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ncbi下載資料庫

發布時間: 2022-12-06 04:36:36

Ⅰ 怎樣在NCBI上下載物種的MC1R基因序列

打開ncbi網頁,在最上面的搜索框旁邊的下拉條選擇nucleotide,輸入MC1R(有時候需要寫全稱比較准),點擊「search".然後可以看到搜索到的網頁的右上角有:Top Organisms [Tree],再點擊那個」Tree",可以看到分類群的各種不同種屬的數據。點哪個種屬的就可以得到那個種屬的ncbi所有數據,再打開相應的各個result,就可以看到該物種的基因序列。

Ⅱ 如何從ncbi上下載database

因此NCBI 的分類學資料庫不是一個系統發育或分類學的「專家資料庫」(Wheeler et al., 2000)。 獲取序列所對應的分類學信息有兩種方法。 一種方法,從NCBI 網站下載gi與taxid 對應表,在Taxonomy 資料庫的ftp 地址下載。這個目錄下有多個壓縮文件,其中針對Windows 操作系統的兩個針對蛋白質序列和核苷酸序列的壓縮文件分別是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。這兩個文件都只有兩列,左邊為gi 號,右邊為Taxid。由於這些文件非常大,因此用瀏覽器來打開這些文件幾乎是不可能的。隨著時間的推移,這兩個文件會越來越大,不過速度不會是指數增長的,並且在美國東部時間的每個星期一2:00 am NCBI 會對其進行更新。 對於Windows 用戶還有一個文件稱為taxmp.zip 文件。文件解壓縮後包括1 個*.prt 文件和6 個*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密碼子表,與同目錄的gc.prt 聯合使用;merged.dmp 是保存有合並的taxid 號的對應表;nodes.dmp 是結點信息;division.dmp 是較大的幾個分類;names.dmp 結點名稱信息,每個id 對應多行。這些數據被Phylogenie 軟體包中的blammer 程序用於構建進化樹。 利用ftp 地址的連接利用Http 或ftp 方式將文件下載到本地,通過本地程序或腳本搜索文本,來建立gi 號與Taxid 之間的聯系(圖)。這種方法比較適合於在線服務的Web 形式的程序,通過在本地不斷地及時更新程序就可以完成這項工作。 第二種方法是對Taxonomy 資料庫進行API 分析。

Ⅲ ncbi是什麼資料庫

NCBI是美國國家生物技術信息中心,建立於1988年。NCBI的初衷是為了給分子生物學家提供一個信息儲存和處理的系統,除了建有GenBank核酸序列資料庫之外,NCBI還可以提供眾多功能強大的數據檢索與分析工具。

NCBI是National Center for Biotechnology Information的縮寫,指美國國家生物技術信息中心,建立於1988年。NCBI的初衷是為了給分子生物學家提供一個信息儲存和處理的系統,除了建有GenBank核酸序列資料庫(該資料庫的數據資源來自全球幾大DNA資料庫,其中包括日本DNA資料庫DDBJ、歐洲分子生物學實驗室資料庫EMBL以及其它幾個知名科研機構)之外,NCBI還可以提供眾多功能強大的數據檢索與分析工具。

