g03源碼
A. linux gaussian怎麼安裝linda
一、 背景介紹
Gaussian是目前計算化學領域內最流行、應用范圍最廣的商業化量子化學計算程序包。它最早是由美國卡內基梅隆大學的約翰·波普（John A Pople, 1998年諾貝爾化學獎）在60年度末、70年代初主導開發的。其名稱來自於該軟體中所使用的高斯型基組。最初，Gaussian的著作權屬於約翰·波普供職的卡內基梅隆大學；1986年，約翰·波普進入美國西北大學後，其版權由Gaussian,Inc.公司所持有。Gaussian軟體的出現降低了量子化學計算的門檻，使得從頭計算方法可以廣泛使用，從而極大地推動了其在方法學上的進展。
到目前為止，Gaussian已經推出了12個版本，包括Gaussian70、Gaussian76、Gaussian80、Gaussian82、Gaussian86、Gaussian88、Gaussian90、Gaussian92、Gaussian92/DFT、Gaussian94、Gaussian98、Gaussian03等，其版本數字也是該版本發布的年份。其中，每個版本發布後，還陸續發布了一些這些版本的修訂版。目前最新的版本是Gaussian03 Revision D.01/D.02。
Gaussian程序是用FORTRAN語言編寫的，它從量子力學的基本原理出發，可計算能量、分子結構、分子體系的振動頻率以及大量從這些基本計算方法中導出的分子性質。它能用於研究不同條件下的分子和反應，包括穩定的粒子和實驗上難以觀測的化合物，例如瞬時的反應中間物和過渡結構。
Gaussian的並行模式是採用OpenMP來實現的。OPENMP的並行實現是針對共享內存的機器的，實現方法簡單。因此Gaussian在共享內存的機器上，能獲得很好的性能。對於跨節點的計算，Gaussian使用TCP Linda軟體來實現。TCP Linda是一個虛擬共享內存的並行執行環境，它可以把一個通過網路連接的分布式內存的機群或工作站虛擬成共享內存環境，從而使像Gaussian這樣的用OPENMP實現並行的程序能夠在分布式內存的機器上運行。
二、 軟體的安裝設置
1、將壓縮包解開
# tar zxf OPT-900N.taz //g03 E01以上版本支持上海處理器 （可以查看文件日期在2007年以後的）
2、准備環境變數文件g03.sh
放入g03源代碼目錄，如/home/users/mjhe/g03/
#cat g03.sh
g03root="/home/users/mjhe"
GAUSS_SCRDIR="/scratch"
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
3、准備運行腳本
放入算例目錄，如g03test
> cat g03.pbs
###########################################################################
# Script for submitting parallel Gaussian 03 jobs to Dawning cluster.
# Lines that begin with #PBS are PBS directives (not comments).
# True comments begin with "# " (i,e., # followed by a space).
###########################################################################
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N gaussian
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=8
##PBS -l walltime=860:00:00
#PBS -V
##PBS -q middle
#############################################################################
# -S: shell the job will run under
# -o: name of the queue error filename
# -j: merges stdout and stderr to the same file
# -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
# -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################
INFILE=$file
# Define variable "jobname".
jobname=`echo $INFILE | awk -F. '{printf $1}'`
username=`whoami`
# Define the location where Gaussian was installed and run a setup script, g03.profile.
g03root="/data/users/ceszhcy/"
GAUSS_SCRDIR="/state/partition1/tmp/"
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
# Make a directory in scr and .com and .g03 file to there.
GAUSS_RUNDIR=${GAUSS_SCRDIR}/${username}.${PBS_JOBID}
if [ ! -a $GAUSS_RUNDIR ]; then
echo "Scratch directory $GAUSS_RUNDIR created."
mkdir -p $GAUSS_RUNDIR
fi
cp $PBS_O_WORKDIR/${jobname}.* $GAUSS_RUNDIR
ORIG_PBS_O_WORKDIR=${PBS_O_WORKDIR}
cd $PBS_O_WORKDIR
# Setup for Gaussian 03:
# =======================
# Make a scratch directory if it doesn't already exist.
GAUSS_SCRDIR=${GAUSS_SCRDIR}/${username}.${PBS_JOBID}/${jobname}
if [ ! -a $GAUSS_SCRDIR ]; then
echo "Scratch directory $GAUSS_SCRDIR created."
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
fi
export GAUSS_SCRDIR
echo "Using $GAUSS_SCRDIR for temporary Gaussian 03 files."
