glg演算法

『壹』 定額工期計算方法

案例

某市某建築公司同時承包3棟住宅工程，其中一棟為現澆剪力牆結構，±0.000以上22層，建築面積28000㎡，±0.000以下一層，建築面積1220㎡，另兩棟均為現澆剪力牆結構18層，無地下室，筏板基礎，每棟建築面積均為20000㎡，其中首層建築面積為1167㎡。

套用原則：

一個承包人同時承包2個及以上的單項（位）工程時，工期的計算：以一個最大工期的單項（位）工程為基數，另加其它單項（位）工程工期總和乘相應系數計算：加1個乘系數0.35；加2個乘系數0.2；加3個乘系數0.15；加4個及以上的單項（位）工程不另增加工期（與原2000年工期定額口徑一致）。

工期計算如下：

1. 查定額編號：

1-261層地下室 3000㎡以內 105天

1-124 30層以下現澆剪力牆結構 30000㎡以內 495天

1-11 帶形基礎 2000㎡以內 51天

1-118 18層現澆剪力牆結構居住建築 20000㎡以內 360天

2. 現澆剪力牆結構工程總工期：105+495=600天

3. 一棟現澆剪力牆結構居住建築總工期：51+360=411天

4. 該工程總工期：600+（411+411）×0.2=765天

發展歷史

定額工期：

是在一定的經濟和社會條件下，在一定時間內由建設行政主管部門制訂並發布項目建設所消耗的時間標准。定額工期具有一定的法規性。對具體建設項目的建設工期確定具有指導意義，體現了合理建設工期，反映了一定時期國家、地區或部門不同建設項目的建設和管理水平。

『貳』 分子對接dlg文件很小

文件很小是正常的，這個文件本來就不大，一般有50對就是正確的結果。你可以對照以下步驟，判斷你的操作是否有誤：

1. 蛋白的pdbqt准備：包括加氫、計算電荷、添加原子類型

打開AutoDockTools，菜單欄File->Read Molecule,選擇蛋白的pdb文件，點擊打開。

pdbqt是AutoDock 特定的坐標文件格式。

1.1加氫：菜單欄Edit->Hydrogens->Add，選擇All Hydrogens或Polar Only，點擊OK。

1.2計算電荷：菜單欄Edit->Charges->Compute Gasteiger，點擊確定。

1.3給蛋白添加原子類型：菜單欄Edit->Atoms->Assign AD4 type。

1.4導出為PDBQT文件：菜單欄File->Save->Write PDBQT，點擊OK，此時可在工作目錄下看到多了一個pdbqt文件。

2.小分子的pdbqt准備：Edit->Delete->Delete Molecule，刪除蛋白

2.1打開小分子，查看電荷：通過ADT菜單欄Ligand->Input->Open，選擇小分子結構文件（pdb或mol2），點擊打開，彈出的對話框，點擊『確定』

剛才這個對話框裡面有個提示，就是小分子的總電荷數不是整數，所以要調整下。

菜單欄Edit->Charges->Check Totals on Resies」，彈出對話框，點擊Spread Charge Deficit over all atoms in resie，使電荷均勻分配，然後點擊「Dismiss」

2.2判定配體的root：ADT菜單欄：Ligand->Torsion Tree->Detect Root

2.3 選擇配體可扭轉的鍵：Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions，彈出對話框。

其中紅色表示不可旋轉的鍵，綠色表示可旋轉鍵，紫色表示不可扭轉，通常為肽鍵，點擊「Done」。如果要設置某個鍵不可扭轉，那麼先按住shift鍵，然後滑鼠單擊即可（顏色變成紫色）。

2.4導出為PDBQT：ADT菜單欄Ligand->Output->Save as PDBQT。

3 正式對接

3.1 Grid打開蛋白：Grid->Macromocule->Open，打開保存的蛋白的pdbqt文件。彈出的對話框，點擊Yes及確定確定

3.2 Grid 打開小分子：Grid->Set Map Types->Open ligand。打開保存的小分子的pdbqt文件

3.3 設置GridBox：Grid->Grid Box，出現Grid Options對話框。調整X,Y,Z及格子中心坐標。

設置完成後點擊Grid Options 菜單中：File->Close saving current （保存並關閉對話框）。

3.4保存gpf文件：ADT菜單欄：Grid->Output->Save GPF，對話框中，輸入文件名。注意：不要省略後綴名。

3.5 運行autogrid：Run->Run Autogrid，Parameter Filename選擇剛才保存的gpf文件，點擊Launch。默認輸出glg文件，運行完成後，出現多個map文件。

4. 進行對接

4.1 Docking打開蛋白：Docking->Macromocule->Set rigid Filename，選擇保存的蛋白的pdbqt文件

4.2 Docking打開小分子：Docking->Ligand->Open，選擇保存的小分子的pdbqt文件。對話框選擇Accept

4.3 Docking設置演算法：Docking->Search Parameters->Local Search Parameters，Accept採用默認設置

註：選擇Local Search Parameters是為了快速計算，也可選Genetic Alogorithm，計算更精確一些。如果這里演算法改變，對應導出參數文件OUTPUT時也應相應改變。

