geo數據上傳

『壹』 如何將rna-seq的數據提交到ncbi中geo

其實很簡單，
1.首先建立一個meta file，即包含實驗信息的文件
2.將測序的fastq（*.fq或*.fastq）文件准備好，此為原始數據（必須）。
3.將每個fastq文件處理後（去接頭，合並相同序列）的序列整理為SEQ
COUNT兩列的文件即可，此為處理後數據（應該也是必須）
4.將這些文件壓縮為文件包（zip或RAR），命名為:賬戶名(你的GEO賬戶名).rar
5.上傳至ftp://geo:[email protected]/fasp，因為文件較大，推薦使用flashXP；除非網路好，超快。
6.寫一份郵件給GEO的網管：[email protected]，說明你的數據已經上傳，讓其盡快發布，
我寫的例子：
Dear
Sir,
We would like to submit our Illumina Genome Analyzer results to your GEO
web site.
We have upload our data file zmyang_files.rar to ftp://geo:[email protected]/fasp under the
GEO account user name xxx.

xxx.rar includes:
Illumina meta file:

GEO_Illumina_metadata.xls
processed data
files:
x.txt
y.txt
z.txt
raw data files in fastq
format:
x.fq
y.fq
z.fq
We want to release our data ASAP.
Thanks.

該流程我已重復n次，親自手寫流程，保證可靠。
實際該流程在GEO網站是有個大概的，但是所言含糊，需分析邏輯而後得其詳。 轉載