kegg資料庫怎麼用

① 基因注釋包括g0/cog/kegg，闡述什麼是g0/cog/kegg注釋及其注釋的主要方法

基因組注釋分析主要包括哪些內容
基因組注釋包括以下方面的內容：

（1） 重復序列的預測。通過比對已知的重復序列資料庫，找出序列中包含的重復序列，識別類型並轉化為N或者X，統計各種類型重復序列的分布。

（2） 編碼基因的預測。通過將轉錄組或EST數據比對到拼接後的基因組序列上，找出編碼基因位置，預測編碼基因結構。或者通過專業的外顯子預測，預測編碼基因的外顯子結構。

（3） 小RNA基因的預測。通過比對已知的小RNA的資料庫，或者通過生物信息(bioinformation)學預測，找出這些小RNA基因，並進行分類。

（4） 調控序列和假基因的預測。

基因功能的注釋，使用的資料庫包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等，使用比對的方法，如blast，找出同源相近的基因，並注釋功能。

② 如何用KEGG資料庫搜索類似的基團反應

任找一個代謝通路圖，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 這3個選項，點擊pathwayentry, 出現了一個頁面，這個隨時被連接出來的頁面相信大家一定再熟悉不過了。在這個頁面中的pathway map項中點擊按鈕狀的鏈接Ortholog table 。就進入了Ortholog table如下的頁面

③ 如何在KEGG資料庫中DIY標記感興趣基因

首先打開KEGG搜索界面，如下圖。

Search against輸入"hsa"，PrimaryID 類型選擇「NCBI-GeneID」，在「Enter objects one per line followed by bgcolor, fgcolor」下方文本框中輸入要查詢的基因名「GPX1」。

在「Examples」下方選擇「人」的通路。

點擊「Exec」，彈出查詢到的通路。

點擊其中任何一個通路，彈出通路圖界面。

其中的紅色塊即為該基因或該基因相關的基因。點擊紅色塊，彈出界面可以查看詳細的信息。

④ David資料庫下載kegg數據count是什麼

count是用來統計某欄位所包含元素數量的。
COUNT函數返回統計區域中的數字個數。語法形式為：COUNT（value1，value2，）參數value1，value2，為數值或單元格引用。

⑤ 怎麼一次下載kegg資料庫中的全部通路數據

kegg 中的通路怎麼運用到基因
這個只是皮毛介紹一下KEGG，具體操作還要自己摸索的，用文字不好描述，我還是會一點的，就是先將基因的序列下載下來，上傳到KEGG，KEGG會將基因的信號通路網址信息發到你郵箱里，你就可以看到你的目的基因在那些信號通路里有，我有篇這方面的文章發在蠶業科學上，不過剛接受
最簡單，但是未必最有效的辦法，但是最快 抽個樣本，把你的目標基因打上標記，然後建立一個模型，比如決策樹等等 模型質量不錯的情況下跑全庫，然後找出分類結果為你目標分類的記錄

⑥ kegg資料庫和geo資料庫區別

GEO篩選差異，KOBAS注釋分析。
GEO資料庫來篩選差異表達基因，KOBAS進行KEGG注釋分析
利用基因在不同物種之間的保守性，任何基因組的數據都可以映射到這些資料庫中去。

⑦ 怎麼利用kegg資料庫分析基因組分析代謝途徑

最簡單，但是未必最有效的辦法，但是最快
抽個樣本，把你的目標基因打上標記，然後建立一個模型，比如決策樹等等
模型質量不錯的情況下跑全庫，然後找出分類結果為你目標分類的記錄

⑧ 如何在KEGG資料庫中查找關注pathway

1．打開KEGG資料庫首頁，鏈接如下：http://www.genome.jp/kegg/，如下所示：

點擊「KEGG PATHWAY」字樣鏈接，可見如下界面：

一直往下看，會發現KEGG數據針對pathway做了分類，主要包含Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal Systems、Human Diseases、Drug Development七個方向，並針對每個方向還有更為細致的分類，例如Metabolism包含Carbohydratemetabolism、Energy metabolism、Lipid metabolism等，各位看官可以根據您的研究方向或感興趣通路選擇具體的pathway進行查看。

2．假如我們關注Carbohydrate metabolism下的Pentose phosphate pathway，點擊後獲得如下界面：

其中最上面的Reference pathway表示我們目前查看的通路是所有物種通用的pathway，下面的一段文字是對這個pathway的介紹，再下面網路圖顯示此pathway具體信息。

其中帶有Pentosephosphate pathway字樣的方框點擊開可發現對這個通路的其他信息介紹，同時可看到這個通路的ID（map00030），這個用map開頭+數字組成的ID表示所有物種通用的通路ID，如果是某一特定物種的ID，會以該物種的3個字母簡寫名字+數字組成，例如hsa00030。在網路圖中方框表示的是參與反應的酶，例如1.1.1.47，這是酶的ECnumber，國際酶學委員會賦予的編號。

小圓圈表示化學反應中的化合物，例如beta-D-Glucose（C00221）。箭頭代表的是反應方向，虛線表示此反應可以通過中間產物或其中途徑發生聯系。大橢圓表示與此通路相關的另一個pathway。如果您想要只關注human的Pentose phosphate pathway，就可以在Reference pathway處進行選擇，之後點擊Go即可。

這個時候您會發現在第一行顯示與不選擇物種時有一定區別，會標記為human信息，同時點擊網路圖中的帶有Pentose phosphate pathway的方框，裡面會有human的這個通路的信息，包含了human該通路的pathway ID（hsa00030）和介紹。

網路圖本身也有變化，部分方框為淺綠色，其他不變。其中淺綠色方框為人類含有的酶，例如3.1.1.17，把滑鼠放在上面會有相關信息顯示。白色方框的酶在人類中不含有，把滑鼠放在上面不會有任何信息顯示。

淺綠色方框可以點擊開查看詳細信息，例如點擊3.1.1.17，獲得如下界面，Entry為該酶在KEGG資料庫中的ID，Gene name為此酶的簡化名，Difinition為此酶的通用名字EC number，KO是在KEGG資料庫中該酶的同源序列號，Pathway中羅列出了該酶參與的通路，除此之外，還顯示很多其他信息，例如編碼該酶的三級結構（Structure）、基因序列（NT seq）和氨基酸序列（AA seq）等信息。

注意哦，上圖的右上角，有一個Help字樣，如果您對此頁面中信息不清楚，可以點擊Help，頁面里對每項都有相應的詳細介紹。

如果您知道自己關注通路的ID，可以直接在第一步的基礎上直接搜索，也可以獲得特定物種的通路信息，例如上面的human的Pentosephosphate pathway，ID為hsa00030，我們就可以直接用這個ID進行搜索，具體操作為在步驟1的第二幅圖中填入ID號，選擇物種has，點擊Go即可，頁面如下：

在出現的頁面中，點擊hsa00030這個通路即可。

⑨ 如何利用KEGG定位基因屬於哪個代謝通路

如何利用KEGG定位基因屬於哪個代謝通路
代謝通路：目前在通路資料庫(PATHWAY database) 中代謝通路是建立得最好的，有大約90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或EC號組成的網路。
利用如下方法可通過計算機構建出生物體特有 的代謝通路：
先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。
然後合理地安排EC號。
最後將基因組中的基因和參照通路中用EC號編號的基因產物 結合起來。