代謝資料庫

⑴ 代謝組學常用資料庫介紹

代謝組學資料庫是代謝組學檢測的關鍵，用於物質鑒定，以下是一些常用的代謝組學資料庫介紹。

一、人體代謝組資料庫(HMDB)

免費電子資料庫，包含人體小分子代謝產物信息，應用領域廣泛，如代謝組學、臨床化學、生物標志物發現，包含114,026個代謝物記錄。

二、METLIN

創建於2003年的METLIN資料庫，包含超過100萬個分子，包括脂類、類固醇等，數據在多種儀器上生成，包括SCIEX、安捷倫等。

三、MssBank

網路開放資料庫，公開分享從化學標准品得到的質譜圖，方便用戶鑒定代謝物，數據主要來自日本，包含代謝物質譜信息。

四、KEGG

收錄生物代謝物的代謝途徑，支持對代謝網路的搜尋及代謝途徑的映射，包含KEGG PATHWAY、KEGG DISEASA、KEGG COMPOUND等模塊。

五、LIPID MAPS

收錄生物相關脂質結構和注釋，包含超過40000個脂質結構，是世界上最大的公共脂質資料庫，脂質分為八個類別，下一級分類。

六、Golm Metabolome Database

收錄GC-MS平台代謝物分析信息，條目依據質譜圖和保留時間指數分類。

七、SYS-TOMONAS

提供系統生物學方法研究假單胞菌的生物信息學平台，包含轉錄組、蛋白組、代謝組和代謝重構信息。

八、BiGG

基因組及代謝網路重建的知識庫，集成70多個基因組級代謝網路，包含7339個代謝物，基因映射到NCBI注釋，代謝產物鏈接到多個外部資料庫。

九、MONA

自動管理存儲庫，高效存儲和查詢質譜記錄，包含實驗質譜和計算質譜，內含20多萬圖譜。

十、LipidSearch

Thermo Scientific LipidSearch軟體，用於從LC-MS數據識別和相對定量細胞脂質，功能包括與系統兼容、脂質資料庫、識別演算法等。

十一、BioSilico

整合各類代謝資料庫的網路平台，包括LIGAND、ENZYME、EcoCyyc和MetaCyc。

十二、Lipid Library

AOCS脂質庫，為學生、技術人員、科學家提供脂質科學和技術在線信息來源。

十三、NuGO

營養代謝組學資料庫，收錄人類營養代謝組學研究中使用的小分子物質。

十四、MetaCyc

實驗資料庫，闡明生命各領域的代謝途徑，包含3009種生物體的2722個途徑，目標是分類代謝領域。