srs資料庫

㈠ 為什麼說swiss-prot是重要的蛋白質序列資料庫

SWISS-PROT是含有詳細注釋內容的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學中心（EBI）維護，目前已合並入 UniProt資料庫，旨在幫助基因組和蛋白質組以及相關的分子生物學研究人員提供有關蛋白質氨基酸序列的最新信息。
SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立
了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。SWISS-PROT資料庫包含了EMBL核酸序列資料庫中被經過仔細檢查和准確注釋了
的蛋白質序列，一般地，任何蛋白質序列數據的搜尋和比較都應從SWISS-PROT開始。

SWISS-PROT蛋白質序列數據由大量序列條目組成，每一個序列條目
有其自己的格式。為了標准化的目的，SWISS-PROT的格式與EMBL核酸序列資料庫的格式盡可能類似。SWISS-PROT涉及已知蛋白質的序列、
引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關
系、序列變異體和沖突等信息。利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序
獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。

㈡ 如何在swiss-prot 查找有關kinase和srs的查找

為啥指定資料庫？條條大道通羅馬的說。。。

看鏈接是我搜到的。。。當然我發現裡面也有鏈接過去swiss prot哈哈哈

怎麼搜？去那邊網站，搜索框打個基因名稱，回車。。。

樓主莫要告訴我一整頁里找不到variants信息在哪裡。。。我只能建議ctrl+f鳥。。。

㈢ 1. 簡述SRS資料庫檢索系統主要特點,與UniProt資料庫有哪些異同

1.統一的用戶界面；2. 高效的查詢功能;3. 靈活的指針鏈接;4. 方便的程序介面;5 開放的管理模式;6. 統一的開發平台

㈣ 安裝SQL 2016 ,都到最後了出現R server安裝失敗咋解決

原因：殘留文件存在導致。解決方法：刪除注冊表來解決此問題。

如下參考：

1、先添加/刪除過程，完全刪除SQLserver。

㈤ 什麼是軟體需求，什麼是功能需求——論需求的三個層次和三個方面（2）

我們的軟體產品或者項目，其需求都有三個層級和三個方面。 一、我們首先看需求的三個層次 軟體需求包括3個不同的層次――業務需求、用戶需求和功能需求。 業務需求（Business requirement）表示組織或客戶高層次的目標。業務需求通常來自項目投資人、購買產品的客戶、實際用戶的管理者、市場營銷部門或產品策劃部門。業務需求描述了組織為什麼要開發一個系統，即組織希望達到的目標。使用前景和范圍（vision and scope）文檔來記錄業務需求，這份文檔有時也被稱作項目輪廓圖或市場需求（project charter 或 market requirement）文檔。 功能需求（functional requirement）規定開發人員必須在產品中實現的軟體功能，用戶利用這些功能來完成任務，滿足業務需求。功能需求有時也被稱作行為需求（behavīoral requirement），因為習慣上總是用「應該」對其進行描述：「系統應該發送電子郵件來通知用戶已接受其預定」。功能需求描述是開發人員需要實現什麼。注意：用戶需求不總是被轉變成功能需求。產品特性，所謂特性（feature），是指一組邏輯上相關的功能需求，它們為用戶提供某項功能，使業務目標得以滿足。對商業軟體而言，特性則是一組能被客戶識別，並幫助他決定是否購買的需求，也就是產品說明書中用著重號標明的部分。客戶希望得到的產品特性和用戶的任務相關的需求不完全是一回事。一項特性可以包括多個用例，每個用例又要求實現多項功能需求，以便用戶能夠執行某項任務。 系統需求（system requirement）用於描述包含有多個子系統的產品（即系統）的頂級需求。系統可以只包含軟體系統，也可以既包含軟體又包含硬體子系統。人也可以是系統的一部分，因此某些系統功能可能要由人來承擔。 業務規則包括企業方針、政府條例、工業標准、會計准則和計算方法等。業務規劃本身並非軟體需求，因為它們不屬於任何特定軟體系統的范圍。然而，業務規則常常會限制誰能夠執行某些特定用例，或者規定系統為符合相關規則必須實現某些特定功能。有時，功能中特定的質量屬性（通過功能實現）也源於業務規則。