4.4 Docking設置對接參數：Docking->Docking Parameters，選擇Accept採用默認設置

4.5 Docking導出為dpf對接參數文件：Docking->Output->Local Search（4.2），輸入文件名。注意：加上後綴名.dpf

4.6 進行對接：Run->Run AutoDock，Parameter Filename選擇剛才保存的dpf文件，點擊Launch。

運行完成後，多出一個dlg文件，這就是對接的最終結果，一般有50種對接方式。

『叄』 圖說天下，可以在手機上看嘛如果可以的話是哪個app

圖說天下當然可以在手機看啦，一些朋友碰到想的圖片，也喜歡使用手機處理圖片的朋友，針對這個問題可以上網路搜索下，現在有豐富業餘生活、多交朋友、瑜伽、打籃球、跑步，深呼吸等，讓生活充實，同時也可以放鬆身心。

『肆』 Autodock分子對接完結&總結

（1） 打開蛋白，「Grid->Macromocule->Open」，打開「r.pdbqt」。彈出的對話框，點擊Yes及確定

（2） 打開小分子，「Grid->Set Map Types->Open ligand」

（3） 設置GridBox，「Grid->Grid Box…」，打開Grid Options對話框。調整X,Y,Z及格子中心坐標。PDB中的蛋白大多能查到結合信息，如果查不到，在不知道結合位點的情況下，就把盒子大小設置為罩住整個蛋白：

設置完成後點擊Grid Options 菜單中：File→Close saving current （保存並關閉對話框）。

（4）保存gpf文件。ADT菜單欄：「Grid->Output->Save GPF」，對話框中，就寫g.gpf做為文件名。注意：不要省略後綴名。

（5） 運行autogrid
Run->Run Autogrid，如圖所示，點擊Launch。

有個小彈窗出來，等待它消失，此時工作目錄會多出一堆文件。

（1）打開蛋白：Docking->Macromocule->Set rigid macromocule，選擇r.pdbqt

（2）打開小分子：Docking->Ligand->Open，選擇nap.pdbqt。對話框選擇Accept

（3）設置演算法：Docking->Search Parameters->Local Search Parameters，Accept採用默認設置
註：選擇local是為了快速計算，也可選Genetic Alogorithm，計算更精確一些。如果這里演算法改變，對應導出參數文件OUTPUT時也應相應改變。
（4）設置對接參數：Docking->Docking Parameters，Accept採用默認設置

（5）導出為dpf對接參數文件：Docking->Output->Local Search（4.2），文件名d.dpf。注意：加上後綴名

（6）Run->Run AutoDock，如圖所示，點擊Launch。

又彈出一個小框框，等他消失。發現多了一個dlg文件，這就是對接的最終結果，一般有50種對接方式。

Analyze->Docking->Opend.dlg,確定
加上受體大分子，Analyze->Macromolecule->Open
一個個的查看剛才對接的結果，按能量排序
Analyze->Conformations->Play，ranked by energy
查看所有對接結果

查看對接能量的合理性：
Analyze-clusterings -show
可以看到各個能量分組下對接結果的個數。<0的是合理的，也就是說這50個對接結果只有一半合理，因此我們剛才按照能量排序，只有前25個可用。

編號調回1，點擊右邊第二個按鈕，然後Write Complex，生成結果的pdbqt文件，我們就命名為」result1.pdbqt」。注意不要忘了後綴名。

打開Open Babel軟體，找到剛才的result1.pdbqt，寫好輸出的pdb文件名，然後點擊CONVERT按鈕即可完成轉換。
（教程涉及的軟體可在生信星球公眾號回復「autodock」獲得）

用Pymol打開則可看到可視化的對接結果（再次驚現神奇gif）：

完結完結！開心！

總結：

設置工作目錄，用pymol去除水分子，分離蛋白和小分子，得到各自的pdb文件。

（如果是預測得到的蛋白pdb，那就直接拿來用咯，只需要分離或者查找到小分子的3d結構。推薦的網址： https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top ）

pdbqt是AutoDock 特定的坐標文件格式，包括：
1）極性氫原子；
2）局部電荷；
3）原子類型
4）柔性分子的節點信息
因此，將蛋白和小分子各自導出為pdbqt文件：
蛋白 ：加氫、計算電荷、添加原子類型
小分子 ：加氫、計算電荷、確定root（扭矩中心），選擇可旋轉的鍵。
注意：小分子作為配體，它的讀取和導出都在Ligand菜單進行。

利用 AutoDockTools 創建 grid 格點參數文件(GPF)，主要是設置gridbox的中心坐標和大小。
運行autogrid，工作目錄會多出一個glg文件和一些mapping文件。

在 AutoDockTools 中生成對接參數文件(DPF)，包括演算法和對接參數。
運行autodock，工作目錄會多出一個dlg文件。

使用 AutoDockTools 分析對接結果dlg文件，選擇最好的導出為pdbqt，再轉換為pdb格式。

參考： http://blog.sciencenet.cn/blog-3196388-1090023.html

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『伍』 Delphi中的數據以.txt形勢保存到區域網指定路徑

1. 先將要保存的內容保存到本機的ZMZ.txt下.
2. 在192.168.2.13 的D:\ZPLX 文件夾共享. 可以建立一個帳號, 設置為可寫的許可權.
3. 先在本機測試一下是否可以連接 .13 電腦的共享文件夾,並且確認是否可以寫文件.
4. 這樣就可以在網路連接狀況是Ok下, 就像操作本機目錄一樣使用那個共享文件夾.當然也可以檢查 ZMZ.txt 這個文件是否存在等等操作.