ncbiftp

Ⅰ NCBI 的ftp速度太慢，可能是服務端限制了速度，如何加速

這個軟體有可能會幫助你 http://download.csdn.net/down/1103876/gtyi999 一般情況 只要管理員 才會 有 開放埠的許可權。一個伺服器如果系統防禦與防火牆都很好，用那些FTP的 加速軟體是根本不起效果的 不防向管理員申請埠帶寬。

Ⅱ 怎麼把 ftp 文件中的全部內容下載下來，我用的是ncbi。求幫助a

試試愛米雲共享網盤，快捷方式和隱藏文件這樣的都能下載。比ftp簡單好用的多，空間自己可以設定的。不用像ftp還得專門搭建伺服器，一鍵安裝就能用了，操作特別簡單。可以批量管理成員和許可權、數據自動備份、數據去重、給單個或多個用戶共享，版本控制挺多功能的。

Ⅲ 如何在NCBI上下載資料

這個問題涉及到NCBI的核心價值——數據共享。從NCBI創建之初她就是為用戶」下載「數據而存在。歷經近30年的發展，其提供的數據共享的方式也經歷了諸多的改變。下面以提供數據共享的技術方式來逐一陳述：
1 FTP
FTP是File Transfer Protocol(文件傳輸協議)的英文簡稱。在互聯網形成之初，非常重要的大文件傳輸格式。目前NCBI的大文件傳輸，甚至是整個NCBI網站的數據都可以用這種方式獲得。網址為ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/.不過要用好這些數據，你需要同時兼備生物學和計算機科學（基本）知識。
2 網頁
當然絕大多數生物學家並不需要進行批量數據分析，知識要找到與自己課題相關的數據。NCBI提供了基於網頁的查詢檢索系統。之所以稱之為系統是因為其中包含了NCBI所有提供服務的資料庫，該系統有一個統一的查詢界面，成為Entrez。其語法和規則在查詢不同資料庫是基本相似，知識需要簡單了解相應資料庫的特殊字元即可。例如，查詢GEO資料庫時，只查詢dataset數據可以使用[DataSet Type]關鍵字，但是該關鍵字在PUBMED並不適用。
3.web服務
web服務在生物信息學和計算機科學中的定義有很大差別，這里特製計算機科學中的web服務。NCBI基於entrez提供了web service服務，用戶在自己的程序中調用代碼獲取數據。主要是eUtils（http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/）。另外，NCBI也提供cgi的查詢服務。
4. 序列查詢服務
NCBI基於序列的檢索服務是其最具特色的數據檢索方式，最著名的就是BLAST。盡管後台演算法基於字元串的匹配，但是其引入了生物學知識（突變概率等）使其具有和其他搜索引擎如lucene不可比擬的效果。也是NCBI提供的主要服務之一。BLAST接受用戶一條或多條序列（PSI-BLAST），返回資料庫中與該序列相似的序列。該服務的用途廣泛。
5.其他
有些數據可以通過一些特殊的通道獲得。例如GEO資料庫，可以通過R包GEOquery獲得其數據。

（如有遺漏，敬請指教！）

Ⅳ 怎麼從從ncbi的ftp上下了windows的本地blast

This document describes the "BLAST" databases available on the NCBI
FTP site under the /blast/db directory. The direct URL is:
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db 本地BLAST資料庫下載地址
1. General Introction
NCBI BLAST home pages (http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/) use a standard
set of BLAST databases for Nucleotide, Protein, and Translated BLAST
searches. These databases are made available in the /blast/db directory as
compressed archives (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/) in pre-formatted
format.這些資料庫是已經預先進行過makeblastdb命令的，下載後可以直接使用
The FASTA databases reside under the /blast/db/FASTA directory.
The pre-formatted databases offer the following advantages:
* The pre-formatted databases are smaller in size and therefore are
faster to download;
* Sequences in FASTA format can be generated from the pre-formatted
databases by the fastacmd utility; 可以從這些資料庫文件中導出FASTA文件
* A convenient script (update_blastdb.pl) is available to download
the pre-formatted databases from the NCBI ftp site; 可用該腳本升級資料庫
* Pre-formatting removes the need to run formatdb; 無需再運行建庫命令行
* Taxonomy ids are available for each database entry.
Pre-formatted databases must be downloaded using the update_blastdb.pl
script or via FTP in binary mode. Documentation for the update_blastdb.pl
script can be obtained by running the script without any arguments (perl is
required). 下載資料庫時，需要用到perl腳本update_blastdb.pl，或使用FTP下載工具
The compressed files downloaded must be inflated with gzip or other decompress
tools. The BLAST database files can then be extracted out of the resulting
tar file using tar program on Unix/Linux or WinZip and StuffIt Expander
on Windows and Macintosh platforms, respectively.下載的資料庫為壓縮包，要解壓縮
Large databases are formatted in multiple 1 Gigabytes volumes, which
are named using the database.##.tar.gz convention. All relevant volumes
are required. An alias file is provided so that the database can be called
using the alias name without the extension (.nal or .pal). For example,
to call est database, simply use "-d est" option in the commandline
(without the quotes). 大的資料庫通常分為多個壓縮包，例如nr庫有11個壓縮包。所有的相關壓縮包
都要下載，解壓。解壓縮會生成對應的庫文件，同時生成一個nr.pal文件。檢索nr庫時輸入-d nr 即可。
Certain databases are subsets of a larger parental database. For those
databases, alias and mask files, rather than actual databases, are provided.
The mask file needs the parent database to function properly. The parent
databases should be generated on the same day as the mask file. For
example, to use swissprot pre-formatted database, swissprot.tar.gz, one
will need to get the nr.tar.gz with the same date stamp. 有些資料庫是大資料庫
的子集，使用這些子集資料庫時，必須同時下載其（相同日期的）大資料庫
Additional BLAST databases that are not provided in pre-formatted
formats are available in the FASTA subdirectory. 有些BLAST資料庫沒有提供預先建庫
的文件，這些資料庫可以從FASTA文件夾里下載 For genomic BLAST
databases, please check the genomes ftp directory at:
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/ 在這里下載基因組BLAST資料庫

