ncbi資料庫的使用

① 如何利用NCBI查詢蛋白質等電點

NCBI無法查詢蛋白質等電點，可以到swissprot查詢。

這個NCBI沒有相關的功能，這個是以核苷酸序列為主。因為等電點特性是蛋白質水平的分子特性，可以到swissprot進行查詢，查詢蛋白質等電點需要到專業的平台進行查詢。

另外NCBI開發有Genbank等公共資料庫，提供Pubmed、BLAST、Entrez、OMIM、Taxonomy等工具，可對國際分子資料庫和生物醫學文獻進行檢索和分析。

(1)ncbi資料庫的使用擴展閱讀：

NCBI開發用於分析基因組數據和傳播生物醫學信息的軟體工具。NCBI支持與推廣多種醫學及科技方面的資料庫，如：三維蛋白質結構的分子模型資料庫（MMDB）、孟德爾人類遺傳（OMIM）等。

另外使用CD-Search工具來可以鑒定蛋白質或者核酸序列內的保守結構域或功能單位。該工具位於NCBI中。可以進入NCBI後選擇ConservedDomain中的Search。

除此之外這個網站Search的黃色部分其中CD-search只能提交單條序列，BatchCD-Search可以上傳多條序列，裡面收錄的數據范圍是比較廣的，可以利用NCBI進行檢索。

② NCBI是什麼主要是做什麼

NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美國國立生物技術信息中心。

理解自然無聲但精妙的關於生命細胞的語言是現代分子生物學的要求。通過只有四個字母來代表DNA化學亞基的字母表，出現了生命過程的語法，其最復雜形式就是人類。

闡明和使用這些字母來組成新的"單詞和短語"是分子生物學領域的中心焦點。數目巨大的分子數據和這些數據的隱秘而精細的模式使得計算機化的資料庫和分析方法成為絕對的必須。挑戰在於發現新的手段去處理這些數據的容量和復雜性，並且為研究人員提供更好的便利來獲得分析和計算的工具，以便推動對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。

基本研究

它的使命包括四項任務:

建立關於分子生物學，生物化學，和遺傳學知識的存儲和分析的自動系統。

實行關於用於分析生物學重要分子和復合物的結構和功能的基於計算機的信息處理的，先進方法的研究。

加速生物技術研究者和醫葯治療人員對資料庫和軟體的使用。

全世界范圍內的生物技術信息收集的合作努力。

NCBI通過下面的計劃來實現它的四項目的:

NCBI有一個多學科的研究小組包括計算機科學家，分子生物學家，數學家，生物化學家，實驗物理學家，和結構生物學家，集中於計算分子生物學的基本的和應用的研究。這些研究者不僅僅在基礎科學上做出重要貢獻，而且往往成為應用研究活動產生新方法的源泉。

他們一起用數學和計算的方法研究在分子水平上的基本的生物醫學問題。

這些問題包括基因的組織，序列的分析，和結構的預測。目前研究計劃的一些代表是:檢測和分析基因組織，重復序列形式，蛋白domain和結構單元，建立人類基因組的基因圖譜，HIV感染的動力學數學模型，資料庫搜索中的序列錯誤影響的分析，開發新的資料庫搜索和多重序列對齊演算法，建立非冗餘序列資料庫，序列相似性的統計顯著性評估的數學模型和文本檢索的矢量模型。

另外，NCBI研究者還堅持推動與NIH內部其他研究所及許多科學院和政府的研究實驗室的合作。

③ NCBI有多少資料庫，分別有什麼作用

在生物醫學信息學領域，資料庫和服務的定義與計算機領域有很大的不同，如果要問NCBI過去，現在或將來會有多少資料庫，恐怕連NCBI自己都說不清楚。要是一個一個資料庫講下來，9999個字肯定不夠用。這里有一個列表供您參考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/。

NCBI的產生和發展是在美國和全球生物學高速發展，高通量數據急速產生，而缺乏有效的數據分析方法的背景下產生，起初它主要任務是數據的存儲和查詢。只不過其存儲的數據大多以高通量數據為主，例如基因測序，基因組，SNP, 基因晶元,小分子化合物和GWAS數據等。這些數據的共享，極大地促進了生物信息學發展。