# Define node list
cat $PBS_NODEFILE|uniq > $GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes
NODE_NUM=`cat $PBS_NODEFILE|uniq |wc -l`
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
nodes=`cat $PBS_NODEFILE |uniq| awk '{printf("%s,",$1)}'`
sharecpu=`expr $NP / $NODE_NUM`
G03_NODEFILE="$GAUSS_SCRDIR/tsnet.nodes"
GAUSS_LFLAGS=" -mp 2 -nodefile $G03_NODEFILE"
export GAUSS_LFLAGS
echo pbs nodefile:
cat $G03_NODEFILE
#Run a Gaussian command file, water03.com, redirecting output to a file, water03.log
cd $GAUSS_RUNDIR
echo "%NProcShared=$sharecpu" > ${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
if [ $NODE_NUM -ne 1 ];
then
echo "%LindaWorker=$nodes" >> ${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
fi
grep -v nproc $INFILE |grep -v NProcShared |grep -v LindaWorker >>${jobname}.Input.${PBS_JOBID}
echo "Starting Gaussian run at" `date`
if [ $NODE_NUM -eq 1 ];
then
time g03 < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.log
fi
else
time g03l < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.log
fi
#time g03 < ${jobname}.Input.${PBS_JOBID} > ${jobname}.log
echo "Finished Gaussian run at" `date`
PBS_O_WORKDIR=${ORIG_PBS_O_WORKDIR}
echo $PBS_O_WORKDIR
mv $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.* $PBS_O_WORKDIR
mv $GAUSS_SCRDIR/*.chk $PBS_O_WORKDIR
echo "$GAUSS_SCRDIR"
rm -Rf $GAUSS_SCRDIR
4、測試安裝是否成功
准備算例test397.com
在算例目錄下修改g03.pbs，然後執行qsub g03.pbs -v file=test397.com
cd ~/g03test
qsub g03.pbs -v file=test397.com
5、其他
三、 注意事項
1、本文命令、代碼和超鏈接採用斜體五號字表示
2、算例文件名必須有兩部分組成，前綴+後綴，中間用 . 隔開
3、需要修改一下兩個文件以適應linda並行時的配置情況：
#vi /data2/home/test/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/LindaLauncher
/mf/giovanni/static/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/cLindaLauncher
#vi /data2/home/test//g03/ntsnet
/mf/giovanni/static/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin/true_ntsnet
4、在所以參與計算的節點根目錄上增加/scratch/，並設置開放的許可權
mkdir /scratch
chmod 777 /scratch
5、其他
四、 參考文獻
1 量子化學計算程序包GAUSSIAN 王濤 上海超級計算中心 上海 201203 [email protected]
B. 編程和源代碼有什麼區別
G02是順時針圓弧插補。圓弧插補有兩種編程方法：1. R 編程：G02/G03 X--Y-- R--; X--Y-- 表示圓弧終點位置，R--表示圓弧半徑。2. I ,J,K編程： G02/G03 X--Y-- I-- J-- ; X--Y-- 表示圓弧終點位置，I--表示圓心相對圓弧起點在X軸上的增量值（圓心X值減圓弧起點X值的代數差），J--表示圓心相對圓弧起點在Y軸上的增量值（圓心X值減圓弧起點X值的代數差）。
C. 哪裡能搞到Gaussian09的源代碼 source code
正對自己的平台，使用源碼編譯，執行效率比較高。
我對比測試的是G09A01 和G03D02 目前流出的D02是別同通過source code編譯的，
D02計算速度明顯快很多的...
ionCube，解密的話有，我曾經也試圖找過，但沒有找到。如果有高手知道如何解，我也很樂意學習。
E. 國家自然科學基金申報系統的源碼中出現ok，代表已中嗎
國家自然科學基金 B030505代碼 代表的是： 國家自然科學基金委員會項目申請的自然科學分類目錄里 （下列部類按照范圍從大到小排列，你應該能懂） 化學科學部 的 物理化學（B03） 的 膠體與界面化學（B0305） 的 分子組裝與聚集體（B030505） 相關知識拓展如下： 國家自然科學基金學科分類目錄是國家自然科學基金委員會項目申請的分類目錄。 該分類法將自然科學分為七大類: A、數理科學部： A01 數學、A02 力學、A03 天文學、A04 物理學I、A05 物理學Ⅱ B、化學科學部： B01 無機化學、B02 有機化學、B03 物理化學、B04 高分子化學、 B05 分析化學、B06 化學工程及工業化學、B07 環境化學 C、生命科學部： C01 基礎生物學、C02 農業科學、C03 醫學與葯學 D、地球科學部： D01 地理學、土壤學和遙感 、D02 地質學、D03 地球化學、 D04 地球物理學和空間物理學、D05 大氣科學、D06 海洋科學 E、工程與材料科： E01 金屬材料學科、E02 無機非金屬材料科學、E03 有機高分子材料學科、 E04 冶金與礦業學科、E05 機械工程學科、E06 工程熱物理與能源利用學科、 E07 電工學科、E08 建築環境與結構工程學科、E09 水利學科 F、信息科學部： F01 電子學與信息系統、F02 計算機科學、F03 自動化科學、 F04 半導體科學、F05 光學和光電子學 G、管理科學部： G01 管理科學與工程、G02 工商管理、G03 宏觀管理與政策 國家自然科學基金： 20世紀80年代初，為推動我國科技體制改革，變革科研經費撥款方式，中國科學院89位院士(學部委員)致函黨中央、國務院，建議設立面向全國的自然科學基金，得到黨中央、國務院的首肯。隨後，在鄧小平同志的親切關懷下，國務院於1986年2月14日批准成立國家自然科學基金委員會。自然科學基金堅持支持基礎研究，逐漸形成和發展了由研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列組成的資助格局。二十多年來，自然科學基金在推動我國自然科學基礎研究的發展，促進基礎學科建設，發現、培養優秀科技人才等方面取得了巨大成績。 超專業回答，滿意請採納為最佳答案，謝謝！
F. 求gaussian源代碼
對blood圖像添加均值為0，方差為0.05的Gaussian雜訊，代碼如下：求採納
b=rgb2gray(imread('blood.bmp'));
subplot(2,1,1),subimage(b);title('original');
result1=imnoise(b,'Gaussian',0,0.05);
subplot(2,1,2),subimage(result1);title('添加高斯雜訊');