所以，對某些功能需求進行追溯時，會發現其來源正是一條特定的業務規則。 功能需求記錄在軟體需求規格說明（SRS）中。SRS完整地描述了軟體系統的預期特性。SRS我們一般把它當作文檔，其實，SRS還可以是包含需求信息的資料庫或電子表格；或者是存儲在商業需求管理工具中的信息；而對於小型項目，甚至可能是一疊索引卡片。開發、測試、質量保證、項目管理和其他相關的項目功能都要用到 SRS。 除此之外，對於需求層次，我們還有其它的分法： 組織級需求->業務需求->用戶需求->功能需求（有時也叫行為需求）。 組織級需求：一般代表著組織的願景和目標。對於大的公司，一般是通過資深的咨詢顧問和咨詢公司得出的，呈現的方式是咨詢報告。比如在ITSM或者企業信息化這方面。典型的組織級的需求是：降低成本、減少庫存成本、提升IT服務部門在企業中的價值、通過ISO20000、提高IT服務的效率、提高員工的滿意度等。 業務需求：是要完組織的使命，達成組織的願景的各個業務流程和業務單元具有的需求。業務需求服從於組織需求。 用戶需求：用戶級的需求，是在業務級的需求下，各個崗位協作完成業務而具有的需求。我們在軟體需求規格說明書中表述的需求其實主要是這一部分需求。 功能需求：同樣，它代表著產品或者軟體需求具備的能力。 一般是管理人員或者產品的市場部門人員負責定義軟體的業務需求，以提高公司的運營效率（對信息系統而言）或產品的市場競爭力（對商業軟體而言）。所有的用戶需求都必須符合業務需求。需求分析員從用戶需求中推導出產品應具備哪些對用戶有幫助的功能。開發人員則根據功能需求和非功能需求設計解決方案，在約束條件的限制范圍內實現必需的功能，並達到規定的質量和性能指標。當一項新的特性、用例或功能需求被提出時，需求分析員必須思考一個問題：「它在范圍內嗎？」。如果答案是肯定的，則該需求屬於需求規格說明，反之則不屬於。但答案也許是「不在，但應該在」，這時必須由業務需求的負責人或投資管理人來決定：是否擴大項目范圍以容納新的需求。這是一個可能影響項目進度和預算的商業決策。 二、需求的三個方面 除了功能需求外，SRS中還包含非功能需求，包括性能指標和對質量屬性的描述。 質量屬性（quality attribute）對產品的功能描述作了補充，它從不同方面描述了產品的各種特性。這些特性包括可用性、可移植性、完整性、效率和健壯性，它們對用戶或開發人員都很重要。其他的非功能需求包括系統與外部世界的外部界面，以及對設計與實現的約束。還有一項稱為可用性（usability）的質量屬性，它規定了業務需求中「有效」（efficiently）一詞的含義。 約束（constraint）限制了開發人員設計和構建系統時的選擇范圍。約束，在產品的架構設計中，是需要被首先考慮的問題。 如果說產品的功能代表了產品的能力，那麼產品的質量屬性代表了產品的品質，產品的約束代表了產品必須去滿足的或者適應的條件！用人說「用戶體驗」是產品的靈魂，對於個人級的軟體這么說或許很恰當，當對於企業級甚至是行業級的產品，其靈魂有兩個：一個是產品帶個用戶的價值，另一個是產品的品質，簡單的說，就是價值和品質。但其成為一個產品的前提應該是滿足約束，否則就不應該設計、開發、進入市場而成為一個垃圾。

㈥ 是哪位科學家首次在世界上建立了蛋白質資料庫是哪位科學家首次在世界上建立了DNA序列資料庫

EMBL是歐洲生物信息學研究所
(European
Bioinformatics
Institute,
EBI)創建的一個核酸序列資料庫。EMBL的數據來源主要有兩部分，一部分由科研人員或某些基因組測序機構通過計算機網路直接提交，另一部分則來自科技文獻或專利(Stoesser等,
1998)。EMBL與DDBJ、GenBank建有合作關系，他們分別在全世界范圍內收集核酸序列信息，每天都將新發現或更新過的數據相互交換。
DNA資料庫的規模正在以指數方式增長，平均不到9個月就增加一倍。1998年1月，EMBL中收錄的序列數已超過一百萬，包括15,500個物種，其中模式生物的序列佔50%以上，它們包括人類(Homo
sapiens),
線蟲(Caenorhabditis
elegans)，啤酒酵母(Saccharomyces
cerevisiae)，小鼠(Mus
musculus)和擬南芥(Arabidopsis
thalania)。
可以利用序列查詢系統
SRS(Sequence
Retrieval
System)從EMBL資料庫中提取有關信息(Etzold等，1996年)。SRS序列查詢系統通過超文本鏈接將DNA序列資料庫和蛋白質序列、功能位點、結構、基因圖譜以及文獻摘要MEDLINE等各種資料庫聯系在一起。利用EBI網站提供的BLAST或FastA程序，可以對EMBL資料庫進行未知序列同源性搜索。