Ⅳ 怎樣使用NCBI搜索並下載基因序列

工具/材料

NCBI官網

  • 01

    首先,我們打開NCBI官網頁面,在頁面上方搜索框中,選擇要下載的基因序列類別,這里我們需要選擇「Nucleotide」選項。

  • 02

    接下來,我們就需要輸入具體的名稱了,這里我輸入的是Kinase,代表一種酶,然後點擊「search」按鈕,即可出現搜索結果。

  • 03

    點擊進入所需要的搜索結果,在頁面中左側,點擊「FASTA」按鈕。

  • 04

    在接下來打開的頁面右側,點擊「Send to」選項,然後選擇「File」,點擊「Creat File」按鈕。

  • 05

    最後,我們即可調用瀏覽器下載該基因序列文件了,選擇好文件存儲位置之後,點擊「下載」按鈕。

Ⅳ 怎麼從從ncbi的ftp上下了windows的本地blast

This document describes the "BLAST" databases available on the NCBI
FTP site under the /blast/db directory. The direct URL is:
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db 本地BLAST資料庫下載地址
1. General Introction
NCBI BLAST home pages (http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/) use a standard
set of BLAST databases for Nucleotide, Protein, and Translated BLAST
searches. These databases are made available in the /blast/db directory as
compressed archives (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/) in pre-formatted
format.這些資料庫是已經預先進行過makeblastdb命令的,下載後可以直接使用
The FASTA databases reside under the /blast/db/FASTA directory.
The pre-formatted databases offer the following advantages:
* The pre-formatted databases are smaller in size and therefore are
faster to download;
* Sequences in FASTA format can be generated from the pre-formatted
databases by the fastacmd utility; 可以從這些資料庫文件中導出FASTA文件
* A convenient script (update_blastdb.pl) is available to download
the pre-formatted databases from the NCBI ftp site; 可用該腳本升級資料庫
* Pre-formatting removes the need to run formatdb; 無需再運行建庫命令行
* Taxonomy ids are available for each database entry.
Pre-formatted databases must be downloaded using the update_blastdb.pl
script or via FTP in binary mode. Documentation for the update_blastdb.pl
script can be obtained by running the script without any arguments (perl is
required). 下載資料庫時,需要用到perl腳本update_blastdb.pl,或使用FTP下載工具
The compressed files downloaded must be inflated with gzip or other decompress
tools. The BLAST database files can then be extracted out of the resulting
tar file using tar program on Unix/Linux or WinZip and StuffIt Expander
on Windows and Macintosh platforms, respectively.下載的資料庫為壓縮包,要解壓縮
Large databases are formatted in multiple 1 Gigabytes volumes, which
are named using the database.##.tar.gz convention. All relevant volumes
are required. An alias file is provided so that the database can be called
using the alias name without the extension (.nal or .pal). For example,
to call est database, simply use "-d est" option in the commandline
(without the quotes). 大的資料庫通常分為多個壓縮包,例如nr庫有11個壓縮包。所有的相關壓縮包
都要下載,解壓。解壓縮會生成對應的庫文件,同時生成一個nr.pal文件。檢索nr庫時輸入-d nr 即可。
Certain databases are subsets of a larger parental database. For those
databases, alias and mask files, rather than actual databases, are provided.
The mask file needs the parent database to function properly. The parent
databases should be generated on the same day as the mask file. For
example, to use swissprot pre-formatted database, swissprot.tar.gz, one
will need to get the nr.tar.gz with the same date stamp. 有些資料庫是大資料庫
的子集,使用這些子集資料庫時,必須同時下載其(相同日期的)大資料庫
Additional BLAST databases that are not provided in pre-formatted
formats are available in the FASTA subdirectory. 有些BLAST資料庫沒有提供預先建庫
的文件,這些資料庫可以從FASTA文件夾里下載 For genomic BLAST
databases, please check the genomes ftp directory at:
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/ 在這里下載基因組BLAST資料庫

2. Contents of the /blast/db/ directory
The pre-formatted BLAST databases are archived in this directory. The
name of these databases and their contents are listed below.
資料庫名稱 資料庫內容
+----------------------+-----------------------------------------------+
|File Name | Content Description |
+----------------------+-----------------------------------------------+
/FASTA | subdirectory for FASTA formatted sequences
存放FASTA格式序列的子文件夾

README | README for this subdirectory (this file)
env_nr.*tar.gz | Environmental protein sequences 環境蛋白序列
env_nt.*tar.gz | Environmental nucleotide sequences 環境核苷酸序列
est.*tar.gz | volumes of the formatted est database
| from the EST division of GenBank, EMBL,
| and DDBJ. EST資料庫

Ⅵ ncbi怎麼下載文獻

ncbi怎麼下載文獻:1、打開NCBI網站。2、在搜索框左邊選擇PubMed,在搜索框輸入關鍵字或文章名稱,進行搜索。

(6)ncbi下載資料庫擴展閱讀

1、打開NCBI網站。2、在搜索框左邊選擇PubMed,在搜索框輸入關鍵字或文章名稱,進行搜索。3、選擇並點開想要的文章。4、找到右上角的`Full text links,點擊下面的文章來源鏈接。5、找到Download PDF,點開它。6、在打開的文章頁面,點擊滑鼠右鍵,另存為到電腦上。

Ⅶ NCBI的supporting information怎麼下載

NCBI的supporting information下載流程如下:

NCBI是美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information)的英文縮寫,具有文獻檢索和下載的功能。那麼NCBI如何下載文獻呢?下面作者給大家演示一下詳細的操作流程。

  1. 打開瀏覽器,在搜索欄中輸入「NCBI」,點擊「網路一下」進行搜索,然後在匹配到結果中,進入「NCBI」官網。

  2. 進入NCBI」官網後,點擊左上角的下拉菜單,選擇「PubMed」選項。

  3. 在搜索欄中輸入需要查詢的文獻,作者這里檢索的為「aquaculture(水產養殖)」,然後點擊「search」按鈕進行搜索。

  4. 點擊需要下載的文獻。

  5. 進入文獻界面後,點擊右側的「PMC full text free」選項。

  6. 點擊「PMC full text free」選項後,系統自動跳轉至文獻的界面,然後點擊右上角的「PDF(786K)」選項。

  7. 在新彈出的界面中,點擊右上角的「↓」按鈕,下載文獻。

  8. 確定文獻下載的地址和名稱後,點擊「下載」按鈕。

  9. 文獻下載完成後,點擊「打開」按鈕。

  10. 文獻下載成功,且顯示正常。

Ⅷ NCBI如何下載蛋白質的核酸序列

首先登錄NCBI網站,選取下拉條中的Nucleotide,輸入你想要搜索的內容,找到目標內容後,單擊打開,題目下方的一行就是編號;若想要下載核酸序列,點擊右上角的sent to→Complete Record→File→FASTA,就能下載全部的序列,若是想下載其中一段序列,可對准你想要的序列右擊,在新標簽頁打開,然後步驟同上;若是想要下載氨基酸序列,通常每個核酸序列translation里都包含氨基酸序列,也可以點擊裡面的protein id,打開就是了。

