perl腳本chmop

① perl腳本中的chomp函數，我有疑問

不是所有的到加chomp，當要去掉換行符號才加．
一般在數據處理時候加．

② perl腳本中怎麼樣執行linux命令

Linux下perl文件的執行
#! /usr/bin/perl
第一個「#」表示是這一行是注釋
第二個「!」表示這一行不是普通注釋，而是解釋器路徑的聲明行
後面的「/usr/bin/perl」是perl解釋器的安裝路徑，也有可能是：「/usr/local/bin/perl」，如果那個不行，就換這個。
這樣修改後，文件就是這個模樣：
#!/usr/bin/perl
#test.pl
print "test message! \n";
然後，給文件加上可執行的屬性：
$ chmod 755 test.pl 或者 $ chmod +x test.pl
這兩個命令用哪一個都可以。

現在執行吧： $ ./test.pl

③ ubuntu下怎麼運行perl

perl有兩種運行方式，比較常用的是以腳本的形式，還有一種就是在命令行下直接運行。
先說腳本形式
如果不會vi的話，你可以用圖形界面的文本編輯器，在ubuntu下新建一個文本文件，以pl作為後綴，這樣打開就可以以perl的形式高亮顯示了。然後在裡面輸入perl腳本程序，保存，chmod u+x test.pl，這樣可以使其成為可執行文件，在命令行下直接./test.pl就可以運行了。
要是想在命令行下直接運行perl語句，可以如下
例如 perl -e 'print "hello, world";'
列印hello，world
-e指示後面跟著的是perl語句。

你最好還是先找本入門的書系統的看看，自己摸索入門比較慢！

④ perl 、shell、python三種腳本語言那種好學、易用

perl、shell、python三種腳本語言的區別：

1、適用不同：shell是操作linux的基本，是必須學的。學shell就是學linux命令。perl有強大的正則表達式支持，對於文本處理非常強悍，玩linux不得不學。python作用一種面向對象的，能作為linux腳本的語言，學好之後能幫你很好地完成工作。

2、特點不同：Perl是一種能完成任務的語言。從一開始，Perl就設計成可以把簡單工作簡單化，同時又不失去處理困難問題能力的語言。它可以很容易操作數字，文本，文件和目錄，計算機和網路，特別是程序的語言。

這種語言應該很容易運行外部的程序並且掃描這些程序的輸出獲取感興趣的東西。而且它還應該很容易能把這些你感興趣的東西交給其它程序做特殊的處理。當然，這種語言還應該很容易在任何現代的操作系統上可以移植地編譯和運行。

shell提供了你與操作系統之間通訊的方式。這種通訊可以以交互方式（從鍵盤輸入，並且可以立即得到響應），或者以shellscript（非交互）方式執行。

shellscript是放在文件中的一串shell和操作系統命令，它們可以被重復使用。本質上，shellscript是命令行命令簡單的組合到一個文件裡面。Shell基本上是一個命令解釋器，類似於DOS下的command．com。

它接收用戶命令（如ls等），然後調用相應的應用程序。較為通用的shell有標準的Bourneshell（sh）和Cshell（csh）。

Python是一種代表簡單主義思想的語言。閱讀一個良好的Python程序就感覺像是在讀英語一樣，盡管這個英語的要求非常嚴格，Python的這種偽代碼本質是它最大的優點之一。它使你能夠專注於解決問題而不是去搞明白語言本身。

3、優點不同：perl，用作文本處理比較好，可以作為系統的輔助工具。shell，用作系統維護、操作等方面。python，功能強大，模塊多、跨平台能力好，完全面向對象，尤其適用做大型腳本程序的開發和快速開發。

(4)perl腳本chmop擴展閱讀：

erl比shell+sed+awk更強大，但學習兩者並不沖突，通常是學習shell做為腳本編程的入門基礎。而Python在應用領域則與前兩者有很大的差別，無太大的可比性。面向不同的任務，可以只需用到其中的一種，也可能三種都要用到，所以究竟該學誰不學誰，需要由面對的任務來決定。

總之，shell是基礎，其他是進階輔助。

Shell腳本通常都是以．sh為後綴名的，這個並不是說不帶．sh這個腳本就不能執行，只是大家的一個習慣而已。所以，以後你發現了．sh為後綴的文件那麼它一定會是一個shell腳本了。

test．sh中第一行一定是「＃！／bin／bash」它代表的意思是，該文件使用的是bash語法。如果不設置該行，那麼你的shell腳本就不能被執行。』＃』表示注釋。後面跟一些該腳本的相關注釋內容以及作者和創建日期或者版本等等。

⑤ perl的文件chmod變為x後怎麼還不能直接執行

樓主的意思是:perl cmd.pl?其實perl腳本跟python或者bash腳本一樣,只需要在腳本第一行指定命令解釋器即可,比如 #!/usr/bin/bash,換成perl腳本的話,那麼就是#!/usr/bin/perl,只要指明perl路徑,然後給perl腳本文件追加可執行許可權(chmod u+x cmd.pl),那麼之後該腳本的擁有者就可以通過 ./cmd.pl來執行.如果允許所有用戶可以執行那麼就修改許可權(chmod a+x cmd.pl)另外perl腳本也不一定一pl結尾,這個只是為了用戶區分方便而已,即便沒有後綴也是一樣的.希望樓主能夠受到啟發.

⑥ Day59-用Perl和Python腳本提取FASTA中最長轉錄本氨基酸序列

    這段時間因為一些不可描述的文章被整頓了，所以沒有做學習筆記。加上最近開學，亂七八糟的事情很多，目測要下個禮拜開始上課才能夠回歸正軌。
    最近做了一個事情就是，注釋出來的初始基因組pep文件會存在許多個轉錄本，很多冗餘的氨基酸序列，我們需要去除這些冗餘，取最長的那個轉錄本。
    對於序列只有一行的很容易可以用 grep 辦到，但是還是那個問題，fasta格式存在自動換行問題，所以我們最好還是寫腳本提取最長轉錄本比較穩妥，這里分享一下所用的腳本。
    原數據格式基本如下：

    我寫的Perl腳本修改了原文件格式和順序（哈希表的 sort 真是個謎），以後有時間我會考慮一下如何保留所有原格式輸出，暫時將就著用吧。

    另外同學依據我的需求也寫了一個對應功能的Python腳本，不得不承認Python v3.0的字典在保留原順序輸出方面的能力就很強，這個腳本幾乎對原文件沒有改動，很實用。有時間的話會對它進行全方位的注釋學習，希望自己能在Python腳本書寫能力上有所進步【狗頭苦笑】！

⑦ perl 正則表達式替換產生不換行

第一：chmop；這個做了處理，所以換行符沒了；
第二：約定俗成。

⑧ 求助perl程序

usestrict;
openINPUT,"<TestSample.txt"ordie"NoInputFile";#要處理的文件
openOUTPUT,">TestResult.txt"ordie"CannotopenTestResult.txt";#處理之後的結果文件
my$lastline;#用來保存上一行
while(<INPUT>)#逐行讀入
{
	(printOUTPUT$lastline)if(/^E012.+?200$/);#符合條件的,保存上一行在結果文件中.
	$lastline=$1."
"if(/E012(.+)$/);
}
closeINPUT;
closeOUTPUT;

⑨ perl 執行 perl 腳本

\x10 是二進制16，應該是你多了個字或是windows下直接復制到unix/linux下造成的。