㈦ DNA資料庫的EMBL

歐洲生物信息學研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)創建的一個核酸序列資料庫。EMBL的數據來源主要有兩部分，一部分由科研人員或某些基因組測序機構通過計算機網路直接提交，另一部分則來自科技文獻或專利(Stoesser等, 1998)。EMBL與DDBJ、GenBank建有合作關系，他們分別在全世界范圍內收集核酸序列信息，每天都將新發現或更新過的數據相互交換。
DNA資料庫的規模正在以指數方式增長，平均不到9個月就增加一倍。1998年1月，EMBL中收錄的序列數已超過一百萬，包括15,500個物種，其中模式生物的序列佔50%以上，它們包括人類(Homo sapiens), 線蟲(Caenorhabditis elegans)，啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)，小鼠(Mus musculus)和擬南芥(Arabidopsis thalania)。
可以利用序列查詢系統 SRS(Sequence Retrieval System)從EMBL資料庫中提取有關信息(Etzold等，1996年)。SRS序列查詢系統通過超文本鏈接將DNA序列資料庫和蛋白質序列、功能位點、結構、基因圖譜以及文獻摘要MEDLINE等各種資料庫聯系在一起。利用EBI網站提供的BLAST或FastA程序，可以對EMBL資料庫進行未知序列同源性搜索。

㈧ 蛋白質序列資料庫包含哪些內容

蛋白質資料庫

1. PIR和PSDPIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，包含超過142,000條蛋白質序列(至99年9月)，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。

PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的網址是：http://pir.georgetown.e/。

資料庫下載地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。

2. SWISS-PROT

SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。

利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。

SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。

SWISS-PROT的網址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。

3. PROSITE

PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。

PROSITE的網址是：http://www.expasy.ch/prosite/。

4. PDB

蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。

RCSB的PDB資料庫網址是：http://www.rcsb.org/pdb/。

5. SCOP

蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。

SCOP的網址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

6. COG

蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

COG庫的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。

下載COG庫和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。

㈨ SRS在生物學中什麼意思

SRS（Sequence Retrieval System，）是EMBL研製的一個基於WEB的查詢系統，也是目前國際上最有影響的生物分子資料庫查詢系統之一。SRS採用全菜單驅動方式，用戶可以同SRS 迅速地訪問生物分子資料庫和文獻資料庫，包括EMBL、EMBL_NEW、SWISS-PROT、PIR等一級資料庫，還包括許多二級資料庫，如蛋白質家族和結構域資料庫PROSITE、限制酶資料庫ReBase、PDB序列子集資料庫NRL_3D、真核基因啟動子資料庫EPD、E.coli 資料庫ECD、酶名稱和反應資料庫ENZYME、生物計算文獻資料庫SEQANALREF等，還有與功能、疾病相關的資料庫，總共有80個資料庫。SRS在歐洲、亞洲、太平洋地區、南美洲等地方都有鏡像站點，在中國的鏡像站點建立在北京大學生物信息中心。除了查詢和獲取數據功能之外，SRS還帶有許多嵌入式工具，如分子疏水性顯示、相似序列搜索、多重序列比對等工具。

㈩ DNA資料庫的EMBL

歐洲生物信息學研究所(European
Bioinformatics
Institute,
EBI)創建的一個核酸序列資料庫。EMBL的數據來源主要有兩部分，一部分由科研人員或某些基因組測序機構通過計算機網路直接提交，另一部分則來自科技文獻或專利(Stoesser等,
1998)。EMBL與DDBJ、GenBank建有合作關系，他們分別在全世界范圍內收集核酸序列信息，每天都將新發現或更新過的數據相互交換。
DNA資料庫的規模正在以指數方式增長，平均不到9個月就增加一倍。1998年1月，EMBL中收錄的序列數已超過一百萬，包括15,500個物種，其中模式生物的序列佔50%以上，它們包括人類(Homo
sapiens),
線蟲(Caenorhabditis
elegans)，啤酒酵母(Saccharomyces
cerevisiae)，小鼠(Mus
musculus)和擬南芥(Arabidopsis
thalania)。
可以利用序列查詢系統
SRS(Sequence
Retrieval
System)從EMBL資料庫中提取有關信息(Etzold等，1996年)。SRS序列查詢系統通過超文本鏈接將DNA序列資料庫和蛋白質序列、功能位點、結構、基因圖譜以及文獻摘要MEDLINE等各種資料庫聯系在一起。利用EBI網站提供的BLAST或FastA程序，可以對EMBL資料庫進行未知序列同源性搜索。