Ⅸ 如何在NCBI上下載資料

這個問題涉及到NCBI的核心價值——數據共享。從NCBI創建之初她就是為用戶」下載「數據而存在。歷經近30年的發展,其提供的數據共享的方式也經歷了諸多的改變。下面以提供數據共享的技術方式來逐一陳述:
1 FTP
FTP是File Transfer Protocol(文件傳輸協議)的英文簡稱。在互聯網形成之初,非常重要的大文件傳輸格式。目前NCBI的大文件傳輸,甚至是整個NCBI網站的數據都可以用這種方式獲得。網址為ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/.不過要用好這些數據,你需要同時兼備生物學和計算機科學(基本)知識。
2 網頁
當然絕大多數生物學家並不需要進行批量數據分析,知識要找到與自己課題相關的數據。NCBI提供了基於網頁的查詢檢索系統。之所以稱之為系統是因為其中包含了NCBI所有提供服務的資料庫,該系統有一個統一的查詢界面,成為Entrez。其語法和規則在查詢不同資料庫是基本相似,知識需要簡單了解相應資料庫的特殊字元即可。例如,查詢GEO資料庫時,只查詢dataset數據可以使用[DataSet Type]關鍵字,但是該關鍵字在PUBMED並不適用。
3.web服務
web服務在生物信息學和計算機科學中的定義有很大差別,這里特製計算機科學中的web服務。NCBI基於entrez提供了web service服務,用戶在自己的程序中調用代碼獲取數據。主要是eUtils(http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/)。另外,NCBI也提供cgi的查詢服務。
4. 序列查詢服務
NCBI基於序列的檢索服務是其最具特色的數據檢索方式,最著名的就是BLAST。盡管後台演算法基於字元串的匹配,但是其引入了生物學知識(突變概率等)使其具有和其他搜索引擎如lucene不可比擬的效果。也是NCBI提供的主要服務之一。BLAST接受用戶一條或多條序列(PSI-BLAST),返回資料庫中與該序列相似的序列。該服務的用途廣泛。
5.其他
有些數據可以通過一些特殊的通道獲得。例如GEO資料庫,可以通過R包GEOquery獲得其數據。

(如有遺漏,敬請指教!)

Ⅹ 誰知道怎樣在NCBI中找資料庫

NCBI 分類學資料庫(taxonomy database)不是分類學或系統發育信息的信息源(primary source),而且也沒有自己的一套完整的分類學系統,相反它只是努力整合各種各樣來源的系統發育和分類學的知識,包括發表的文獻、基於網路的資料庫、序列提交者的建議以及來自NCBI 外部的分類學專家。因此NCBI 的分類學資料庫不是一個系統發育或分類學的「專家資料庫」(Wheeler et al., 2000)。
獲取序列所對應的分類學信息有兩種方法。
一種方法,從NCBI 網站下載gi與taxid 對應表,在Taxonomy 資料庫的FTP 地址下載。這個目錄下有多個壓縮文件,其中針對Windows 操作系統的兩個針對蛋白質序列和核苷酸序列的壓縮文件分別是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。這兩個文件都只有兩列,左邊為gi 號,右邊為Taxid。由於這些文件非常大,因此用瀏覽器來打開這些文件幾乎是不可能的。隨著時間的推移,這兩個文件會越來越大,不過速度不會是指數增長的,並且在美國東部時間的每個星期一2:00 am NCBI 會對其進行更新。
對於Windows 用戶還有一個文件稱為taxmp.zip 文件。文件解壓縮後包括1 個*.prt 文件和6 個*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密碼子表,與同目錄的gc.prt 聯合使用;merged.dmp 是保存有合並的taxid 號的對應表;nodes.dmp 是結點信息;division.dmp 是較大的幾個分類;names.dmp 結點名稱信息,每個id 對應多行。這些數據被Phylogenie 軟體包中的blammer 程序用於構建進化樹。
利用ftp 地址的連接利用Http 或ftp 方式將文件下載到本地,通過本地程序或腳本搜索文本,來建立gi 號與Taxid 之間的聯系(圖)。這種方法比較適合於在線服務的Web 形式的程序,通過在本地不斷地及時更新程序就可以完成這項工作。
第二種方法是對Taxonomy 資料庫進行API 分析。NCBI 用來保存Taxonomy信息的資料庫名稱為TAXON。

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