pir資料庫

1. PIR與SPIR區別

一個是絕熱脈沖一個是非絕熱脈沖。
兩者的主要區別包括SPIR是非絕熱脈沖，SPAIR是絕熱脈沖。一般情況下，SPIR所需要的時間較短，SPAIR所需要的時間較短。SPIR對射頻場B1更敏感，而SPAIR則不太敏感。
pir中文名為聚異三聚氰酸脂，亦稱為聚異氰脲酸脂，又稱為聚異三聚氰酸酯泡沫PIR或者三聚酯PIR，PIR是由異氰酸鹽經觸媒作用後與聚醚發生反應製成發泡材料，其物理與防火性比一般聚氨酯更為優異。是一種理想的有機低溫隔熱材料，具有導熱系數小輕質防震適應性強。廣泛應用於煉油廠化工廠乙烯化肥冷庫及建築業保溫隔熱。也作蛋白質資料庫的意思。

2. 不是蛋白資料庫的有

之前，世界上最廣泛使用的蛋白資料庫為瑞士的SWISS-PROT計劃建立的資料庫,
NHGRI的項目主任Peter Good介紹說。但由於編輯詳細蛋白結構資料庫時間緊迫，再加上
資金短缺，SWISS-PROT無法跟上基因組學飛速前進的步伐，Good說。這種形勢導致了
TrEMBL的產生，這是計算機注釋的SWISS-PROT分支資料庫，目的是暫時儲存日益增多
的蛋白質結構信息。另外，美國的蛋白信息資源（Protein Information Resource ，PIR)也
獨立編輯其自己的資料庫。後來，這三個計劃的領導人將展開合作，將三大資料庫合並為
一個。聯合起來的力量將「減少重復工作，由此也可以節省不必要的費用。」SWISS-
PROT的領導人、英國劍橋歐洲生物信息研究院的Rolf Apweiler說道。，UniProt將是
SWISS-PROT、TrEMBL和PIR三大資料庫的最佳整合
一個集中化的資料庫十分重要，密歇根大學的腫瘤學家Samir Hanash對此表示同意。他同
時也是人類蛋白組組織（Human Proteome Organisation）的主席。然而，Hanash提醒說，
UniProt只是一個開始，還需要建立其它的資料庫來儲存有關蛋白質何時何處在機體中活動
的信息，他說。（2002年）
這句話不僅代表了Uniport資料庫，也是代表了整個生物信息學，科研本就是站在巨人的肩
膀上發展的，那麼這個肩膀也得與時俱進了！
UniProt（全稱Universal Protein），它整合了三個老字型大小資料庫（Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD）
的數據。是目前信息最豐富、資源最廣的免費蛋白質資料庫（注意沒有之一哦！）。
UniProt知識庫（UniProtKB）是收集蛋白質功能信息的中心樞紐，具有準確，一致和豐富的注釋。除了捕
獲每個UniProtKB條目強制的核心數據（主要是氨基酸序列，蛋白名稱或描述，分類數據和引用信息）外,
還會添加盡可能多的注釋信息。這包括廣泛接受的生物本體論，分類和交叉引用，以及以實驗數據和計算
數據的證據歸屬形式的注釋質量的明確指示。

3. 如何分析某個蛋白質序列屬於哪個通路

蛋白質序列測定技術先於DNA序列測定技術問世，蛋白質序列的搜集也早於DNA序列。蛋白質序列資料庫的雛形可以追溯到60年代。60年代中期到80年代初，美國國家生物醫學研究基金會(National Biomedical Research Foundation，簡稱NBRF)Dayhoff領導的研究組將搜集到的蛋白質序列和結構信息以「蛋白質序列和結構地圖集」(Atlas of Protein Sequence and Structure)的形式發表，主要用來研究蛋白質的進化關系。1984年，「蛋白質信息資源」(Protein Information Resource，簡稱PIR)計劃正式啟動，蛋白質序列資料庫PIR也因此而誕生。與核酸序列資料庫的國際合作相呼應，1988年，美國的NBRF、日本的國際蛋白質信息資料庫(Japanese International Protein Information Database，簡稱JIPID)和德國的慕尼黑蛋白質序列信息中心(Munich Information Center for Protein Sequences，簡稱MIPS)合作成立了國際蛋白質信息中心(PIR-International)，共同收集和維護蛋白質序列資料庫PIR，[Barker等, 2000]。

