHMM.SS    qsub -dl 201101131159.01 ../simplejob

14.  -e [[hostname]:]path,...定義或重新定義作業的標准錯誤流使用的路徑 e=stderror

15.  -h | -h {u|s|o|n|U|O|S}... h=hold 暫停作業執行       'u' .........user hold.             `s'  denotes a system hold.               `o'  denotes a operator hold.               `n'  denotes no hold (requires manager privileges).               `U'  removes a user hold.               `S'  removes a system hold.               `O'  removes a operator hold.        qsub -h ../simplejob(qsub只能使用-h）

16.  -l resource=value,... l=launch 啟動滿足資源需求的作業    Launch the job in a Grid Engine queue meeting the given resource               request list.  In case of qalter the previous definition is               replaced by the specified one.    qsub -l s_core=5 ../simplejob

17.  -q wc_queue_list 定義或重定義可能用來執行作業的隊列，包括群聚隊列、隊列域、隊列實例。    qsub -q all.q ../simplejob

18.  -hard  表示該作業在安排執行之前，作業的資源需求必須滿足。    qsub -hard  ../simplejob

19.  -soft 表示該作業在安排執行之前，作業的資料需求可以有、但不必須有。    qsub -soft ../simplejob

20.  -help 獲取幫助    qsub -help

21.  -hold_jid   wc_job_listt 定義或重定義當前提交的作業對哪些作業有依賴，所依賴的作業使用通配符作業清單表示：wc_job_list    qsub -hold_jid 63926 ../simplejob

22.  -hold_jid_ad wc_job_list ad=array dependency list of the submitted job    定義或者重定義組作業依賴列表。    qsub -hold_jid_ad 1-1200

23.  -t n[-m[:s]]    指定組作業的數量，將指示器與作業關聯    qsub -t 1-1200 ../simplejob

24.  -i [[hostname]:]file,... 定義或重定義一個文件為作業的標准輸入流    qsub -i stdin job

25.  -j y[es]|n[o] 指定作業的標准錯誤流是否合並到標准輸出流，如果-j y 和-e都存在的話，SGE將忽略後者。    qsub -j y ../simplejob

qstat -f # 查看用戶任務

qstat -j jobId  # 按任務id查看

qstat -explain a|c|A|E -j jobID # 查看任務任務並給出解釋

qstat -u user  # 按用戶查看

qw: 表示等待狀態

hqw: 任務掛起等待中，待依賴的任務完成後執行

Eqw: 投遞任務出錯

r: 表示任務正在運行

s: 暫時掛起

dr: 節點掛了之後，刪除任務就會出現這個狀態，只有節點重啟之後，任務才會消失

qdel -j 1111  刪除任務號為1111的任務

qdel -u AAA  刪除AAA投遞的所有任務

歡迎大家交流心得~~~3QU!!!...........

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『陸』 我們來講解以下如何才能編寫並行程序，以及如何編譯運行

我們下面以C 語言為例。
具體語法規則可參看《高性能計算並行編程技術-MPI 並行程序設計》一書。
mpicc -o outfilename cpi.c
其中outfilename 為編譯後的輸出文件，cpi.c 為源代碼.
可將cpi.c 下載後上傳的自己目錄下編譯.
例如:mpicc -o cpi cpi.c
如沒有安裝OpenPBS 則:
mpirun -np 4 cpi
否則：(一般安裝了)
之後需寫一作業提交腳本.例如:submit 內容如下:
#PBS -l nodes=nodes number
#PBS -N jobname#PBS -j oecd /home/xmin/Project
/usr/local/bin/mpiexec cpi
其中 #PBS -l nodes=nodes number 為指定幾個節點計算.如: nodes=4
#PBS -N jobname 為用戶命名的提交作業名稱.如: #PBS -N xmin
#PBS -j oe 為結果和錯誤輸出同文件.如無此項則分別在兩個文件中.
cd /home/xmin/Project 編譯後的輸出文件所在路徑(從根目錄開始).
/usr/local/bin/mpiexec cpi 為mpiexec 所在路徑.
下面是完整例子:
#PBS -l nodes=4
#PBS -N xmin#PBS -j oecd /home/xmin/Project
/usr/local/bin/mpiexec cpi
提交腳本如下:
qsub submit得到如下:3565.isc.math.nankai.e.cn
此為你的作業編號.
這樣你就可得到類似xmin.o2666 的文件,打開即可看到結果.
你還可以查詢作業提交情況.命令如下:qstat

『柒』 怎麼寫qsub提交腳本來執行任務

這個命令是瀏覽網頁用的啊，定時執行程序Linux不是沒有，就像windows的計劃任務一樣，linux更靈活。創建一個123.shell文件即shell腳本，內容如下 #shell 隔一小時執行php腳本 ->注釋 #用你php安裝文件下的bin里的php編譯工具 執行.php文件 /lamp

『捌』 script is written in dos/windows text format怎麼解決

單擊開始菜單 - 運行 - regedit.exe

[HKEY_CLASSES_ROOT\lnkfile\shell\open\command]

右邊的"C:\\WINDOWS\\System32\\WScript.exe\"

2：如果再回到打開桌面圖標時出現：

「該文件沒有程序與之關聯來執行該操作，請在控制面板的文件夾選項中創建關聯」字樣時的解決方法為以下：需要修復注冊表，

復制以下全部代碼用記事本或者別的什麼東東另存為.reg導入就OK了~

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CLASSES_ROOT\.lnk]

@="lnkfile"

[HKEY_CLASSES_ROOT\.lnk\ShellEx]

[HKEY_CLASSES_ROOT\.lnk\ShellEx\{000214EE-0000-0000-C000-000000000046}]

@="{00021401-0000-0000-C000-000000000046}"

[HKEY_CLASSES_ROOT\.lnk\ShellEx\{000214F9-0000-0000-C000-000000000046}]

@="{00021401-0000-0000-C000-000000000046}"

[HKEY_CLASSES_ROOT\.lnk\ShellEx\{00021500-0000-0000-C000-000000000046}]

@="{00021401-0000-0000-C000-000000000046}"

[HKEY_CLASSES_ROOT\.lnk\ShellEx\{BB2E617C-0920-11d1-9A0B-00C04FC2D6C1}]

@="{00021401-0000-0000-C000-000000000046}"

下面為解決方法：
1：手動刪除以下注冊表文件即可: