真菌資料庫

發布時間: 2022-11-08 01:05:09

⑴ 真菌培養及簽定+真菌葯敏試驗

培養，采樣後在常規的酵母用培養基如PDA中培養，加適量鏈黴素抑制細菌生長。培養出的微生物最簡單鑒定方法有兩個，一個是用試劑盒鑒定，基於培養特徵和資料庫進行鑒定。另外就是基於PCR的特徵片段後的核酸分子鑒定。葯敏實驗，培養出來後加各種葯物，這個有標准方法。

⑵ mycologia是什麼啊不是翻譯的啊是一個文獻性質類的資料庫跟真菌相關的

根據構詞翻譯：
mycologia（名詞陰性）→真菌學

mycologia（名詞陰性該單詞去性屬區分後等效於英語中的mycology）→myco-logia→真菌學
myco-（前綴詞源是古希臘語單詞μύκης）→真菌
μύκης（古希臘語單數陽性主格）→蘑菇；真菌類；蘑菇形狀的物體
-logia（拉丁語派生後綴名詞性抽象性陰性）→...學
詞綴轉化過程：
-logia（拉丁語派生後綴名詞性抽象性陰性主格）
→-logia（拉丁語族派生後綴名詞性抽象性陰性有詞尾母音式）（如：義大利語）
→-logie（拉丁語族派生後綴名詞性抽象性陰性無詞尾母音式）（如：法語）
→-logy（英語派生後綴名詞性抽象性 ie轉化為y）

-ia/-ie（拉丁語族派生後綴名詞性抽象性陰性）
-a（拉丁語族屈折結尾陰性詞尾非重讀母音）

⑶ 中國數字植物標本館的資料庫

1．標本信息
提供成員單位標本館所完成的數字化標本信息，包括一般標本及模式標本。每份標本信息包括標簽信息及圖像信息，前者包括標本採集人、採集日期、地點、生境與海拔以及鑒定信息和標本存放地點（標本館）等。
目前在CVH網上能查詢到中科院系統13家標本館標本，共計二百八十五萬份（筆）標本信息及一百五十五萬張標本圖像，缺乏圖像的記錄已在首頁予以標明。
網上模式標本6500份，僅包括中科院植物所標本館館藏的模式標本，包括裸子植物、毛茛科、蕁麻科、山茶科、殼斗科等類群。信息均經過核實，還附有發表新種的原始文獻（PDF格式）以及高解析度標本圖像。
分布式標本信息檢索系統：目前CVH的標本信息是通過集中式實現共享查詢的,其主要缺陷是更新周期長，存儲壓力大。我們正在試驗的分布式標本信息查詢系統已有5家標本館（稱CVH分館）參與，共有100多萬份標本信息實現實時更新，並由成員單位通過FTP自主管理其分館，有效地發揮成員單位的積極性。
2．《中國植物志》資料庫
包括全套《中國植物志》79卷（除第一卷外）125冊圖書的PDF文件，可通過科名和植物名稱（學名、中名）查詢到志書文字及圖版。最近完成的檢索文件復核補充工作使資料庫更全面准確地反映植物志的內容，除正名(accepted name)外，討論部分的學名也可查到。資料庫記錄數：45000餘條。
3．彩色圖庫
上傳到CVH網站上的植物彩色照片共計五萬余張，屬於269科5700種，為近年來眾多志願者自野外拍攝所得，范圍涉及在全國34個省（區、市）的野生植物。下階段將逐步建立彩圖鑒定專家系統，以提高照片鑒定準確性。
至此，用戶輸入學名或中名可關聯性查詢到標本、植物志及彩色圖片三大資料庫，這也是CVH的主要資料庫。
4．其他相關資料庫
為方便用戶使用標本信息,「中國數字植物標本館」網站還提供其他大量相關的（植物學）資料庫，如標本採集地名與標本館數據、分類研究人員及其研究論文題錄等。這些資料庫或源自實際工作經驗的總結、或直接轉自權威工具書並經過專家審核。
1）《中國高等植物圖鑒》資料庫
為該書全套五冊正編及兩冊補編共7本書的全文檢索。可通過科名和植物名稱（學名及中名）查詢到書中正文文字及圖畫。資料庫記錄數：9057條。
2）地方植物志及其統一查詢
提供12套地方誌的數字化文擋（PDF文件），可通過統一關聯查詢任何1-12種植物志信息，包括西藏、秦嶺、遼寧、貴州、浙江、海南等省（區/市）及地區植物志。下階段計劃實現《中國植物志》與地方植物志的關聯查詢。資料庫記錄數：47112條。
3）「三種主要志書屬名資料庫」
提供查詢中國維管植物屬名在《中國植物志》、《中國高等植物圖鑒》和FLORA OF CHINA中的位子，包括卷冊及頁碼。這三套志書（圖鑒）是目前研究中國植物的主要參考書。該資料庫的復核工作已於最近完成，增加了新近出版 FLORA OF CHINA卷冊內容，並修改（修訂）數百條記錄，使數據更准確全面。資料庫記錄數：3504條。
4）植物名稱及分布資料庫
通過該庫可以快速查詢到中國種子植物名稱及分布信息（到省級）等簡單信息。資料主要來源於《中國植物志》和已出版的Flora of China，可以認為是《中國植物志》的名錄修訂。目前資料庫記錄數：34056條。
5）模式標本名錄及其原始文獻資料庫
該資料庫以收集中國原生植物（Native plant）名稱模式標本及其發表原始文獻資料為宗旨，無論其模式標本採集地及保藏地在國內或國外、該名稱何時於何種刊物發表都盡量予以收錄。每條記錄包括植物名稱（學名、中名）、發表刊物，模式標本採集地點和生境、年代及標本採集人和採集號，以及標本存放地點（標本館）。大部分資料以外文形式出現。資料庫資料來源於國內外多種書刊，其中標本館代碼依 Holmgren et al.1990. Index Herbariorum和傅立國等1993《中國植物標本館索引》(中國科技出版社)。縮寫代號HT: Holotype, IT: Isotype, T: Type。目前資料庫記錄數：30705條
6）植物名稱作者（命名人）資料庫
據統計，至今為止，中國植物命名作者多達五千餘人，其中命名兩個及兩個以上名稱的有近3500人。本資料庫就是基於這3500人的資料建立的，每條記錄包括作者全名及標准縮寫、工作/出生/生卒年代、專長類群等。中國作者(共919條目)還附有中文名及工作單位。本資料庫依據國內外多種書刊資料編輯而成，其中人名拼寫標准主要依據Brummitt & Powell 1992, Authors of Plant Names。類群代碼為：A：藻類；B：苔蘚；C：孢子植物；F：化石植物；M：真菌和地衣；P：蕨類；S：種子植物。目前資料庫記錄數：3481條。
7）中國植物分類學文獻要覽（1949-1990）
一般地，查詢20世紀50年代以前中國植物學文獻時可查詢E.D.Merrill & E.H.Walker 《東亞植物學文獻目錄》（1938）及其補編（1960），90年代以後資料的查詢則多利用各種網路資源。本資料庫填補了50年代至90年代之間的空白，它主要涵蓋中國大陸學者1949-1990年間發表的植物系統學文獻，內容包括作者姓名、論著題目及發表書刊等。本庫資料主要來源於《中國植物系統學文獻要覽》(陳心啟等1993，廣東科技出版社)。目前資料庫記錄數：6879條
8）標本採集地新舊地名對照資料庫
在我國，二十世紀初以前標本採集地的名稱，現今常有改變而不再使用。在這種情形下，很有必要通過對舊時和現在地圖的核對及參考相關採集資料，來製作新舊地名對照表，建立新舊地名資料庫，包括舊地名的經緯度數據，以供標本查詢及分類學研究之用。我們根據中國植物分類學家研究經驗，總結出包括11個省（市）2000多條採集地新舊地名對照記錄。每個舊地名盡可能包括其舊外文名、位置（經緯度），並標明該地名在現今縣級行政區的名稱、國家標准代碼和經緯度。目前資料庫記錄數：2048條
9）中國植物標本館資料庫
本資料庫信息基本於《中國植物標本館索引》(傅立國等，1993)一書，共收錄全國300餘家標本館，並於最近對其中幾十家主要標本館信息進行了更新。每家標本館信息包括標本館名稱和地址、聯系人及聯系方法，館藏特色及收藏目標，以及主要研究人員信息等。
5．植物鑒定指南性資料
本部分資料庫包括互動式檢索表（又稱電子檢索表）和植物形態術語圖說等，目的是為用戶提供從植物特徵識別和標本鑒定，到上述的標本及圖像比對，一直到物種形態特徵描述和國內分布等一站式服務。
1）電子檢索表
這是一種互動的計算機程序，使用者不斷地向這個程序里輸入標本或活植物的性狀，那些不具有這些性狀的分類群將被排除掉，直到只剩下一個分類單元。它是系統植物學、生物編目與保護的一種非常好的鑒定工具。本檢索表提供檢索中國種子植物270餘個科的電子路徑。
2）科屬詞典資料庫
該庫轉接自成員單位網站，其信息來自侯寬昭主編、吳德鄰等人修訂的《中國種子植物科屬詞典》（第二版），共收集我國種子植物276科，3109屬，重點描述我國種子植物的科、屬形態、地理分布、屬種統計、主要經濟用途等。該書是我國植物學專業書籍銷量最大的圖書。其電子詞典製作的目的是為了方便用戶對植物多樣性學信息的獲取。
3）「植物鑒定和描述形態術語圖解」資料庫
包括種子植物形態術語1133條，涵蓋了植物鑒定和描述所使用的絕大部分術語，涉及根、莖、葉、花、花序、果實等植物器官。每個條目包括中、英文術語及其中英文釋義四部分內容。選詞標准規范，釋義准確、簡明扼要，大部分術語還配有一至多幅精美的線描圖（共1297幅），圖畫特徵明顯，對於讀者理解術語的含義大有裨益。本庫資料主要來源於Harris & Harris 1994, Plant Identification Terminology ：An Illustrated Glossary (王宇飛等人譯，2001. 科學出版社)一書。
4）「國家重點保護野生植物名錄(第一、二批）」資料庫
第一批名錄已於一九九九年發布執行，第二批名錄經數年討論仍未正式發布，但已基本擬定，故一並列出，供用戶參考。兩個名錄共計約1900種（其中蘭科植物約佔2/3）。該庫可查詢到植物名稱（中名、學名）、科名、批次及保護等級、國內分布（到省級）、海拔高度等信息。
6．科普及孢子植物欄目（分館）
1）苔蘚植物分館和蕨類植物分館
兩者均分列中國植物名錄、植物志、名詞解釋、植物照片、專家介紹及學科通訊等相關資料，利於專門用戶查訪。
2）科普分館
主要是基於植物物種多樣性開發的科學普及常識。其中「標本館常規技術」和「常用葯用植物」兩個欄目是我們特地為「中國數字植物標本館」所編寫的。前者包括「標本採集和壓制」、「標本裝訂」、「用檢索表鑒定植物」和「植物名稱知識介紹」等標本館常用的專業技術；後者則選錄了全國范圍內常葯用植物百餘種加於介紹。每種內容包括名稱、來源、原植物形態特徵及功能主治等。每種植物還配有一幅精美的彩色圖畫。
此外「中國數字植物標本館」還辟有「網站建設介紹」、「信息反饋」和「相關網站」等欄目，其宗旨是為用戶提供全面而便捷的信息服務。

⑷ 微生物數碼分類鑒定資料庫中，每個條目代表

正確答案:A
解析：微生物數碼分類鑒定技術採用標准化、商品化和配套的生化反應試劑條（板），可將細菌鑒定到屬、群、種和亞種或生物型
。微生物數碼分類鑒定資料庫由許多細菌條目組成，每個條目代表一個細菌種或一個細菌生物型
。

⑸ 有沒有介紹查找物種的網站資料庫，能把界門綱目科屬種都列出來的

柱也被稱為姬一般
植物王國被子植物門，雙子葉植物，康乃馨仙人掌，施諸子類圓柱形仙人掌多肉植物

⑹ 你好，請問怎麼在NCBI下載全基因組序列或者有別的地方可以下載我主要是想下載真菌基因組序列

GenBank同二樓說的，還有DDBJ、EMLB，是世界三大核酸資料庫，三者各有優缺點，如果要完整菌種的序列，你可以將三者結合使用，希望幫到你。

⑺ 「地球生物全系列——從單細胞到人類」真菌界概述（四）

真菌界概述（四）

許多真菌的結構都是微觀的，而主要宏觀的結構如子實體又非常柔軟且容易分解，因此與動植物相比，真菌的化石記錄相當稀少，且真菌化石很難與其他微生物的化石分別，除非有現生真菌與化石物種外型相似才較容易分辨。真菌的化石常與動植物的一起出現，通常經過薄切面後，使用光學顯微鏡或透射電子顯微鏡檢視觀察，研究壓紋化石（英語：Compression fossil）時則會使用酸性溶液將化石周圍的基質溶解，再使用光學顯微鏡或掃描電子顯微鏡觀察表面的詳細構造。

最早具有典型真菌特徵的化石可追溯至24億年前的古元古代，是棲息於海底的生物，具有可能可以互相接合的菌絲狀構造。另有研究比較相關生物類群的演化速率，以分子時鍾（英語：Molecular clock）推測真菌應該在7-10億年前出現。古生代時許多真菌都是水生的，且像現生的壺菌一樣具有鞭毛，但也有部分真菌在寒武紀時就開始往陸地生長，較陸生植物的出現早上許多。隨後真菌演化出許多陸地生活所需的特徵，包括寄生、腐生、菌根與地衣等與其他生物的交互作用。2009年的一篇研究顯示子囊菌門的共祖便是腐生的，隨後多次在不同類群中，獨立演化出地衣的生長型態。有奧陶紀的真菌化石出現菌絲、孢子等特徵，和現生的球囊菌門真菌相當類似，當時陸生植物仍只有許多類似現生苔蘚的種類，尚不具有維管束。原杉藻是一種重要的真菌化石，出現於志留紀晚期，並可能是當時陸地上高度最高的生物。泥盆紀早期真菌化石的種類開始變多，且特徵較更早化石典型許多，對其是否屬於真菌爭議漸漸減少，許多壺菌門與接合菌門的化石在萊尼燧石層（英語：Rhynie chert）中被發現。擔子菌門與子囊菌門也差不多在此時出現，到石炭紀的賓夕法尼亞世，多數現生真菌的綱都已經出現了。

形態類似地衣的化石最早在5-6億年前的陡山沱（英語：Doushantuo Formation）地層中就出現了，地衣是早期陸域生態系的重要成員，最早確定為地衣的化石出現於4億年前，約與最早的子實體化石同期。具有與現生擔子菌扣子體相似結構的化石也出現於石炭紀賓夕法尼亞世的地層，與一株蕨類的化石一起出現。同擔子菌亞綱的真菌化石則相對較少，兩枚保存於琥珀中的標本顯示白堊紀晚期（9000萬年前）已有外型類似菇類的真菌出現。

二疊紀－三疊紀滅絕事件之後不久，真菌化石大量出現（P-T fungal spike），孢子也大量出現在岩層中，顯示真菌當時是相當占優勢的生物，這個時期的化石幾乎全部都是真菌化石，但也有研究反對這項理論，認為此一爆發並沒有發生在世界所有地區，某些地區發現的真菌化石爆發和滅絕事件時間不完全吻合，且不易區分這些孢子是來自真菌或藻類。

6550萬年前，許多動植物在白堊紀－第三紀滅絕事件中滅絕，緊接著真菌再度大量出現，可能是世界各地森林大面積毀滅後，為真菌提供腐生生長的環境造成。而真菌的拓殖甚至可能助長了哺乳類在新生代的繁盛，因為哺乳類相對於其他脊椎動物，對真菌感染的抗性特別大。

真菌學在傳統上常被劃歸在植物學的范疇中，但真菌其實與動物的親緣更為接近。分類學家根據分子系統發生學的分析，將廣義的真菌與動物（菌物總界與動物總界）共同組為稱為後鞭毛生物的單系群，而真菌界本身也是一個單系群。真菌的分類經常有所變動，特別是DNA定序技術普及後，越來越多研究比較不同真菌間的DNA序列，不斷提出新的分類觀點。許多傳統上以形態或交配實驗所做出的分類系統受到相當大的挑戰。

目前真菌較高層級的分類系統仍有很大爭議，新理論不斷被提出，各個分類階層的名稱均常有變動。且同一種真菌還可能在生活史的不同階段，例如無性與有性世代擁有數種不同的學名，使真菌分類更加復雜。目前有Index Fungorum與ITIS等資料庫記錄了所有現生真菌的名稱（包含舊分類系統下的同物異名在內），許多分類學家也正努力建立更一致的命名系統。

2007年，在數十位真菌學家與分類學家通力研究之下，誕生了一套新的真菌分類系統，其中子囊菌門與擔子菌門共同組成雙核亞界，是真菌中多樣性最高的類群，包含絕大多數蕈類、植物病原菌以及用於食品工業的真菌，而傳統分類系統中的壺菌門與接合菌門都被認為是並系群而有所調整，芽枝霉門與新美鞭菌門從壺菌門中分出，成為兩個獨立的門，接合菌門則被分拆成球囊菌門與毛霉亞門、蟲霉亞門（英語：entomophthoromycotina）、梳霉亞門和捕蟲霉亞門（英語：Zoopagomycotina）等四個亞門。2018年，Tedersoo等人又發表了新的真菌分類系統，將真菌細分至十八個門。

