linux安裝r包

⑴ linux安裝R包TwoSampleMR遇見的報錯

          最近一位老友在倒騰GWAS的研究，發現R包TwoSampleMR用於pQTL的分析，讓我在Linux系統上幫忙安裝下，根據網頁的安裝提示進行操作（https://github.com/MRCIEU/epigraphdb-pqtl/），在操作過程中遇見了一些報錯和實踐的解決方案，在此文特此記錄：

運行後出現報錯信息如下：

解決步驟1：

        重新安裝gmp，最初開始用BiocManager::install("gmp")，出現報錯信息「configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org」，查閱資料過後解決方案用conda安裝gmp，操作命令如下

解決步驟2：

      接下來重新安裝iterpc，用BiocManager::install("iterpc")成功安裝

解決步驟3：

     接下來重新安裝Cairo，用BiocManager::install("Cairo")，出現報錯信息「configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.」，查閱資料後改用conda安裝，操作命令如下

解決步驟4：

      最後重新運行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安裝TwoSampleMR，成功安裝，library導入後，出現如下信息。

⑵ 安裝R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 問題解決

安裝R包（ade4）時遇到以下問題（缺少庫文件）：

從報錯信息可以看出報錯根本原因是找不到lapack和blas庫（-l 是lib的意思，xxx是庫名）

1，直接在Linux系統下搜索（Linux下運行，而非R環境下運行）

注，搜索的是-lxxx中的xxx（-l 是lib的意思，xxx是庫名）
blas搜索結果：

lapack搜索結果：

此時是裝在默認路徑下的anaconda/lib目錄下

3，將anaconda/lib下的文件鏈接到ld所在bin目錄同級的lib目錄下

4，重新安裝R包

⑶ R包安裝及設置鏡像

lib : character vector giving the library directories where to install the packages. Recycled as needed. If missing, defaults to the first element of .libPaths().
repos : character vector, the base URL(s) of the repositories to use, e.g., the URL of a CRAN mirror such as " https://cloud.r-project.org ". For more details on supported URL schemes see url.

quiet : logical: if true, rece the amount of output.

源碼編譯安裝的時候，要將源碼壓縮成tar.gz格式再安裝，zip格式會出奇怪的錯誤。

Bioconctor 鏡像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位於 ~/.Rprofile )。

在文末添加如下語句:

⑷ 如何在linux環境下安裝R包

第一步：用Xshell登陸伺服器，cd命令進入你要存放R.tar.gz壓縮包的路徑，如第一張圖，我是cd ~/software,進入~/software路徑才開始下載R壓縮包。然後wget +url（R文件網址）獲取R-3.0.0.tar.gz。第二張圖是下載完成後截取的。

第二步，先解壓R-3.0.0.tar.gz，然後cd R-3.0.0打開R-3.0.0文件夾。接下來兩條命令按第一張圖所示輸入。./configure命令後截取了一張圖。

第三步，先make，然後 make install。make命令後出現Error 1和Error 2，我沒有弄明白錯誤原因。往下裝

第四步，vim ~/.bash_profile，vim打開此文件後在PATH中修改環境變數PATH=/home/luokai/software/R/bin:$PATH(也就是你mkdir後面的路徑）。vim打開文件後有三種模式：一般模式（打開後就是此模式），編輯模式以及命令行模式。在編輯模式下修改PATH後輸入:wq（保持後退出）退出vim。關於這三種模式的切換及具體操作可以網路具體了解。
第五步，source ~/.bash_profile,然後R，打開R可以看見一些描述信息。R裝好了。

END
R包安裝

R運行環境裝好後，下載需要的R包，可以用較方便的install.packages命令。這里的dependencies設置為TRUE，可以自動下載你所裝包「mpMap」所需要的其他依賴包。

載入R包，用包前需要先載入。有兩種載入方法，實現載入的兩個函數是：library和require。兩者之間存在細微差別，後者會返回一個布爾值（TRUE或FALSE）來表示是否載入成功。

⑸ 請教如何在linux/centos的伺服器下安裝R

我要是沒有記錯，centos的r包古老的有些年頭了。復制以下代碼（需要root密碼/sudo密碼）

sudoyuminstallreadline-develgcc-gfortranlibXp-devel
sudoyumgroupinstall'XWindowSystem'
mkdir~/tmpR
cd~/tmpR
wget<ahref="http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.15.1.tar.gz"rel="nofollow">http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.15.1.tar.gz</a>
tarvxf<ahref="http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.15.1.tar.gz"rel="nofollow">http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.15.1.tar.gz</a>
cdR-2.15.1
mkdirbuild
cdbuild
../configure--enable-R-shlib
make-j4
sudomakeinstall

yum install 出問題了就去找找相應的devel包吧，我估計就是X11會有些問題.

⑹ 如何在linux環境下安裝R包

RPM 安裝操作 命令： rpm -i 需要安裝的包文件名 舉例如下： rpm -i example.rpm 安裝 example.rpm 包； rpm -iv example.rpm 安裝 example.rpm 包並在安裝過程中顯示正在安裝的文件信息； rpm -ivh example.rpm 安裝 example.rpm 包並在安裝過...