2. Contents of the /blast/db/ directory
The pre-formatted BLAST databases are archived in this directory. The
name of these databases and their contents are listed below.
資料庫名稱 資料庫內容
+----------------------+-----------------------------------------------+
|File Name | Content Description |
+----------------------+-----------------------------------------------+
/FASTA | subdirectory for FASTA formatted sequences
存放FASTA格式序列的子文件夾

README | README for this subdirectory (this file)
env_nr.*tar.gz | Environmental protein sequences 環境蛋白序列
env_nt.*tar.gz | Environmental nucleotide sequences 環境核苷酸序列
est.*tar.gz | volumes of the formatted est database
| from the EST division of GenBank, EMBL,
| and DDBJ. EST資料庫

Ⅳ NCBI ftp伺服器中怎麼找到某物種的蛋白信息（比如protein_protein interaction,sublocation,geneID)的匯總

難道不能直接從蛋白庫里找么

Ⅵ ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/M_musculus/這個怎麼只能看不能下載啊

只要是文件夾的圖標一直往裡面點，遇到.gz
後綴的再點一下就彈出下載框了

Ⅶ wget如何下載一個NCBI網站目錄下的全部文件,

wget -r -c -nH ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/series/GSE10145/

在-nH後加--cut-dirs=3 (ftp地址後的目錄層數)就ok了!

Ⅷ 如何在ncbi的genebank下載人來基因組序列

這三種版本的序列釋放的時間不一樣，另外，是由不同的組織公布的。
GRCh37.p2這個版本的是由Genome Reference Consortium與2010年7月公布的，
HuRef這個版本是由 J Craig Venter Institute 於2007年5月公布的，
Celera這個版本的是由Celera公司與2001年11月公布的，
這三個版本序列有差異，但是都是人類一號染色體的基因序列，都是可以參考的，GRCh37.p2這個版本的最新，也許最詳細。

Each file is named according to the abbreviation for the species,
whether the assembly is the reference assembly (_ref_) or an alternate
assembly (_alt_), the assembly name, and either the chromosome label
or the scaffold group (unlocalized, unplaced, or alts). 每個文件的命名參考以下：物種的簡寫；_ref_代表參考組裝序列或_alt_代表備選組裝序列；組裝序列名稱；以及染色體序號或框架群(unlocalized, unplaced, or alts).

Ⅸ 使用filezilla連接NCBI FTP伺服器失敗，求助

你好，ftp出現不能下載上傳或者連接不上或者讀取列表失敗的情況，多半跟本地網路或者使用不同的ftp軟體差異有關系，你可以嘗試以下幾種方法解決。1，更換ftp軟體的連接模式，一般有被動模式和主動模式，更換一下試試。2，更換一下軟體，建議用Fl...

Ⅹ NCBI和EBI的FTP允許多線程下載嗎

看一下NCBI的FTP幫助
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/README.ftp

有的話應該有提到

In ncftp command line utility the buffer size can be changed via "set
so-bufsize" command.

Example, download from st-va colo to be-md:

ncftp / > set so-bufsize 0

ncftp / > get -z large /dev/null
/dev/null: 1.00 GB 21.27 MB/s

ncftp / > set so-bufsize 33554432

ncftp / > get -z large /dev/null
/dev/null: 1.00 GB 52.70 MB/s

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