隨著分子系統發生學的問世，以DNA序列為基礎的分類方式漸漸取代傳統分類系統，微孢子蟲等許多在五界說被歸屬於原生生物的微生物被發現與真菌的親緣關系較近，而被歸入真菌界中。隱真菌門的物種是土壤與水中的微生物，它們缺乏細胞壁，可以像動物般以吞噬作用取得養分，DNA序列分析顯示它們與微孢子蟲關系非常密切，後者可能是隱真菌門中一個特別深的演化支，兩者共同構成其他真菌的姊妹群，也被劃入真菌界中。另外核形蟲與泉生蟲（英語：Fonticula）也與真菌的親緣關系接近，兩者構成包含隱真菌門在內所有真菌的姊妹群，也有研究者將它們劃入真菌界，但因兩者缺乏許多真菌共有的特徵，生活型態也與真菌差異較大，Terdersoo等人2018年發表的分類系統選擇將它們獨立成一個界：核形蟲界（Nucleariae）。核形蟲界雖不屬於真菌界，但因與真菌親緣關系密切，是廣義的真菌：真菌總界的成員。

2007年的分類系統將真菌分為微孢子蟲門、壺菌門、芽枝霉門、新美鞭菌門、子囊菌門、擔子菌門以及原屬接合菌門的球囊菌門與毛霉亞門、蟲霉亞門（英語：Entomophthorales）、梳霉亞門和捕蟲霉亞門（英語：Zoopagomycotina）等四個亞門。2018年Tedersoo等人發表的分類系統則總共將真菌分為九大類群，共計十八個門。包括隱真菌門、Aphelidiomycota（英語：Aphelidiomycota）、芽枝霉門、壺菌門、單毛壺菌門（英語：Monoblepharomycota）、新美鞭菌門、油壺菌門（英語：Olpidiomycota）、蛙糞霉門（英語：Basidiobolomycota）、捕蟲霉門（英語：Zoopagomycota）、梳霉門（英語：Kickxellomycota）、蟲霉門、Calcarisporiellomycota（英語：Calcarisporiellomycota）、毛霉門、被孢霉門（英語：Mortierellomycota）、球囊菌門、根腫黑粉菌門（英語：Entorrhizomycota）、子囊菌門與擔子菌門。此次分類所作出較大的改動包括認定微孢子蟲屬於隱真菌門、將壺菌門進一步分拆、將蛙糞霉從蟲黴菌中獨立成一門、將毛霉門進一步分拆等。

微孢子蟲是一種單細胞生物，在動物細胞內行絕對寄生，因為基因組與胞器都高度退化，一度被認為是原始的真核生物。不過DNA序列分析顯示微孢子蟲屬於真菌，而且是所有其他真菌的姊妹群，是真菌演化上最早分支的演化支。近期還有研究認為微孢子蟲與隱真菌門關系密切。

壺菌與現在已獨立出去的新美鞭菌門、單毛壺菌門（英語：Monoblepharomycota）、芽枝霉門，以及新加入真菌界的隱真菌門與Aphelidiomycota等類群具有動孢子（英語：zoospore），動孢子具有鞭毛而可以在水中移動，因此壺菌早期曾被歸為原生動物，後來rDNA序列分析顯示壺菌屬於真菌，而且也是真菌演化上較早分支的類群。

芽枝霉門以前認為是壺菌的一支，不過新研究顯示芽枝霉門不屬於壺菌，且可能是雙核亞界與原屬接合菌門的所有真菌的姊妹群，在演化上比壺菌晚分支出去。芽枝霉門多為腐生，以分解有機質為生，其成員可寄生於許多真核生物。與壺菌不同的是芽枝霉門的生活史存在世代交替。

新美鞭菌門也曾被認為是壺菌的一支，其成員是厭氧生物，棲息於大型草食動物的消化系統中，它們缺乏線粒體，但有線粒體衍生而成的氫酶體（英語：hydrogenosome）。新美鞭菌門的動孢子也具有鞭毛，還有些種類具有多根鞭毛。

