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轉錄組資料庫

發布時間: 2023-05-30 09:43:46

『壹』 轉錄組測序所得的數據,怎樣傳到NCBI的SRA資料庫

Unigene其實沒有一個標準的定義。大體的概念是經過去冗餘之後得到的基因序列,這條序列和其他的余哪行序列是非冗餘的,也就是理論上其他序列都和此序列代表豎嘩的不是同一個基因。或者是經過聚類後得到的不同的類,類和類之間是非冗餘的,每個類可以認為唯一的代表一個基因。不同的去冗餘和聚類的方法得到的結果都可以稱為unigene。

另外NCBI上也有Unigene的概念緩型,是NCBI用自己的方法對序列進行聚類,它認為每一個類都唯一的代表一個基因,並賦予一個編號:物種名字.數字,比如小麥的一個例子:Ta.191,這也是較常用的Unigene.

『貳』 鹽脅迫下不同甘薯品種的轉錄組測序分析屬於哪個領域

菜單

2.3.5 引物設計 目的基因的挑選和引物設計基於 NCBI資料庫中已發表的甘薯核苷序列和已發表的甘薯轉錄組資料庫。待測目的基因包括離子平衡調控有關的基因和氮代謝調控過程有關的基因。與離子平衡調控相關的目的基因包括液泡膜Na+/H+逆向轉運蛋白(NHX1)、質膜 H+-ATPase (pHA1)、質膜 Na+/H+逆向轉運蛋白(SOS1)、液泡H+焦磷酸酶(VP1)、液泡H+-ATPase c3 亞基(VHA-c3)、類 CLC-c液泡膜Cl-轉運體 (CLC-c)的基因;與氮代謝塵明調控衡帶過程相關的基因的基因包括線粒體F1-ATPase α亞基(ATP1)、硝酸根轉運體1.1 (咐兄蘆NRT1.1)、硝酸還原酶(NR2)、
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『叄』 轉錄組數據在論文里要放什麼序列

轉錄組數或敏謹拿搏據在論文里要放的序列有:原始序列、清洗後的序列、拼接後的序列。
1、衫基原始序列:包括測序平台產生的原始序列數據,可以存放在公共資料庫中,如NCBISRA,ENA等。需要提供測序的ID號、庫名、測序平台、測序長度等信息。
2、清洗後的序列:清洗後的序列文件,包括去除接頭序列、低質量序列、低復雜度序列等處理的結果。需要提供序列清洗的方法、參數、清洗後的序列長度、數量等信息。
3、拼接後的序列:使用拼接工具對原始序列進行拼接,需要提供拼接後的序列文件,包括拼接率、平均長度、N50等統計信息。

『肆』 轉錄組原始數據包括什麼

轉錄組原始數據包括遞交原始序列。

轉錄組有兩部分數據要遞交,首先是拼接的轉錄組序列,一春鄭般遞交到tsa上,另一個是fastq的原始測序數據,一般遞交到sra上。前兩年還有論文只提交tsa不遞交原始數據,目前發表的論文基本都要提交。這也是便於其他人可以完全重復你的實驗和數基雹據分析的必要要求。

簡介

GSA(Genome Sequence Archive)是一個存儲基因組、轉錄組以及其他Omics原始序列數據的數扒鋒頌據庫。GSA允許用戶創建、上傳並存儲序列數據。GSA提供對項目信息(BioProject)、樣本信息(BioSample)、實驗信息(Experiment)以及測序數據的有效組織與管理。

『伍』 數據集能挑選一部分生信嗎

是的,數扒蘆磨據集可以挑選一部分生信數據進行分析。在生物信息學中,數據集通常包括大量的生物學數據,如基因組序列、轉錄組數據、蛋白質組數據等。春斗這些數據集可能包含大量的冗餘信息,或者可能與我們的研究問題無關。因此,為了更好地分析生信數據,需要對數據集進行篩選和挑選。
一種常見的數據挑選方法是基於實驗設計或研究問題的需求,選擇與問題相關的數據進行分析。例如,在研究某種疾病的基因表達調控機制時,可以選擇與該疾病相關的轉錄組數據進行分析,而過濾掉與該疾病無關的數據。此外,還可以使用統計學方法,如主成分分析、聚類分析等方法,對數據嘩肢集進行篩選和挑選,以提取最具代表性的數據集。
總之,數據集可以根據研究問題的需求進行篩選和挑選,以提高生信數據的分析效率和精度。

『陸』 轉錄組測序所得的數據,怎樣傳到NCBI的SRA資料庫

xshell連接NCBI伺服器 輸入命令 ftp

連接成功後輸入賬號 密碼
mkdir命令創建一個文件夾,以你的BioProject accession命名

FTP 連接成功後連接成功後
進入剛才建立的BioProject文件夾
把原始數據拖進去即可

傳輸過程中,如果一定時間(五分鍾?)沒有激活傳輸界面,可能會導致連接斷開
進度可能會一直停在99%,重新連接成功後,也一直卡在99%,不過似乎數據還是上傳成功了的
傳輸成功的會顯示linked,同時FTP里對應的文件會消失 傳輸成功的會顯示linked,同時FTP里對應的文件會消失
全部文件夾都傳輸成功了會變成queued
然後就等NCBI處理了

『柒』 經轉錄組資料庫blast的score和e值是什麼意思

我都是根據 Query coverage ,其實排在前面的幾個要麼就是你Blast的那個核苷酸序列,要麼是這個序列的全長或染色體上的DNA序列。你看看前或賣幾個位置的野衫Description,就可以確定你的菌屬於哪一個衫脊逗了。

『捌』 癌細胞全部轉錄本有那些庫可以查,TERRA轉錄本可以查到么

癌細胞全部轉錄氏襪滾本的資料庫有很多,如TCGA (The Cancer Genome Atlas)、CCLE (Cancer Cell Line Encyclopedia)、HGMD (Human Gene Mutation Database) 等。這些資料庫都整合了大殲餘量的癌症組織和細胞系的轉錄組測序數據,提供了基因表達水平、突變情況、染色體重排、分子亞型等信息,可以為癌症研究和治療提供參考。
至於TERRA轉錄本是否能被查詢到,則取決於所使用的資料庫。
舉例來說,TCGA資料庫中包含了 TERRA 轉錄本的表達信息,可以通過 TCGA 數據門戶網站進行檢索與下載。而其它一好遲些資料庫可能沒有包含 TERRA 的信息,需要具體查詢。

『玖』 轉錄組資料庫哪裡可以找到

在NCBI找到。
1、首先確認原始數據的登錄號,然後用登錄號在晌沒NCBI進行全文搜索衡薯。
2、點擊進入之後,點擊「PRJDB11982」宴攔納或「DRP007499」,可查看轉錄組資料庫的文獻。

『拾』 轉錄組原始數據提交SRA資料庫

在第鄭吵侍4步BIOSAMPLE TYPE 選擇Model organism or animal

在喊吵第5步BIOSAMPLE ATTRIBUTES需要注意,每個樣本的所有屬性不能與其他任何一個樣本的屬性完全一致,否則會出現報錯。

使用ascp上傳數據
ascp安裝碰宴及添加到環境變數見: Windows安裝Aspera和sratoolkit - (jianshu.com)
當然,不添加到環境變數也可以,需要每次使用前,使用cd命令切換到ascp的安裝目錄。

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