4. 蛋白質序列資料庫的資料庫分類

PIR資料庫按照數據的性質和注釋層次分四個不同部分，分別為PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。PIR1中的序列已經驗證，注釋最為詳盡；PIR2中包含尚未確定的冗餘序列；PIR3中的序列尚未加以檢驗，也未加註釋; 而PIR4中則包括了其它各種渠道獲得的序列，既未驗證，也無注釋。除了PIR外，另一個重要的蛋白質序列資料庫則是SwissProt。該資料庫由瑞士日內瓦大學於1986年創建，目前由瑞士生物信息學研究所(Swiss Institute of Bioinformatics，簡稱SIB)和歐洲生物信息學研究所 EBI共同維護和管理。瑞士生物信息研究所下屬的蛋白質分析專家系統(Expert Protein Analysis System,，簡稱ExPASy)的Web伺服器除了開發和維護SwissProt資料庫外，也是國際上蛋白質組和蛋白質分子模型研究的中心，為用戶提供大量蛋白質信息資源。北京大學生物信息中心設有ExPASy的鏡象。PIR和SwissProt是創建最早、使用最為廣泛的兩個蛋白質資料庫。隨著各種模式生物基因組計劃的進展，DNA序列特別是EST序列大量進入核酸序列資料庫。蛋白質序列資料庫TrEMBL是從EMBL中的cDNA序列翻譯得到的。TrEMBL資料庫創建是於1996年[Bairoch, 2000]，意為「Translation of EMBL」。該資料庫採用SwissProt資料庫格式，包含EMBL資料庫中所有編碼序列的翻譯。TrEMBL資料庫分兩部分，SP-TrEMBL和 REM-TrEMBL。SP-TrEMBL中的條目最終將歸並到SwissProt資料庫中。而Rem-TrEMBL則包括其它剩餘序列，包括免疫球蛋白、T細胞受體、少於8個氨基酸殘基的小肽、合成序列、專利序列等。與TrEMBL類似，GenPept是由GenBank翻譯得到的蛋白質序列。由於TrEMBL和GenPept均是由核酸序列通過計算機程序翻譯生成，這兩個資料庫中的序列錯誤率較大，均有較大的冗餘度。另一個常用的蛋白質序列資料庫是已知三維結構蛋白質的一級結構序列資料庫NRL-3D[Namboodiri, 1990]。該資料庫的序列是從三維結構資料庫PDB中提取出來。

5. 名詞解釋 gen bank ,swiss-prot,cos,ftp,pir

Gen Bank:美國洛斯阿拉莫斯國家實驗室1979年開始建立的基因庫,現在由國家生物信息中心(NCBI, 1988年成立)管理維護。
swiss-prot:最齊全的注釋精煉的蛋白序列資料庫，建立於1986年，1987年起由日內瓦大學(University of Geneva)醫學生物化學系和 EMBL 數據館(即現在的歐洲生物信息研究所EBI)共同維護。
cos:歐洲葯典適用性證書（COS，即Certificate of Suitability又稱CEP），是由成立於1964年的歐洲葯典委員會即歐洲葯物質量理事會（EDQM）頒發的用以證明原料葯品的質量是按照歐洲葯典有關專論描述的方法嚴格控制的，其產品質量符合歐洲葯典標準的一種證書。
ftp:文件傳輸協議（File Transfer Protocol, FTP）是一個用於在兩台裝有不同操作系統的 機器中傳輸計算機文件的軟體標准。
pir:全稱The Protein Information Resource，是一個集成了關於蛋白質功能預測數據的公共資源的資料庫，其目的是支持基因組/蛋白質組研究。

6. 一級資料庫和二級資料庫的區別

一級緩存：session級別的，默認開啟，不可卸除，一般都會用到
二級緩存：sessionfactory（創建session，hibernate的初始化）級別的，適合1、很少別修改的數據，
2、不是很重要的數據，允許出現偶爾並發的數據
3、參考數據
注意：不允許出現並發問題的數據不可以放在二級緩存中（財務問題）

7. 蛋白質序列資料庫包含哪些內容

蛋白質資料庫

1. PIR和PSDPIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，包含超過142,000條蛋白質序列(至99年9月)，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。

PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的網址是：http://pir.georgetown.e/。

資料庫下載地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。

2. SWISS-PROT

SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。

利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。

SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。

SWISS-PROT的網址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。

3. PROSITE

PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。

PROSITE的網址是：http://www.expasy.ch/prosite/。

4. PDB

蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。

RCSB的PDB資料庫網址是：http://www.rcsb.org/pdb/。

5. SCOP

蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。

SCOP的網址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。

6. COG

蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。

COG庫的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。

下載COG庫和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。