過去屬於接合菌門的生物現在被分拆成數個不同的門，這些真菌包括會造成麵包發霉的黑根霉、可用來製作豆腐乳的毛霉與根毛霉（英語：Rhizomucor）。球囊菌門的真菌會侵入植物的根部，與植物形成叢枝菌根（英語：arbuscular mycorrhizae），可幫助植物吸收土壤中的水分與無機鹽，叢枝菌根在演化上出現的時間相當早，最早可追溯至四億年前，這種互利共生可能對陸生植物早期在陸地的適應非常重要。球囊菌門過去屬於接合菌門，2001年首次被提升到門的地位。

子囊菌門是真菌中種類最多的類群，它們可經由減數分裂，在子囊中產生子囊孢子。子囊菌門的真菌包含羊肚菌、松露、多數酵母菌（念珠菌、釀酒酵母、克魯維酵母（英語：Kluyveromyces）與畢赤酵母（英語：畢赤酵母））以及某些蕈類，生活型態包括腐生、寄生或與藻類或藍綠菌形成互利共生的地衣。子囊菌門的重要成員還有麴黴屬、青黴菌、麥角菌與鐮孢菌屬等。有一些子囊菌只有觀察到無性生殖，沒有觀察到有性世代的紀錄，但分子序列分析足以顯示其分類屬於子囊菌門。也因為其減數分裂的產物子囊孢子會留在子囊中，而不會馬上散播出去，子囊菌門的真菌（粉色麵包黴菌）曾是遺傳學研究的重要工具。

擔子菌門真菌的菌絲特化出稱為擔子的桿狀構造，以進行減數分裂產生擔孢子。多數蕈類都屬於擔子菌門，另外擔子菌門還包括銹菌與黑粉菌等重要的植物病原菌、存在於人類皮膚上的馬拉色菌屬以及可造成機會性感染的新型隱球菌。

因為形態與生活史的相似，黏菌、卵菌與絲壺菌（英語：Hyphochytriomycetes）都曾被認為是真菌界的生物，卵菌、絲壺菌與部分屬於「Phytomyxea」的黏菌，曾與壺菌共同組成真菌界下的鞭毛菌亞門（英語：Mastigomycotina），更早以前還有藻菌（英語：Phycomycetes）、裸菌（英語：Gymnomycota）等分類單元。這些生物現在都已經證實不屬於真菌，真菌的細胞壁是由幾丁質組成，不含有纖維素，卵菌的細胞壁則是纖維素組成的，絲壺菌的細胞壁兼有幾丁質與細胞壁，多數黏菌生活史中的多數階段則是沒有細胞壁的，而是以吞噬作用取得養分，不像真菌、卵菌與絲壺菌是以滲透營養（英語：osmotrophy）的方式，以擴散作用從胞外吸收養分，唯一的例外是網狀黏菌（英語：Labyrinthulomycetes），這種黏菌具有細胞壁，且也是使用滲透營養的方式獲得養份。現在的分類系統中，卵菌、絲壺菌與網狀黏菌同屬SAR超類群，黏菌則包含屬於變形蟲界、有孔蟲界、古蟲界的物種，與真菌的親緣關系都相當遠，它們相似的外型與生活史只是趨同演化的結果。另外有一種黏菌稱為泉生蟲（英語：Fonticula），與真菌、動物同屬後鞭毛生物，且與核形蟲共同組成現生真菌的姊妹群，與現生真菌關系非常密切。不過關於這些生物的研究有時仍被視為真菌學的范疇，出現在真菌學的課本與論文中。

外毛菌目（英語：Eccrinales）、變形毛菌目（英語：Amoebidiales）、魚孢菌（英語：Ichthyophonus）與珊瑚壺菌（英語：Corallochytrium）原本歸屬接合菌門，後來發現它們屬於動物總界，與現生動物的關系更為密切，與真菌相似的外型也是趨同演化的結果。芽囊原蟲（英語：Blastocystis）與曾被認為是一種酵母菌，Ellobiopsis曾被認為是一種壺菌，兩者現在都歸屬於SAR超類群。

歷史上放線菌也曾因可以形成菌絲狀的構造而被歸為真菌，但很早就被發現屬於細菌，不是真核生物。

子囊菌門（Ascomycota）

擔子菌門 (Basidiomycota)

芽枝霉門(Blastocladiomycota)

壺菌門(Chytridiomycota)

球囊菌門 (Glomeromycota)

微孢子蟲門（Microsporidia）

新麗鞭毛菌門（Neocallimastigomycota）

接合菌門 (Zygomycota)

蟲霉門（Entomophthoromycota）

毛霉門（Mucoromycota）

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