⑺ 【生信基礎】conda 安裝R和R包

conda 安裝R環境，主要命令如下：

2.激活創建的環境,後面安裝的包和軟體都會在此環境中進行

3.安裝所需要的包

4.關閉此環境

安裝完R環境後，export 相應的path，如下

安裝相關的包，例如ballgown：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ballgown")

注意，如果不export 相應的path，R安裝包時很容易找不到相應的程序，如：
/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++: command not found

⑻ 請教如何在linux/centos的伺服器下安裝R

Linux軟體的二進制分發是指事先已經編譯好二進制形式的軟體包的發布形式，其優點是安裝使用容易，缺點則是缺乏靈活性，如果該軟體包是為特定的硬體平台編譯的，那它就不能在另外的平台或環境下正確執行。1、*.rpm形式的二進制軟體包安裝：rpm -ivh *.rpm
卸載：rpm -e packgename
說明：RPM(RedHat Packge
Manager)是RedHat公司出的軟體包管理器，使用它可以很容易地對rpm形式的軟體包進行安裝、升級、卸載、驗證、查詢等操作，安裝簡單，而卸
載時也可以將軟體安裝在多處目錄中的文件刪除干凈，因此推薦初學者盡可能使用rpm形式的軟體包。rpm的參數中-i是安裝，-v是校驗，-h是用散列符
顯示安裝進度，*.rpm是軟體包的文件名(這里的*.rpm特指*.src.rpm以外的以rpm為後綴的文件);參數-e是刪除軟體
包，packgename是軟體包名，與軟體包的文件名有所區別，它往往是文件名中位於版本號前面的字元串，例如apache-3.1.12-
i386.rpm和apache-devel-3.1.12-i386.rpm是軟體包文件名，它們的軟體包名稱分別是apache和apache-
devel.更多的rpm參數請自行參看手冊頁：man rpm.
如果你不喜歡在字元界面下安裝或卸載這些軟體包，完全可以在X-Window下使用圖形界面的軟體包管理程序。現在這些做的非常好了。
2、*.tar.gz/*.tgz、*.bz2形式的二進制軟體包
安裝：tar zxvf *.tar.gz 或 tar yxvf *.bz2
卸載：手動刪除
說明：*.tar.gz/*.bz2形式的二進制軟體包是用tar工具來打包、用gzip/bzip2壓縮的，安裝時直接解包即可。對於解壓後
只有單一目錄的軟體，卸載時用命令"rm -rf
軟體目錄名";如果解壓後文件分散在多處目錄中，則必須一一手動刪除(稍麻煩)，想知道解壓時向系統中安裝了哪些文件，可以用命令"tar ztvf
*.tar.gz"/"tar ytvf
*.bz2"獲取清單。tar的參數z是調用gzip解壓，x是解包，v是校驗，f是顯示結果，y是調用bzip2解壓，t是列出包的文件清單。更多的參
數請參看手冊頁：man tar.
如果你更喜歡圖形界面的操作，可以到Ubuntu上看看他的包管理，超級方便。
3、提供安裝程序的軟體包
這類軟體包已經提供了安裝腳本或二進制的安裝向導程序(setup、install、install.sh等)，只需運行它就可以完成軟體的安
裝;而卸載時也相應地提供了反安裝的腳本或程序。例如SUN公司的StarOffice辦公軟體套件就使用名為setup的安裝程序，而且在軟體安裝後提
供反安裝的功能，目前這種類型的軟體包還比較少，因其安裝與卸載的方式與Windows軟體一樣，所以就無需多講了。

⑼ 安裝R包 fatal error: zlib.h: No such file or directory 問題解決

安裝R包（seqinr）時遇到以下問題（缺少config文件）：

從報錯信息可以看出報錯根本原因是找不到zlib.h

1，確認是否安裝zlib

註：上述命令Linux下運行，而非R環境下運行
輸出結果：

可見zlib已安裝。若未安裝可用以下命令安裝：

3，將zlib.h從安裝的默認路徑（anaconda/include）鏈接到報錯中提示需要的位置

4，重新安裝R包，如果還缺其他config按照上述過程解決，確實lib的話按照上一篇文章的方法（ 安裝R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 問題解決 - (jianshu.com)
）解決

⑽ R在linux中的library path的問題：

問題：

非root許可權下安裝的R包都是默認安裝在

/home/[yourname]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/[version]

這就導致一個問題，別的用戶無法使用到你安裝的包，需要自己再安裝一遍，這樣就很麻煩

解決辦法：將別人的R library path 載入到自己的R環境變數中就可以了：

先查看一下包的安裝路徑：

.libPath()

[1] "/home/user2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"

[2] "/usr/local/lib/R/site-library"

[3] "/usr/lib/R/site-library"

[4] "/usr/lib/R/library"

安裝時會按照順序安裝，

[1] "/home/balter/conda/envs/dada2/lib/R/library" "/usr/local/lib/R/site-library"

[3] "/usr/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/library"

export R_LIBS="/home/user2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"

即可湊合用。

更專業點就是修改R啟動時候載入的Rprofile文件，參考：

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html