按照數據->樣式->知識->智慧的發展模式，NCBI主要起到了一個為生物學家提供數據的角色。不過，NCBI目前也不斷地在調整自己的角色。例如，生物醫學文獻。NCBI在從NLM繼承過來的pubmed的基礎，提供以PMC資料庫為核心的全文文獻服務。PubMed資料庫應該是全球生物學家使用頻率最高的資料庫。NCBI最近對pubmed的改版，雖然沒有實質性的改變，但其按照用戶體驗進行的修改，足見其對該資料庫的重視。

另外，NCBI目前不斷地在引入高學歷生物學人才對其資料庫的質量進行控制。以dbSNP為例，其正在通過與領域專家的合作將突變數據與人類表型數據進行關聯。

總得來講，NCBI的發展是與生物學高通量數據產生密切相關，它以經不在局限於提供數據存儲與查詢，其未來的發展必將發展為一個大型的、綜合的知識庫。到那時NCBI會不會免費，就要另當別論了。很顯然沒有人會將自己的手稿拱手讓人。如果真有那麼一天，不知道從中會產生多少專利和知識產權。

④ ncbi怎麼用

ncbi使用教程
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2016-11-04 19054人看過
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是指美國國立生物技術信息中心。理解自然無聲但精妙的關於生命細胞的語言是現代分子生物學的要求。通過只有四個字母來代表DNA化學亞基的字母表，出現了生命過程的語法，其最復雜形式就是人類。闡明和使用這些字母來組成新的「單詞和短語」是分子生物學領域的中心焦點。數目巨大的分子數據和這些數據的隱秘而精細的模式使得計算機化的資料庫和分析方法成為絕對的必須。挑戰在於發現新的手段去處理這些數據的容量和復雜性，並且為研究人員提供更好的便利來獲得分析和計算的工具，以便推動對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。在生物學研究中，NCBI提供了大量的生物信息分析工具以及文獻。所以學號檢索方法是進入新生物學領域的必備技能。Blast工具、PubMed文獻資料庫等。
工具/原料
瀏覽器 NCBI網址
方法/步驟
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首先進入NCBI主頁。

Map view演示，主要是找到相關基因在染色體上的位置，以人類IL-6基因為例。

點擊Map View

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選擇物種，點擊Go；

設置filter，過濾信息；

點擊Genes seq查詢序列

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最後進入序列下載頁面，可以直接下載。可以選擇多種格式，一般選擇fasta。

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通過clone查詢相關基因的cDNA序列

選擇clone資料庫，search基因描述。

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對基因的蛋白質序列和mRNA查詢。

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也可對序列進行查詢。基因組展示。

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也可以查詢序列信息。

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查詢已知引物，通過probe資料庫搜索。

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同源性比對blast。有多種比對方式。DNA,RNA,Protein等比對模式，排列越高表示同源性越強。也可以進行引物比對。

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注意事項
簡單演示仍需深入了解

21世紀是生物科學的世紀

軟體 NCBI
編輯於2016-11-04，內容僅供參考並受版權保護

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⑤ NCBI是什麼主要是做什麼

NCBI是National Center for Biotechnology Information的縮寫，指美國國家生物技術信息中心，建立於1988年。

NCBI的初衷是為了給分子生物學家提供一個信息儲存和處理的系統。除了建有GenBank核酸序列資料庫（該資料庫的數據資源來自全球幾大DNA資料庫，其中包括日本DNA資料庫DDBJ、歐洲分子生物學實驗室資料庫EMBL以及其它幾個知名科研機構）之外，NCBI還可以提供眾多功能強大的數據檢索與分析工具。

(5)ncbi資料庫的使用擴展閱讀：

NCBI提供的資源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共計36種功能，而且都可以在NCBI的主頁www.ncbi.nlm.nih.gov上找到相應鏈接，其中多半是由BLAST功能發展而來的。

已故參議員克勞德·佩珀認識到計算機化信息處理方法對於進行生物醫學研究的重要性以及贊助立法，該立法於1988年11月4日成立了國家生物技術信息中心（NCBI），作為國家醫學圖書館的一個部門（NLM） ）在美國國立衛生研究院（NIH）。